이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 공급자에서 실행할 수 있는 beast-mcmc 명령입니다.
프로그램:
이름
beast-mcmc - 베이지안 진화 분석 샘플링 트리
개요
짐승-mcmc [옵션] [입력.xml]
짐승-mcmc [-말 수가 많은 | -엄격한 | -창문 | 옵션 | -일하고 있는 | -씨 | -오류 i |
- 스레드 i | -자바 | -비글 | -beagle_info | -beagle_resource_order | -도움 |
입력.xml]
기술
BEAST는 분자 서열의 베이지안 MCMC 분석을 위한 크로스 플랫폼 프로그램입니다. 그것은
엄격한 또는 완화된 사용을 사용하여 추론된 뿌리가 있고 시간 측정된 계통 발생을 지향합니다.
분자 시계 모델. 그것은 계통 발생을 재구성하는 방법과
단일 트리를 조건으로 하지 않고 진화 가설을 테스트하기 위한 프레임워크로 사용
토폴로지. BEAST는 MCMC를 사용하여 트리 공간에 대한 평균을 내므로 각 트리에 가중치가 적용됩니다.
사후 확률에 비례합니다. 우리는 사용하기 쉬운 사용자 인터페이스를 포함합니다
표준 분석을 설정하기 위한 프로그램 및 분석을 위한 일련의 프로그램
결과. BEAUti/BEAST 패키지는 세 가지 주요 연구 영역이 있습니다.
특히 해당됩니다. 이 영역은 분자 연대 측정을 위한 종 계통발생수입니다.
유착 기반 인구 유전학 및 측정 가능하게 진화하는 인구(고대 DNA 또는
타임스탬프가 있는 바이러스 시퀀스 데이터 세트).
옵션
-말 수가 많은
자세한 XML 구문 분석 메시지
-엄격한
비준수 BEAST XML 파일에서 실패
-창문
콘솔 창 제공
옵션
옵션 대화 상자 표시
-일하고 있는
작업 디렉토리를 입력 파일의 디렉토리로 변경
-씨
난수 생성기 시드 지정
-오류 i
정지 전 최대 수치 오류 수
- 스레드 i
사용할 계산 스레드 수(기본값 1)
-자바
Java만 사용하고 기본 구현은 사용하지 않음
-비글
가능한 경우 비글 라이브러리 사용
-beagle_info
사용 가능한 비글 자원에 대한 정보 표시
-beagle_resource_order
비글 자원의 순서 설정
-도움
인쇄 사용 화면
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인에서 beast-mcmc 사용
