babel - 클라우드의 온라인

프로그램:

이름

바벨, 오벨 — 화학 및 분자 모델링 데이터 파일용 변환기

개요

바벨 [-H 도움말 옵션]
바벨 [옵션] [-i 입력형] 인파일 [-o 출력형] 아웃파일

오벨 [-H 도움말 옵션]
오벨 [옵션] [-i 입력형 | -"SMILES 문자열"] 인파일 [-o 출력형] -O 아웃파일

기술

바벨 에 사용되는 많은 파일 형식을 상호 변환하도록 설계된 크로스 플랫폼 프로그램입니다.
분자 모델링 및 전산 화학 및 관련 분야.

오벨 과 바벨 약간 다릅니다. 첫 번째는 일반적인 Unix 규칙에 더 가깝습니다.
명령줄 프로그램용이며 사용자가 매개변수 값을 지정해야 할 때 더 유연함
옵션에. 와 함께 바벨 이것은 옵션이 줄의 마지막일 때만 작동합니다. ~와 함께 오벨
그러한 제한이 적용되지 않습니다. 또한 SMILES 문자열을 입력하기 위한 단축키가 있습니다.
입력 파일 대신 사용할 수 있습니다.

Open Babel은 또한 화학 소프트웨어 개발을 위한 완벽한 프로그래머 툴킷입니다. 을 위한
자세한 내용은 Open Babel 웹 페이지를 참조하십시오.http://openbabel.org/>.

옵션

입력 및 출력 파일만 제공되면 Open Babel은 파일 형식을 추측합니다.
파일 이름 확장자.

-"SMILES 문자열"
SMILES 문자열을 입력하고 입력 파일 대신 사용하십시오. SMILES 문자열은
따옴표로 묶여 있습니다. 둘 이상을 사용할 수 있으며 분자 제목은 다음과 같을 수 있습니다.
따옴표로 묶인 경우 포함됩니다.

-a 옵션
형식별 입력 옵션. 보다 -H 형식 ID 특정 사용자가 허용하는 옵션
체재

--제목 추가
현재 분자 제목에 텍스트 추가

--추가공식
현재 분자 제목 뒤에 분자식을 추가하십시오.

-b 배위 결합 변환: 예: [N+]([O-])=O to N(=O)=O

-c (0,0,0)에서 중심 원자 좌표

-C 첫 번째 파일의 분자를 같은 이름을 가진 다른 파일과 결합

-e 오류 후 계속

-d 수소 삭제

---오류 수준 2
표시되는 오류 및 경고 수준을 필터링합니다.
1 = 심각한 오류만
2 = 경고도 포함(기본값)
3 = 정보 메시지도 포함
4 = 데이터 변경 사항에 대한 "감사 로그" 메시지 포함
5 = 디버깅 메시지도 포함

-f # 다중 항목 입력의 경우 첫 번째 항목으로 분자 #을 사용하여 가져오기를 시작합니다.

-F 사용 가능한 지문 유형 출력

-h 수소 추가

-H 사용 정보 출력

-H 형식 ID
지정된 형식에 대한 출력 형식 정보 및 옵션

-홀
모든 형식에 대한 출력 형식 정보 및 옵션

-나
입력 형식을 지정합니다. 사용 가능한 형식은 아래를 참조하세요.

-j

--가입하다
모든 입력 분자를 단일 출력 분자 항목으로 연결

-k 전산 화학 모델링 키워드 번역(예: GAMESS 및 Gaussian)

-m 다음을 허용하기 위해 여러 출력 파일을 생성합니다.
- 하나의 입력 파일 분할 - 각 분자를 연속적으로 번호가 매겨진 파일에 넣습니다.
출력 파일
- 일괄 변환 - 여러 입력 파일을 지정된 형식으로 각각 변환
출력 형식

-l # 다중 항목 입력의 경우 분자 번호를 마지막 항목으로 사용하여 가져오기를 중지합니다.

-o 형식 ID
출력 형식을 지정합니다. 사용 가능한 형식은 아래를 참조하세요.

-O 아웃파일
출력 파일을 지정합니다. 이 옵션은 다음에 적용됩니다. 오벨 로 작성되어야 합니다.

-p pH에 적합한 수소 추가(phmodel.txt의 변환 사용)

--재산
속성 추가 또는 교체(예: MDL SD 파일에서)

-s 스마트
지정된 SMARTS 패턴과 일치하는 분자만 변환

--분리 된
분리된 단편을 개별 분자 기록으로 분리

-t 모든 입력 파일은 단일 분자를 설명합니다.

--제목 제목
분자 제목 추가 또는 교체

-x 옵션
형식별 출력 옵션. 보다 -H 형식 ID 특정 사용자가 허용하는 옵션
체재

-v 스마트
분자만 변환 않습니다. 일치하는 SMARTS 패턴이 지정됨

-V 버전 번호 출력 및 종료

-z gzip으로 출력 압축

FILE 형식

현재 Open Babel에서 지원하는 형식은 다음과 같습니다.
acr -- 카린 ASCI 크리스탈
alc -- 연금술 형식
arc -- Accelrys/MSI Biosym/Insight II CAR 형식[읽기 전용]
bgf -- MSI BGF 형식
상자 -- Dock 3.5 상자 형식
bs -- 볼 및 스틱 형식
c3d1 -- Chem3D 데카르트 1 형식
c3d2 -- Chem3D 데카르트 2 형식
caccrt -- 카카오 데카르트 형식
캐시 -- CAChe MolStruct 형식 [쓰기 전용]
cacint -- 카카오 내부 형식 [쓰기 전용]
can -- 정규 SMILES 형식
car -- Accelrys/MSI Biosym/Insight II CAR 형식[읽기 전용]
ccc -- CCC 형식[읽기 전용]
cdx -- ChemDraw 바이너리 형식[읽기 전용]
cdxml -- ChemDraw CDXML 형식
cht -- Chemtool 형식 [쓰기 전용]
cif -- 결정학적 정보 파일
cml -- 화학적 마크업 언어
cmlr -- CML 반응 형식
com -- 가우시안 98/03 데카르트 입력 [쓰기 전용]
복사 -- 원시 텍스트를 복사합니다[쓰기 전용].
crk2d -- Chemical Resource Kit 2D 다이어그램 형식
crk3d -- 화학 자원 키트 3D 형식
csr -- Accelrys/MSI Quanta CSR 형식[쓰기 전용]
cssr -- CSD CSSR 형식 [쓰기 전용]
ct -- ChemDraw 연결 테이블 형식
dmol -- DMol3 좌표 형식
ent -- 단백질 데이터 은행 형식
fa -- FASTA 형식[쓰기 전용]
fasta -- FASTA 형식 [쓰기 전용]
fch -- 가우시안 형식의 체크포인트 파일 형식[읽기 전용]
fchk -- 가우시안 형식의 체크포인트 파일 형식[읽기 전용]
fck -- 가우시안 형식의 체크포인트 파일 형식[읽기 전용]
feat -- 기능 형식
fh -- Fenske-Hall Z-Matrix 형식[쓰기 전용]
수정 -- SMILES FIX 형식 [쓰기 전용]
fpt -- 지문 형식[쓰기 전용]
fract -- 자유 형식 분수 형식
fs -- Babel FastSearching 데이터베이스 열기
fsa -- FASTA 형식 [쓰기 전용]
g03 -- Gaussian 98/03 출력 [읽기 전용]
g98 -- Gaussian 98/03 출력 [읽기 전용]
gam -- GAMESS 출력[읽기 전용]
gamin -- GAMESS 입력 [쓰기 전용]
gamout -- GAMESS 출력 [읽기 전용]
gau -- 가우시안 98/03 데카르트 입력 [쓰기 전용]
gjc -- 가우시안 98/03 데카르트 입력 [쓰기 전용]
gjf -- 가우시안 98/03 데카르트 입력[쓰기 전용]
gpr -- Ghemical 형식
gr96 -- GROMOS96 형식 [쓰기 전용]
hin -- HyperChem HIN 형식
inchi -- IUPAC InChI [쓰기 전용]
inp -- GAMESS 입력 [쓰기 전용]
ins -- ShelX 형식 [읽기 전용]
jin -- Jaguar 입력 형식[쓰기 전용]
jout -- Jaguar 출력 형식[읽기 전용]
mdl -- MDL MOL 형식
mmd -- MacroModel 형식
mmod -- MacroModel 형식
mol -- MDL MOL 형식
mol2 -- Sybyl Mol2 형식
molreport -- Babel 분자 보고서 열기 [쓰기 전용]
moo -- MOPAC 출력 형식 [읽기 전용]
mop -- MOPAC 데카르트 형식
mopcrt -- MOPAC 데카르트 형식
mopin -- MOPAC 내부
mopout -- MOPAC 출력 형식[읽기 전용]
mpc -- MOPAC 데카르트 형식
mpd -- Sybyl 설명자 형식 [쓰기 전용]
mpqc -- MPQC 출력 형식[읽기 전용]
mpqcin -- MPQC 단순화된 입력 형식 [쓰기 전용]
nw -- NWChem 입력 형식[쓰기 전용]
nwo -- NWChem 출력 형식[읽기 전용]
pc -- PubChem 형식[읽기 전용]
pcm -- PCModel 형식
pdb -- 단백질 데이터 뱅크 형식
pov -- POV-Ray 입력 형식[쓰기 전용]
pqs -- 병렬 양자 솔루션 형식
prep -- Amber Prep 형식[읽기 전용]
qcin -- Q-Chem 입력 형식[쓰기 전용]
qcout -- Q-Chem 출력 형식[읽기 전용]
보고서 -- Open Babel 보고서 형식[쓰기 전용]
res -- ShelX 형식 [읽기 전용]
rxn -- MDL RXN 형식
sd -- MDL MOL 형식
sdf -- MDL MOL 형식
smi -- SMILES 형식
sy2 -- Sybyl Mol2 형식
tdd -- 온도 형식
테스트 -- 테스트 형식 [쓰기 전용]
열 -- 온도 형식
tmol -- TurboMole 좌표 형식
txyz -- Tinker MM2 형식[쓰기 전용]
unixyz -- UniChem XYZ 형식
vmol -- ViewMol 형식
xed -- XED 형식 [쓰기 전용]
xml -- 일반 XML 형식[읽기 전용]
xyz -- XYZ 데카르트 좌표 형식
yob -- YASARA.org YOB 형식
zin -- ZINDO 입력 형식[쓰기 전용]

FORMAT 옵션

개별 파일 형식에는 추가 형식 옵션이 있을 수 있습니다.

입력 형식 옵션 앞에는 'a'가 옵니다(예: -as).

출력 형식 옵션 앞에는 'x'가 붙습니다(예: -xn).

자세한 정보 및 옵션을 보려면 -H를 사용하십시오.
예: -Hcml

사용 예

표준 변환:
바벨 -ixyz 에탄올.xyz -opdb 에탄올.pdb
STDIN의 SMI 파일에서 STDOUT에 작성된 Mol2 파일로의 변환:
바벨 -ismi -omol2
다중 분자 파일을 new1.smi, new2.smi 등으로 분할합니다.
바벨 infile.mol new.smi -m

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