이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 공급자에서 실행할 수 있는 bowtie2-build 명령입니다.
프로그램:
이름
bowtie2-build - bowtie2-build-*용 래퍼
개요
bowtie2 빌드 [옵션]*
기술
Ben Langmead의 Bowtie 2 버전 2.2.6([이메일 보호], www.cs.jhu.edu/~langmea)
참조_인
참조 시퀀스가 있는 쉼표로 구분된 파일 목록
bt2_index_base
이 dir/basename을 가진 파일에 bt2 데이터 쓰기
*** Bowtie 2 인덱스는 v2에서만 작동합니다(v1 아님). v1 인덱스도 마찬가지입니다. ***
옵션
-f 참조 파일은 Fasta(기본값)입니다.
-c cmd 라인에 주어진 참조 시퀀스( )
--큰 인덱스
ref가 4억 미만인 경우에도 강제로 생성된 인덱스가 '대형'이 됩니다.
뉴클레오티드
-a/--자동 없음
자동 비활성화 -p/--bmax/--dcv 메모리 피팅
-p/--포장 된
내부적으로 압축된 문자열을 사용합니다. 느리고 적은 메모리
--bmax
블록 방식 접미사 배열 빌더의 최대 버킷 크기
--bmaxdivn
ref len의 제수인 최대 버킷 sz(기본값: 4)
--dcv
블록별 diff-cover 기간(기본값: 1024)
--nodc diff-cover 비활성화(알고리즘이 XNUMX차식이 됨)
-r/--noref
.3/.4 색인 파일을 빌드하지 마십시오.
-3/--그냥 참조
.3/.4 인덱스 파일만 빌드
-o/--오프레이트
SA는 2^마다 샘플링됩니다. BWT 문자(기본값: 5)
-t/--ftabchars
초기 조회에서 소비된 문자 수(기본값: 10)
--씨앗
난수 생성기용 시드
-q/--조용한
상세 출력(디버깅용)
-h/--돕다
도구 및 해당 옵션에 대한 자세한 설명 인쇄
--용법
이 사용 메시지를 인쇄하십시오
--번역
버전 정보를 인쇄하고 종료
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 bowtie2-build 사용
