이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공업체에서 실행할 수 있는 bio-rainbow 명령입니다.
프로그램:
이름
Rainbow - Rainbow 2.0.4 매뉴얼 페이지 --[이메일 보호], [이메일 보호]>
개요
무지개 [옵션]
기술
무지개 2.0.4 -- <[이메일 보호], [이메일 보호]>
클러스터
입력 파일 형식: fasta/fastq 파일 쌍 출력 파일 형식:
\티 \티 \티
-1 fasta/fastq 파일 입력, 다중 '-1' 지원
-2 fasta/fastq 파일 입력, 여러 '-2' [null] 지원
-l
읽기 길이, 기본값: 변수 0개
-m
최대 불일치 [4]
-e
정확히 일치하는 임계값 [2000]
-L 낮은 수준의 다형성
DIV
입력 파일 형식: \티 \티 \티 산출
파일 형식 :
\티 \티 \티 [\티 ]
-i 입력 파일 [stdin]
-o 출력 파일 [stdout]
-k
K_allele, 새 그룹을 생성하기 위한 최소 변형 [2]
-K
K_allele, 변이 수가 이 값을 초과하는 경우 빈도에 관계없이 나눕니다.
[50]
-f
빈도, 새 그룹을 생성하기 위한 최소 변형 빈도 [0.2]
병합
입력 파일 형식:
\티 \티 \티 [\티 ]
-i 입력 rbasm 출력 파일 [stdin]
-a 출력 어셈블리
-o 병합된 contig의 출력 파일, 클러스터당 한 줄 [stdout]
-N
병합할 분할된 클러스터의 최대 수 [300]
-l
두 개의 읽기를 어셈블할 때 최소 겹침('-a'가 열린 경우에만 유효) [5]
-f
어셈블리 시 최소 유사성 비율('-a'가 열린 경우에만 유효함)
[0.90]
-r
어셈블할 최소 읽기 수('-a'가 열린 경우에만 유효) [5]
-R
어셈블할 최대 읽기 수('-a'가 열린 경우에만 유효) [300]
용법: 무지개 [옵션]
클러스터
입력 파일 형식: fasta/fastq 파일 쌍 출력 파일 형식:
\티 \티 \티
-1 fasta/fastq 파일 입력, 다중 '-1' 지원
-2 fasta/fastq 파일 입력, 여러 '-2' [null] 지원
-l
읽기 길이, 기본값: 변수 0개
-m
최대 불일치 [4]
-e
정확히 일치하는 임계값 [2000]
-L 낮은 수준의 다형성
DIV
입력 파일 형식: \티 \티 \티 산출
파일 형식 :
\티 \티 \티 [\티 ]
-i 입력 파일 [stdin]
-o 출력 파일 [stdout]
-k
K_allele, 새 그룹을 생성하기 위한 최소 변형 [2]
-K
K_allele, 변이 수가 이 값을 초과하는 경우 빈도에 관계없이 나눕니다.
[50]
-f
빈도, 새 그룹을 생성하기 위한 최소 변형 빈도 [0.2]
병합
입력 파일 형식:
\티 \티 \티 [\티 ]
-i 입력 rbasm 출력 파일 [stdin]
-a 출력 어셈블리
-o 병합된 contig의 출력 파일, 클러스터당 한 줄 [stdout]
-N
병합할 분할된 클러스터의 최대 수 [300]
-l
두 개의 읽기를 어셈블할 때 최소 겹침('-a'가 열린 경우에만 유효) [5]
-f
어셈블리 시 최소 유사성 비율('-a'가 열린 경우에만 유효함)
[0.90]
-r
어셈블할 최소 읽기 수('-a'가 열린 경우에만 유효) [5]
-R
어셈블할 최대 읽기 수('-a'가 열린 경우에만 유효) [300]
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