bowtie-build - 클라우드에서의 온라인

프로그램:

이름

bowtie-build - bowtie에 대한 색상 공간 인덱스 구축

개요

나비넥타이 빌드 [옵션]*

기술

참조_인
참조 시퀀스가 ​​있는 쉼표로 구분된 파일 목록

ebwt_outfile_base
이 dir/basename을 사용하여 파일에 Ebwt 데이터 쓰기

옵션

-f 참조 파일은 Fasta(기본값)입니다.

-c cmd 라인에 주어진 참조 시퀀스(예: )

--큰 인덱스
ref가 4억 미만인 경우에도 강제로 생성된 인덱스가 '대형'이 됩니다.
뉴클레오티드

-C/--색상
색공간 인덱스 구축

-a/--자동 없음
자동 비활성화 -p/--bmax/--dcv 메모리 피팅

-p/--포장 된
내부적으로 압축된 문자열을 사용합니다. 속도가 느리고 메모리 사용량이 적습니다.

--bmax
블록 방식 접미사 배열 빌더의 최대 버킷 크기

--bmaxdivn
ref len의 제수인 최대 버킷 sz(기본값: 4)

--dcv
블록별 diff-cover 기간(기본값: 1024)

--nodc diff-cover 비활성화(알고리즘이 XNUMX차식이 됨)

-r/--noref
.3/.4.ebwt(패킹 참조) 부분을 빌드하지 마세요.

-3/--그냥 참조
.3/.4.ebwt(패킹된 참조) 부분을 빌드하세요.

-o/--오프레이트
SA는 2^offRate BWT 문자마다 샘플링됩니다(기본값: 5).

-t/--ftabchars
초기 조회에서 소비된 문자 수(기본값: 10)

--ntoa N을 As를 기준으로 변환

--씨앗
난수 생성기용 시드

-q/--조용한
상세 출력(디버깅용)

-h/--돕다
도구 및 해당 옵션에 대한 자세한 설명 인쇄

--용법
이 사용 메시지를 인쇄하십시오

--번역
버전 정보를 인쇄하고 종료

64비트 기반 lgw01-11 Thu 26월 11일 11:03:2015 UTC 5.2.1 컴파일러: gcc 버전 20151123 XNUMX
(Ubuntu 5.2.1-25ubuntu1) 옵션: -O3 -NS,--해시 스타일=둘다 -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2
-fstack-보호자-강한 -W포맷 -워러=형식 보안 -g -O2 -fstack-보호자-강한
-W포맷 -워러=형식 보안 -NS,-Bsymbolic-함수 -NS,-z,relro 크기의 {int, long,
긴 긴, void*, size_t, off_t}: {4, 8, 8, 8, 8, 8}

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