bp_papplmaker.plp - 클라우드에서의 온라인

프로그램:

이름

papplmaker.PLS - 분석 도구 모듈 생성기

개요

# 도움을 받으세요
pappplmaker.PLS -h

# 'seqret' 프로그램을 위한 모듈을 생성합니다.
papplmaker.PLS -n edit.seqret

# 마찬가지지만 'seqret'을 찾을 위치를 지정하세요.
papplmaker.PLS -n 편집::seqret
-l http://localhost:8080/축/서비스

# 마찬가지지만 'seqret'에 기본이 아닌 액세스 방법을 지정합니다.
papplmaker.PLS -n 편집::seqret
-l http://corba.ebi.ac.uk/IOR/Analyses.ref
- 코르바

# 사용 가능한 모든 분석을 위한 모듈을 생성합니다.
# (기본 위치 및 기본 액세스 방법 사용)
파플메이커.PLS

# 생성하지 않지만 무엇이 생성될지 확인
pappplmaker.PLS -s
papplmaker.PLS -S

# 분석을 위한 모듈 생성 'edit::seqret'
# 이름을 'MySeqret'으로 지정
papplmaker.PLS -n 편집::seqret -m MySeqret

# ...그리고 그것을 사용하세요
MySeqret을 사용하십시오.
새로운 MySeqret->sequence_direct_data('tatataccgt')를 인쇄하세요.
->osformat ('embl')
->기다려요
->아웃시퀀스;

# 마찬가지지만 결과를 '/tmp/my' 디렉토리에 넣습니다.
# (디렉토리가 존재할 필요는 없습니다)
papplmaker.PLS -n 편집::seqret -m MySeqret -d /tmp/my/

# 이름이 있는 모든 분석을 위한 모듈을 생성합니다.
# 주어진 정규 표현식과 일치합니다(대소문자를 구분하지 않음)
papplmaker.PLS -r '편집'

# 마찬가지지만 생성된 모듈의 이름을 자신의 이름으로 지정
# (paplmaker.PLS가 이름의 일부를 대체하도록 허용)
papplmaker.PLS -r '편집' -m 'My_$ANALYSIS'

기술

"Bio::Tools::Run::Analytics" 모듈은 로컬 및 원격 분석에 대한 액세스를 제공합니다.
통합된 방식으로 도구를 사용합니다("Bio::AnalyticI"에 정의됨). 모듈은 일반적인 접근 방식을 사용합니다.
임의의 입력 데이터를 설정하고 이름을 지정하여 결과를 검색할 수 있습니다. 하지만,
때로는 하나의 분석 도구를 나타내는 특정 모듈을 사용하는 것이 더 편리합니다.
사용 가능한 입력 및 결과 이름을 이미 알고 있습니다.

생성기 "papplmaker.PLS"는 이러한 전용 모듈을 생성합니다.

"papplmaker.PLS"는 일반 모듈과 동일한 액세스 방법을 사용합니다.
"access" 매개변수에 따라 SOAP, CORBA 또는 기타(지원됨)를 사용할 수 있습니다.
프로토콜을 사용하거나 로컬 분석에 액세스할 수 있습니다(동일한 시스템에서 사용 가능).
"papplmaker.PLS"가 호출됩니다).

"papplmaker.PLS"는 하나의 명명된 분석("-n" 옵션으로 지정됨)에 대해 작업을 수행합니다.
또는 어떤 분석이 있는지 찾기 위해 "Bio::Tools::Run::AnalyticFactory" 모듈을 사용합니다.
사용 가능하며 다음과 같이 제공된 정규식과 일치하여 개수를 제한할 수 있습니다.
"-r" 옵션.

생성된 모듈은 기본적으로 모듈의 이름과 유사하게 이름이 지정됩니다.
해당 분석을 수행하지만 실제로는 "-m" 옵션을 사용하여 변경할 수 있습니다.
다음 문자열이 인식되고 대체되는 템플릿:

$ANALYSIS 또는 ${ANALYSIS}
분석 이름으로 대체됩니다.

$CATEGORY 또는 ${CATEGORY}
분석이 속한 카테고리의 이름으로 대체됩니다.

$SERVICE 또는 ${SERVICE}
서비스의 전체 이름(일반적으로 연결)으로 대체됩니다.
카테고리 및 분석 이름으로, 기본 모듈 이름으로도 사용됩니다. btw).

"서비스"와 "분석"의 차이점은 무엇이며, "카테고리"는 무엇을 의미하나요?
때때로 이러한 용어는 약간 다른 의미를 갖기 때문에 혼란스러울 수 있습니다.
통신에 사용되는 액세스 방법에 따라 다릅니다. 일반적으로 '분석'이란
어딘가에서 실행되고 있지만 때로는 로컬 컴퓨터에서 실행되는 프로그램(응용 프로그램, 도구)입니다. 안
분석의 예는 "seqret"(EMBOSS 패키지의)입니다. 분석을 그룹화할 수 있습니다.
기능이나 다루는 데이터 유형에 따라 범주로 분류됩니다(그러나 때로는
전혀 카테고리가 없습니다). 각 분석은 더 높은 수준의
추상화, "서비스". 서비스는 일반적으로 웹과 같은 프로토콜 종속 래퍼입니다.
서비스 또는 CORBA 서비스. 예를 들어 "edit::seqret" 서비스가 있습니다.
"편집" 범주의 분석 "seqret"을 나타냅니다.

피드백

메일 링 기울기
사용자 피드백은 이 모듈과 다른 Bioperl 모듈의 진화에서 필수적인 부분입니다. 보내다
귀하의 의견과 제안은 가급적 Bioperl 메일링 리스트로 보내주십시오. 귀하의 참여
대단히 감사합니다.

[이메일 보호] - 일반 토론
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - 메일링 리스트에 대해

통계 보고서 버그
Bioperl 버그 추적 시스템에 버그를 보고하여 버그와 버그를 추적하는 데 도움이 됩니다.
해결. 버그 보고서는 웹을 통해 제출할 수 있습니다.

http://redmine.open-bio.org/projects/bioperl/

onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 bp_papplmaker.plp를 사용하세요.