Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공업체에서 실행할 수 있는 bp_indexp 명령입니다.
프로그램:
이름
bp_index.pl - bp_fetch.pl에서 사용할 파일 색인을 생성합니다.
개요
bp_index.pl index_name 파일1 파일2 등
기술
bp_index.pl은 인수 목록에 제공된 시퀀스 파일에 대한 bioperl 인덱스를 구축합니다.
인덱스 이름 아래에 있습니다. 예를 들어
bp_index.pl nrdb /data/nrdb/nrdb.fasta
nrdb.fasta 파일의 인덱스 이름으로 'nrdb'라는 인덱스를 구축하고
bp_index.pl -fmt EMBL 스위스 /data/swiss/*.dat
.dat로 끝나는 /data/swiss의 모든 파일에 대해 swiss라는 색인을 작성합니다.
EMBL 형식입니다.
인덱스는 Bio/Index/* 모듈, 특히 Bio::Index::EMBL 및
Bio::Index::Fasta 모듈. 이러한 모듈을 사용하는 모든 스크립트는 색인을 사용할 수 있습니다. ㅏ
좋은 예 스크립트는 시퀀스를 가져와 STDOUT으로 파이프하는 bp_fetch입니다.
예
bp_fetch 스위스:ROA1_HUMAN
스위스 인덱스에서 ROA1_HUMAN 시퀀스를 가져와 STDOUT에 fasta 형식으로 씁니다.
옵션
-fmt - Fasta(기본값), 스위스 또는 EMBL
-dir - 인덱스 파일이 있는 디렉토리
(BIOPERL_INDEX 환경 변수를 재정의함)
전문가용 옵션
-유형 - DBM_파일 형식.
(BIOPERL_INDEX_TYPE 환경 변수를 재정의함)
-v - 모든 인덱스 추가 보고(디버깅)
환경
환경 변수를 사용하여 데이터베이스가 있는 bp_index 및 bp_fetch 좌표
BIOPERL_INDEX. 이는 -dir 옵션을 사용하여 재정의할 수 있습니다. 기본값이 없으므로
-dir 옵션을 사용하거나 BIOPERL_INDEX를 설정해야 합니다.
DB 유형은 BIOPERL_INDEX_TYPE으로 조정되며, 해당 유형이 없으면 기본값은 다음과 같습니다.
bioperl 모듈이 설치된 것이 무엇이든, 그 자체의 기본값은 SDBM_File입니다.
사용 IT 당신 자신
bp_index.pl은 Index 모듈을 구동하는 스크립트입니다. 이 스크립트를 사용하고 싶다면
당신의 작업이 Perl 기반이라면, 다음을 살펴보는 것이 거의 확실합니다.
이 스크립트의 코드를 복사하고 복사해 보세요.
bp_fetch 코드).
확장 IT
bp_index는 bioperl에 있는 James Gilbert의 뛰어난 인덱스 모듈을 둘러싼 래퍼일 뿐입니다.
피드백
메일 링 기울기
사용자 피드백은 이 모듈과 다른 Bioperl 모듈의 진화에서 필수적인 부분입니다. 보내다
귀하의 의견과 제안은 가급적 Bioperl 메일링 리스트로 보내주십시오. 귀하의 참여
대단히 감사합니다.
[이메일 보호] - 일반 토론
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - 메일링 리스트에 대해
통계 보고서 버그
Bioperl 버그 추적 시스템에 버그를 보고하여 버그와 버그를 추적하는 데 도움이 됩니다.
해결. 버그 보고서는 웹을 통해 제출할 수 있습니다.
https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues
저자 - 이완 버니
이완 버니[이메일 보호]>
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 bp_indexp 사용
