blast2 - 클라우드의 온라인

프로그램:

이름

bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, 임팔라, 메가블라스트, rpsblast,
seedtop - 기본 로컬 정렬 검색 도구

개요

bl2seq [-] [-A] [-D N] [-E N] [-F 하위 버전] [-G N] [-I "스타트 중지"] [-J "스타트 중지"] [-M 하위 버전]
[-S N] [-T] [-U] [-V] [-W N] [-X N] [-Y X] [-a 파일 이름] [-d N] [-e X] [-g F] -i 파일 이름
-j 파일 이름 [-m] [-o 파일 이름] -p 하위 버전 [-q N] [-r N] [-t N]

폭발 2 [-] [-B N] [-D N] [-C x] [-E N] [-F 하위 버전] [-G N] [-H] [-I "스타트 중지"]
[-J "스타트 중지"] [-K N] [-L] [-M 하위 버전] [-N] [-P X] [-Q N] [-R] [-S N] [-T N] [-W N] [-X N]
[-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-c] [-d 하위 버전] [-e X] [-f X] [-g] [-h N] [-i 파일 이름]
[-j 파일 이름] [-k 하위 버전] [-m N] [-n] [-o 파일 이름] -p 하위 버전 [-q N] [-r N] [-NS] [-NS N] [-유]
[-V N] [-w N] [-와이 N] [-지 N]

폭발 [-] [-A N] [-B N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F 하위 버전] [-G N] [-I] [-J] [-K N]
[-L 시작 멈춤] [-M 하위 버전] [-O 파일 이름] [-P N] [-Q N] [-R 파일 이름] [-S] [-T] [-U] [-V]
[-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-d 하위 버전] [-e X] [-f X] [-g F] [-i 파일 이름]
[-l 하위 버전] [-m N] [-n] [-o 파일 이름] -p 하위 버전 [-q N] [-r N] [-s] [-t N] [-v N] [-w N] [-y X]
[-z X]

blastall_old [-] [-A N] [-B N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F 하위 버전] [-G N] [-I] [-J] [-K N]
[-L 시작 멈춤] [-M 하위 버전] [-O 파일 이름] [-P N] [-Q N] [-R 파일 이름] [-S] [-T] [-U] [-W N]
[-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-d 하위 버전] [-e X] [-f X] [-g F] [-i 파일 이름] [-l 하위 버전]
[-m N] [-n] [-o 파일 이름] -p 하위 버전 [-q N] [-r N] [-s] [-t N] [-v N] [-w N] [-y X] [-z X]

폭발하다 [-] [-A N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F 하위 버전] [-G N] [-I] [-J] [-K N] [-L 시작 멈춤]
[-M 하위 버전] [-O 파일 이름] [-Q N] [-R] [-S] [-T] [-U] [-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N]
[-b N] [-d 하위 버전] [-e X] [-f X] [-g F] [-i 파일 이름] [-m N] [-n] [-o 파일 이름] -p 하위 버전 [-q N]
[-r N] [-s] [-t N] [-u 하위 버전] [-v N] [-w N] [-y X] [-z X]

폭발 [-] [-A N] [-B 파일 이름] [-C 파일 이름] [-E N] [-F T] [-G N] [-H N] [-I] [-J]
[-K N] [-L N] [-M 하위 버전] [-N X] [-O 파일 이름] [-P N] [-Q 파일 이름] [-R 파일 이름] [-S N] [-T]
[-U] [-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-c N] [-d 하위 버전] [-e X] [-f N] [-h X]
[-i 파일 이름] [-j N] [-k 파일 이름] [-l 하위 버전] [-m N] [-o 파일 이름] [-p 하위 버전] [-q N] [-s]
[-t N[u]] [-u N] [-v N] [-y X] [-z N]

임팔라 [-] [-E N] [-F 하위 버전] [-G N] [-H] [-I] [-J] [-M 하위 버전] [-O 파일 이름] [-P 파일 이름]
[-a N] [-b N] [-c N] [-d 하위 버전] [-e X] [-h X] [-i 파일 이름] [-j N] [-m N] [-o 파일 이름]
[-v N] [-y X] [-z N]

거대 폭발 [-] [-A N] [-D N] [-E N] [-F 하위 버전] [-G N] [-H N] [-I] [-J] [-L 시작 멈춤] [-M N]
[-N N] [-O 파일 이름] [-P N] [-Q 파일 이름] [-R] [-S N] [-T] [-U] [-V] [-W N] [-X N] [-Y X]
[-Z N] [-a N] [-b N] [-d 하위 버전] [-e X] [-f] [-g F] [-i 파일 이름] [-l 하위 버전] [-m N] [-n]
[-o 파일 이름] [-p X] [-q N] [-r N] [-t N] [-s N] [-v N] [-y N] [-z X]

rpsblast [-] [-F 하위 버전] [-I] [-J] [-L 시작 멈춤] [-N X] [-O 파일 이름] [-P N] [-T] [-U]
[-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] -d 파일 이름 [-e X] [-i 파일 이름] [-l 파일 이름] [-m N]
[-o 파일 이름] [-p F] [-v N] [-y X] [-z N]

종자 [-] [-C N] [-D N] [-E N] [-F] [-G N] [-I] [-J] [-K N] [-M 하위 버전] [-O 파일 이름]
[-S N] [-X N] [-d 하위 버전] [-e X] [-f] [-i 파일 이름] [-k 파일 이름] [-o 파일 이름] [-p 하위 버전]
[-q N] [-r N]

기술

이 매뉴얼 페이지는 명령을 간략하게 설명합니다. bl2seq, 폭발, 폭발, 폭발하다,
폭발, 임팔라, 거대 폭발, rpsblast및 종자. 이 명령은 문서화되어 있습니다
공통 옵션이 많기 때문입니다.

bl2seq blastn 또는 blastp를 사용하여 두 시퀀스 간의 비교를 수행합니다.
연산. 두 서열은 모두 뉴클레오티드 또는 단백질이어야 합니다.

폭발 2 시퀀스를 로컬 데이터베이스 또는 두 번째 시퀀스와 비교합니다. 그것
두 가지 기능의 대부분을 통합 bl2seq 과 폭발, 하지만 세미
실험적인 새로운 내부 엔진.

폭발 과 blastall_old 시퀀스에 대한 로컬 데이터베이스에서 가장 일치하는 항목을 찾습니다.
폭발 보다 최신 엔진을 사용합니다. blastall_old 기본적으로 지원하지만 이전 버전 사용을 지원합니다.
엔진도 (옵션과 함께 호출할 때 -V F).

폭발하다 최신 NCBI BLAST 검색 엔진(버전 2.0)에 액세스합니다. 뒤에 있는 소프트웨어
BLAST 버전 2.0은 BLAST가 새로운 과제를 처리할 수 있도록 처음부터 작성되었습니다.
향후 몇 년 동안 시퀀스 데이터베이스에 의해 제기됩니다. 이 소프트웨어의 업데이트는
앞으로 몇 년 동안 계속.

폭발 gapped blastp 검색을 수행하고 반복 검색을 수행하는 데 사용할 수 있습니다.
psi-blast 및 phi-blast 모드.

임팔라 에 의해 준비된 점수 매트릭스 데이터베이스를 검색합니다. 카피 매트(1) BLAST 유사 생성
출력.

거대 폭발 Webb Miller 등의 greedy 알고리즘을 사용합니다. 염기서열의 경우
정렬 검색을 수행하고 많은 쿼리를 연결하여 데이터베이스 스캔에 소요되는 시간을 절약합니다.
이 프로그램은 결과에 따라 약간 다른 시퀀스를 정렬하는 데 최적화되어 있습니다.
시퀀싱 또는 기타 유사한 "오류". 일반적인 것보다 최대 10배 빠릅니다.
시퀀스 유사성 프로그램을 사용하여 두 개의 큰 집합을 신속하게 비교할 수 있습니다.
서로에 대한 시퀀스의.

rpsblast (역 PSI-BLAST) 프로필 데이터베이스에 대해 쿼리 시퀀스를 검색합니다.
이것은 시퀀스 데이터베이스에 대해 프로파일을 검색하는 PSI-BLAST의 반대입니다.
따라서 '역전'. rpsblast BLAST와 유사한 알고리즘을 사용하여 단일 또는 이중 단어 찾기
조회한 다음 이러한 후보 일치에 대해 unapped 확장을 수행합니다. 만약
충분히 높은 점수의 비갭 정렬이 생성되고, 갭 확장이 수행됩니다.
기대값이 충분히 낮은 (갭이 있는) 정렬이 보고됩니다. 이것
절차는 Smith-Waterman 계산을 수행하는 IMPALA와 대조됩니다.
일치하는 항목을 식별하기 위해 단어 조회 방식을 사용하는 대신
연장되어야 합니다.

종자 비교적 간단한 두 가지 질문에 답합니다.
1. 시퀀스와 패턴 데이터베이스가 주어지면 시퀀스에서 어떤 패턴이 발생하는지
그리고 어디?
2. 패턴과 시퀀스 데이터베이스가 주어지면 시퀀스에 패턴과
어디?

이러한 명령 중 일부는 다음으로 제어되는 여러 유형의 비교를 지원합니다. -p
("프로그램") 플래그:

blastp는 아미노산 쿼리 시퀀스를 단백질 시퀀스 데이터베이스와 비교합니다.

blastn은 뉴클레오티드 쿼리 시퀀스를 뉴클레오티드 시퀀스 데이터베이스와 비교합니다.

blastx는 뉴클레오티드 쿼리의 XNUMX프레임 개념 번역 제품을 비교합니다.
단백질 서열 데이터베이스에 대한 서열(두 가닥 모두). 을위한 bl2seqWalk Through California 프로그램,
뉴클레오티드는 주어진 첫 번째 서열이어야 합니다.

psitblastn은 단백질 쿼리 시퀀스를 뉴클레오티드 시퀀스 데이터베이스와 비교합니다.
를 사용하여 XNUMX개의 모든 판독 프레임(두 가닥 모두)에서 동적으로 번역됩니다.
PSI-BLAST에 의해 생성된 위치 특정 매트릭스.

tblastn은 단백질 쿼리 시퀀스를 뉴클레오티드 시퀀스 데이터베이스와 비교합니다.
XNUMX개의 모든 판독 프레임(두 가닥 모두)에서 동적으로 번역됩니다. 을위한 bl2seq,
뉴클레오티드는 주어진 두 번째 서열이어야 합니다.

tblastx는 뉴클레오티드 쿼리 시퀀스의 XNUMX프레임 번역을 다음과 비교합니다.
뉴클레오티드 서열 데이터베이스의 XNUMX프레임 번역.

옵션

아래에 옵션 요약이 포함되어 있습니다.

- 사용 메시지 인쇄

-A (bl2seq)
accession.version 형식의 입력 시퀀스

-A N (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, 메가블라스트)
다중 조회 창 크기; 일반적으로 기본값은 0(단일 히트 확장의 경우)이지만
불연속 템플릿을 사용할 때 기본값은 40입니다.

-B N (폭발2)
즉석 출력 생성:
0 없음(기본값)
오프셋 및 품질 값 테이블 1개
2 시퀀스 데이터 추가
3 텍스트 ASN.1
4 바이너리 ASN.1

-B N (블라스트, blastall_old)
blastn 또는 tblastn 모드에서 연결된 쿼리 수

-B 파일 이름 (블라스트PGP)
PSI-BLAST 재시작을 위한 입력 정렬 파일

-C X (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
blastp 또는 tblastn에 대한 구성 기반 통계 사용:
T, t, D 또는 d
기본값(에 해당 1 for 폭발 2 과 blastall_old 및에 2 for 폭발
과 폭발하다)
0, F 또는 f
구성 기반 통계 없음
1 다음과 같은 구성 기반 통계 나르 29:2994-3005, 2001
2 다음과 같이 작곡에 따른 점수 조정 생물 정보학 21:902-911, 2005,
시퀀스 속성을 기준으로 함
3 다음과 같이 작곡에 따른 점수 조정 생물 정보학 21:902-911, 2005,
무조건적으로
blastall, blastall_old 또는 blastcl3(즉, 폭발이 아님2),
첨부 u (대소문자 구분하지 않음) 모드는 통합 p-값을 사용할 수 있습니다.
라운드 1에서만 정렬 및 구성 p-값을 결합합니다.

-C 파일 이름 (블라스트PGP)
PSI-BLAST 체크포인트용 출력 파일

-C N (시드탑)
득점만 여부(기본값 = 1)

-D N (bl2seq)
출력 형식:
0 기존(기본값)
1 표

-D N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
유전자 코드에 따라 데이터베이스의 서열 번역 N in
/usr/share/ncbi/data/gc.prt(기본값은 1, tblast*에만 적용됨)

-D N (거대 폭발)
출력 유형:
0 정렬 끝점 및 점수
1개의 모든 갭이 없는 세그먼트 끝점
2개의 기존 BLAST 출력(기본값)
3개의 탭으로 구분된 한 줄 형식
4 증분 텍스트 ASN.1
5 증분 바이너리 ASN.1

-D N (시드탑)
정렬 비용 감소(기본값 = 99999)

-E N (bl2seq, blastcl3, 메가블라스트)
갭 비용 확장 N (-1은 기본 동작을 호출함)

-E N (blast2, blastall, blastall_old)
갭 비용 확장 N (-1은 기본 동작을 호출합니다. 탐욕스러운 경우 비친화성, 2
그렇지 않으면)

-E N (blastpgp, 임팔라, seedtop)
갭 비용 확장 N (기본값은 1)

-F 하위 버전 (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastpgp,
blastcl3, impala, megablast, rpsblast) DUST 또는 SEG용 필터 옵션; 기본값은
T bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3 및 megablast의 경우 F for
blastpgp, 임팔라 및 rpsblast.

-F (시드탑)
SEG로 시퀀스를 필터링합니다.

-G N (bl2seq, blastcl3, 메가블라스트)
공백기 비용 N (-1은 기본 동작을 호출함)

-G N (blast2, blastall, blastall_old)
공백기 비용 N (-1은 기본 동작을 호출합니다: 탐욕스러운 경우 비친화성, 5인 경우
동적 프로그래밍 사용)

-G N (blastpgp, 임팔라, seedtop)
공백기 비용 N (기본값은 11)

-H (폭발2)
HTML 출력 생성

-H N (블라스트PGP)
쿼리의 필수 영역 끝(-1은 쿼리의 끝을 나타냄)

-H (임팔라)
도움말 인쇄(사용 메시지와 다름)

-H N (거대 폭발)
데이터베이스 시퀀스당 저장할 HSP의 최대 수(기본값은 0, 무제한)

-I "스타트 중지" (bl2seq, blast2)
첫 번째(쿼리) 시퀀스의 위치(파일이 다음으로 지정된 경우에만 적용됨 -i 이 포함되어 있습니다
단일 시퀀스)

-I (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, 임팔라, 메가블라스트,
rpsblast, seedtop) deflines에서 GI 표시

-J "스타트 중지" (bl2seq, blast2)
두 번째(주제) 시퀀스의 위치(파일이 다음으로 지정된 경우에만 적용됨 -j
단일 시퀀스 포함)

-J (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, 임팔라, 메가블라스트,
rpsblast, seedtop) 쿼리 defline을 믿으십시오.

-K N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp)
보관할 지역의 베스트 히트 수입니다. 기본적으로 꺼져 있습니다. 100의 값을 사용하는 경우
권장됩니다. 매우 높은 값 -v or -b 도 제안됩니다.

-K N (시드탑)
내부 적중 버퍼 크기 승수(wrt 쿼리 길이, 기본값 = 2)

-L (폭발2)
너비가 12인 (클래식 Mega BLAST) 조회 테이블 사용

-L 시작 멈춤 (blastall, blastall_old, blastcl3, 메가블라스트,
rpsblast) 쿼리 시퀀스의 위치(rpsblast의 경우 blastp 모드에서만 유효)

-M 하위 버전 (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, impala, seedtop) 매트릭스 사용 하위 버전 (기본값 = BLOSUM62)

-M N (거대 폭발)
단일 검색에 대한 최대 총 쿼리 길이(기본값 = 5000000)

-N (폭발2)
테이블 형식 출력에서 ​​시퀀스 ID에 대한 액세스만 표시

-N X (블라스트pgp, rps블라스트)
간격을 트리거할 비트 수(기본값 = 22.0)

-N N (거대 폭발)
불연속 단어 템플릿의 유형:
0 코딩(기본값)
1 최적
2 XNUMX 동시

-O 파일 이름 (blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, impala, megablast, rpsblast, seedtop) 쓰기(ASN.1) 시퀀스 정렬
에 파일 이름; blastpgp, impala, rpsblast 및 seedtop에만 유효합니다. -J및
메가 블라스트에만 유효 -D2.

-P X (폭발2)
신원 비율 컷오프

-P N (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, rpsblast)
단일 적중 모드의 경우 1로 설정하거나 다중 적중 모드의 경우 0으로 설정합니다(기본값). 적용되지 않습니다
폭발하다.

-P 파일 이름 (임팔라)
데이터베이스에서 매트릭스 프로파일 읽기 파일 이름

-P N (거대 폭발)
해시 값의 최대 위치 수(무시하려면 0[기본값]으로 설정)

-Q N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
유전자 코드에 따라 쿼리 번역 N /usr/share/ncbi/data/gc.prt(기본값
1)

-Q 파일 이름 (블라스트PGP)
ASCII의 PSI-BLAST 매트릭스용 출력 파일

-Q 파일 이름 (거대 폭발)
마스킹된 쿼리 출력 필요하다 -D 2

-R (폭발2)
국부적으로 최적의 Smith-Waterman 정렬을 계산합니다. (이 옵션은
갭이 있는 tblastn용)

-R 파일 이름 (블라스트, blastall_old)
PSI-TBLASTN 체크포인트 파일 읽기 파일 이름

-R (폭발cl3)
RPS 폭발 검색

-R 파일 이름 (블라스트PGP)
PSI-BLAST 재시작을 위한 입력 파일

-R (거대 폭발)
출력 종료 시 로그 정보 보고

-S N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
megablast) blastn, blastx, tblastx에 대한 데이터베이스 검색을 위한 쿼리 가닥:
1 상단
2 바닥
3개 모두(기본값)

-S N (블라스트PGP)
쿼리의 필수 영역 시작(기본값 = 1)

-S N (시드탑)
컷오프 비용(기본값 = 30)

-T (bl2seq, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, 메가블라스트,
rpsblast) HTML 출력 생성

-T N (폭발2)
불연속 단어 템플릿의 유형:
0 코딩(기본값)
1 최적
2 XNUMX 동시

-U (bl2seq, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, 메가블라스트,
rpsblast) 쿼리 시퀀스에 소문자 필터링 사용

-V (bl2seq, 블라스톨, 메가블라스트)
레거시 엔진 강제 사용

-V (폭발2)
데이터베이스 스캔에 가변 단어 크기 접근 방식 사용

-W N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, megablast, rpsblast) 크기의 단어를 사용 N (가장 완벽한 일치의 길이;
28은 기본값이 XNUMX인 메가블라스트를 제외하고 기본 동작을 호출하고
blastpgp(기본값은 3)입니다. 다른 명령의 기본값은 다음에 따라 다릅니다.
"프로그램": blastn의 경우 11, 메가블라스트의 경우 28, 기타 모든 항목의 경우 3).

-X N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, megablast, rpsblast, seedtop) 간격 정렬에 대한 X 드롭오프 값(in
비트) (기본값이 20인 메가블라스트를 제외하고 XNUMX은 기본 동작을 호출합니다.
및 rpsblast 및 seedtop(기본값은 15)입니다.
명령은 "프로그램"에 따라 다릅니다: blastn의 경우 30, megablast의 경우 20, tblastx의 경우 0,
나머지는 모두 15입니다.)

-Y X (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, megablast, rpsblast) 검색 공간의 유효 길이(영을 사용
실제 크기)

-Z N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
megablast, rpsblast) 최종 [동적 프로그래밍?] 간격에 대한 X 드롭오프 값
비트 단위 정렬(기본값은 blastn 및 megablast의 경우 100, tblastx의 경우 0,
기타)

-a 파일 이름 (bl2seq)
텍스트 ASN.1 출력 쓰기 파일 이름

-a N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) 사용할 스레드 수(기본값은 XNUMX)

-b N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) 정렬을 표시할 데이터베이스 시퀀스 수
(B) (기본값은 250)

-c (폭발2)
마스크 소문자

-c N (임팔라)
다중 패스 버전에 대한 의사 수의 상수입니다. 0(기본값)은 엔트로피 방법을 사용합니다.
그렇지 않으면 30에 가까운 값이 권장됩니다.

-c N (임팔라)
다중 패스 버전에 대한 의사 수의 상수(기본값은 10)

-d N (bl2seq)
이론적인 DB 크기 사용 N (XNUMX은 실제 크기를 나타냄)

-d 하위 버전 (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, seedtop) 사용할 데이터베이스(기본값은 모든 실행 파일에 대해 nr입니다.
설정되지 않은 경우 두 번째 FASTA 시퀀스가 ​​필요한 blast2 제외)

-d 파일 이름 (RPS블라스트)
RPS BLAST 데이터베이스

-e X 기대값(E)(기본값 = 10.0)

-f X (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
히트 확장 임계값, 0인 경우 기본값: blastn 및 megablast의 경우 11, XNUMX의 경우
blastp, blastx의 경우 12, tblasn 및 tblastx의 경우 13입니다.

-f N (블라스트PGP)
조회수 확장 임계값(기본값 11)

-f (거대 폭발)
출력에 전체 ID 표시(기본값: GI 또는 액세스만)

-f (시드탑)
가능성이 너무 높더라도 패턴을 강제로 검색

-g F (bl2seq, blastall, blastall_old, blastcl3)
간격 정렬을 수행하지 마십시오(tblastx의 경우 N/A).

-g (폭발2)
갭 확장에 탐욕 알고리즘 사용

-g F (거대 폭발)
불연속 메가블라스트가 데이터베이스의 모든 기반에 대해 단어를 생성하도록 합니다.
(현재 BLAST 엔진에서 필수)

-h N (폭발2)
프레임 외 갭에 대한 프레임 이동 패널티(blastx, tblastn만 해당, 기본값은
제로)

-h X (blastpgp, 임팔라)
다중 통과 모델에 포함하기 위한 e-값 임계값(기본값 = blastpgp의 경우 0.002,
임팔라의 경우 0.005)

-i 파일 이름
읽기(첫 번째, 쿼리) 시퀀스 또는 다음에서 설정 파일 이름 (기본값은 stdin입니다.
스코어매트에서 다시 시작하는 경우 blastpgp)

-j 파일 이름 (bl2seq, 폭발2)
두 번째(주제) 시퀀스를 읽거나 다음에서 설정합니다. 파일 이름

-j N (블라스트PGP)
다중 패스 버전에서 사용할 최대 패스 수(기본값 = 1)

-k 하위 버전 (폭발2)
PHI-BLAST용 패턴

-k 파일 이름 (blastpgp, 시드탑)
PHI-BLAST에 대한 입력 히트 파일(기본값 = hit_file)

-l 하위 버전 (blastall, blastall_old, blastpgp, 메가블라스트)
데이터베이스 검색을 GI의 [문자열] 목록으로 제한

-l 파일 이름 (RPS블라스트)
로그 메시지 파일 이름 표준 오류보다.

-m (bl2seq)
검색을 위해 Mega Blast 사용

-m N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) 정렬 보기 옵션:
0 쌍으로(기본값)
ID를 표시하는 쿼리 고정 1개
2 쿼리 고정, ID 없음
3개의 플랫 쿼리 고정, ID 표시
4개의 플랫 쿼리 고정, ID 없음
5 쿼리 고정, ID 없음 및 무딘 끝
6개의 플랫 쿼리 고정, ID 없음 및 무딘 끝
7 XML Blast 출력(impala에는 사용할 수 없음)
8 표(임팔라에는 사용할 수 없음)
주석 행이 있는 9개의 표(임팔라에는 사용할 수 없음)
10 ASN.1 텍스트(impala 또는 rpsblast에는 사용할 수 없음)
11 ASN.1 바이너리(impala 또는 rpsblast에는 사용할 수 없음)

-n (폭발2)
시퀀스 ID에 GI 표시

-n (blastall, blastall_old, blastcl3)
메가블라스트 검색

-n (거대 폭발)
affine gap 점수에 non-greedy(동적 프로그래밍) 확장 사용

-o 파일 이름
최종 정렬 보고서 작성 파일 이름 표준 출력보다

-p 하위 버전 (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
"프로그램"(비교 유형) 사용 하위 버전. 그만큼 기술 섹션은 이것을 다룹니다
옵션에 대해 자세히 알아보십시오.

-p 하위 버전 (블라스트PGP)
PHI-BLAST용 프로그램 옵션(기본값 = blastpgp)

-p X (거대 폭발)
식별 백분율 컷오프(기본값 = 0)

-p F (RPS블라스트)
쿼리 시퀀스는 단백질이 아니라 뉴클레오티드입니다.

-p 하위 버전 (시드탑)
프로그램 이름:
patmatchp는 시퀀스에서 발생하는 패턴을 나타냅니다.
patternp는 패턴이 포함된 시퀀스를 나타냅니다.

-q N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
megablast, seedtop) 뉴클레오티드 불일치에 대한 페널티(blastn만 해당)(기본값 = -10
seedtop의 경우 -3 다른 모든 것)

-q N (블라스트PGP)
ASN.1 체크포인트 데이터의 Scoremat 입력:
0 스코어매트 입력 없음(기본값)
1 ASCII 스코어매트 체크포인트 파일에서 다시 시작
2 바이너리 스코어매트 체크포인트 파일에서 다시 시작

-r N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
megablast, seedtop) 뉴클레오티드 일치에 대한 보상(blastn만 해당)(기본값 = 10
seedtop, 다른 모든 경우 -10)

-s (폭발2)
No-op(이전에는 데이터베이스의 모든 기반에 대해 단어 생성을 요청했음)

-s (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp)
국부적으로 최적의 Smith-Waterman 정렬을 계산합니다. blastall의 경우 blastall_old 및
blastcl3, 이것은 gapped tblastn 모드에서만 사용할 수 있습니다.

-s N (거대 폭발)
보고할 최소 적중 점수(기본 동작의 경우 0)

-t N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
불연속 단어 템플릿의 길이(번역된 단어에서 허용되는 가장 큰 인트론
여러 개의 별개 할당을 연결할 때 뉴클레오티드 서열; 기본값 = 0;
음수 값은 blastall, blastall_old 및 blastcl3에 대한 연결을 비활성화합니다.)

-t N[u] (블라스트pgp)
작곡 기반 점수 조정. 첫 번째 문자는 다음과 같이 해석됩니다.
0, F 또는 f
구성 기반 통계 없음
1 구성 기반 통계 나르 29:2994-3005, 2001
2, T 또는 t
구성 기반 점수 조정 생물 정보학 21:902-911, 2005,
라운드 1의 시퀀스 속성에 따라 조건부(기본값)
3과 같이 구성에 따른 점수 조정 생물 정보학 21:902-911, 2005,
무조건 1라운드

구성 기반 통계를 사용하는 경우 추가 u (대소문자를 구분하지 않음)
인수는 정렬 p-값과 구성 p-값을 결합하는 통합 p-값을 요청합니다.
1라운드에서만 가치가 있습니다.

-t N (거대 폭발)
연속되지 않은 단어 템플릿의 길이(0인 경우 연속된 단어[기본값])

-u (폭발2)
unapped 정렬만 수행합니다(tblastx의 경우 항상 TRUE).

-u 하위 버전 (폭발cl3)
데이터베이스 검색을 Entrez2 조회 결과로 제한

-u N (블라스트PGP)
체크포인트 데이터의 ASN.1 Scoremat 출력:
0 스코어매트 출력 없음(기본값)
1 출력 ASCII 스코어매트 체크포인트 파일( -J)
2 출력 바이너리 스코어매트 체크포인트 파일(필수 -J)

-v N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) 표시할 한 줄 설명 수(V)(기본값 =
500)

-w N (폭발2)
창 크기(초기 적중 쌍 사이의 최대 허용 거리, 0 호출
기본 동작, -1은 여러 히트를 끕니다)

-w N (blastall, blastall_old, blastcl3)
프레임 이동 패널티(blastx용 OOF 알고리즘)

-y X (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, rpsblast) 비트 단위의 갭이 없는 확장에 대한 X 드롭오프(0.0은 기본값을 호출합니다.
행동: blastn의 경우 20, 메가블라스트의 경우 10, 기타 모든 경우 7).

-y N (거대 폭발)
unapped 확장에 대한 X 드롭오프 값(기본값은 10)

-z N (폭발2)
고르지 않은 간격 HSP 연결에 대한 가장 긴 인트론 길이(tblastn만 해당, 기본값은 0)

-z N (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, 임팔라,
megablast, rpsblast) 데이터베이스의 유효 길이(실제 크기는 XNUMX 사용)

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