chemtool - 클라우드에서의 온라인

프로그램:

이름

chemtool - 화학 구조 편집기

개요

화학 도구 [파일 이름]

기술

화학 도구 유기 분자를 그려 X 비트맵, PNG로 내보내는 프로그램입니다.
PicTeX, Xfig, SVG, SXD, MDL 또는 EPS 파일. GTK를 사용하여 X Window 시스템에서 실행됩니다.
위젯 세트.

이 프로그램은 기본적으로 무제한 실행 취소/다시 실행, XNUMX개의 텍스트 글꼴과 기호, XNUMX개의 글꼴을 제공합니다.
색상, 다양한 확대/축소 비율로 그리기, 정사각형 및 육각형 배경 그리드를 통해 더 쉽게 사용할 수 있습니다.
조정.

사용 예

모든 그리기 및 편집 모드에서 마우스 버튼 XNUMX(보통 왼쪽 버튼)은 다음 작업에 사용됩니다.
개체를 표시하거나 그리거나 버튼 XNUMX(오른쪽 버튼)을 사용하여 개체를 삭제할 수 있습니다.
현재 유형의. 가운데 버튼은 본드 드로잉 모드에서 주로 사용됩니다.
결합 유형을 빠르게 변경할 수 있습니다. 버전 1.5부터 기본 저장소
데이터 파일의 디렉터리와 사용할 파일 이름 확장자는 다음을 통해 저장할 수 있습니다.
구성 대화 상자.

그림 of 채권:
결합은 4가지 각도 설정으로 그릴 수 있습니다(30° 간격의 육각형, 두
72° 간격(다른 방향)의 오각형 및 45° i 팔각형). (중급
각도는 이 모든 모드에서도 가능합니다. 여기서 마커 포인트는 무시하세요.
케이스).

버튼 막대 중앙에 있는 본드 스타일 선택기는 본드 유형을 결정합니다.
인출 - 처음에는 단일 채권입니다. 나중에 채권 종류를 변경하고 싶다면,
다음 유형으로 넘어가려면 마우스 가운데 버튼으로 클릭하거나
선택기에서 적절한 유형을 선택한 다음 bondtype 모드로 전환하고 모두 선택합니다.
새로운 유형으로 변경하려는 채권입니다. (본드에 사용된 색상은
필요한 경우 동시에 업데이트됩니다.) 본드에 있는 동안 마우스 가운데 버튼을 누르세요.
'결합 유형' 모드는 해당 결합의 방향을 바꿉니다.

세 번째(보통 오른쪽) 마우스 버튼을 사용하면 커서 옆의 연결이 삭제됩니다.
위치.

사용 가능한 채권 유형은 다음과 같습니다.

· 단일결합

· 이중결합

· 이중 결합(반대쪽의 선이 더 짧음)

· 중심이중결합

· 삼중 결합(측면 라인이 중앙보다 짧음)

· 삼중 결합(동일한 줄 길이)

· XNUMX중결합

· 쐐기형 본드

· 점선 쐐기형 본드

· 물결선

· 반 화살표

· 일반 화살

· 와이드본드

· 원

· 점선

· 중첩된 단일 결합(교차하는 결합에서 세그먼트를 잘라냄)

· 광파이안와엽

· 어두운 파이 안와엽

반자동 그림 of 반지 :
3~12명의 링은 Ctrl 키를 누른 채 그리는 방식으로 쉽게 그릴 수 있습니다.
선. 그러면 이 선이 자동으로 그려지는 링의 첫 번째 세그먼트가 됩니다.
시계방향으로. 링의 크기는 기본적으로 선택한 항목에 적합한 크기로 설정됩니다.
그리기 모드(예: 5, 6 또는 8면). 그러나 을 눌러 링별로 설정할 수 있습니다.
Ctlr- 반지를 그리기 전, 3~9번은 3~9인조에 해당합니다.
링, 0~2는 각각 10, 11, 12개 멤버 링을 선택합니다.

Ctrl과 마우스 버튼 3을 함께 누르면 새로 그려진 링을 삭제할 수 있습니다.

그림 of 구부러진 윤곽:
화살표나 안와 돌출부 같은 객체의 곡선은 스플라인 곡선 모드에서 다음과 같이 그릴 수 있습니다.
경계 다각형을 형성하는 XNUMX개의 제어점 지정(시작점,
피크, 끝점의 어느 쪽이든). 스타일 메뉴에서 사용할 수 있는 일반 채권 유형 중,
'한 줄', '세미화살표', 화살표 및 '점선'은 일반적인 기능을 유지하지만
'넓은 선' 유형은 채워진 다각형을 나타내는 데 사용됩니다. 제어점은 오직
볼 수있는 무브 모드에서는 드래그하여 곡선 형태를 변경할 수 있습니다.
그려져 있습니다.

환경 증서 스타일
결합 스타일 모드에서 다이어그램의 결합을 클릭하면 표시가 다음과 같이 변경됩니다.
옆에 있는 풀다운 메뉴에서 선택한 유형 타입 버튼을 클릭합니다.

풀다운 메뉴에서 추가 채권 유형을 선택할 수 있습니다.

곡선 화살표

그리기에만 사용할 수 있습니다. 실제로는 곡선 그리기 중 하나에 대한 바로가기입니다.
위에서 설명한 기능은 두 번째 및 세 번째 제어점을 자동으로 사용합니다.
생성되었습니다. 따라서 기존 채권 유형으로 전환하거나 전환할 수 없습니다.

(그러나 다른 곡선 유형으로 변환할 수 있습니다. 예를 들어 곡선 유형을 변경하려면
화살촉). 화살표의 모양은 일반적으로 위치를 이동하여 조정해야 합니다.
'이동' 모드에서 옆에 나타나는 제어점입니다.

삽입 본문
텍스트 상자에 작성된 텍스트는 커서를 사용하여 위치를 지정할 수 있으며 왼쪽에 나타날 수 있습니다.
도면에서 가운데 ​​또는 오른쪽 정렬됩니다. 텍스트 크기와 색상은 고정에서 선택 가능
선택 목록. 아래 첨자와 위 첨자에 사용되는 두 가지 특수 문자가 있습니다.
다음 문자:

위로 이동하려면 '^'(예: N^+)

아래로 이동하려면 '_'(예: CH_3)

제어 문자 '|' |t-Bu와 같이 다음 문자를 이탤릭체로 표시하는 데 사용됩니다.

일반적으로 화합물 번호를 매기는 데 사용되는 굵은 글꼴 유형은
'#'이 있는 문자입니다.

특수 문자 '@'는 표준 X11 기호를 사용하는 기호 모드로 전환됩니다.
폰트. 이 모드에서는 모든 알파벳 키가 해당 그리스 문자를 생성합니다.
표준 Latin1에 해당하는 기호가 이미 있는 경우 다른 여러 기호를 사용할 수 있습니다.
키보드에 매핑:

엔 -> 무한대

하이픈 -> 위쪽 화살표

마크롱 -> 아래쪽 화살표

'plusminus' 및 'registered'(상표) 기호는 이미 표준 글꼴에 있으며,
일반적으로 키보드에서는 사용할 수 없습니다. 다음 명령을 사용하십시오(또는
선언을 추가하십시오. .xmodmaprc ) 다음을 통해 사용할 수 있도록 합니다. +
( + ):

xmodmap -e 'keysym r = r R 등록됨' \
-e 'keysym o = o O 엔' \
-e 'keysym p = p P 플러스마이너스' \
-e 'keysym u = u U 하이픈' \
-e 'keysym d = d D 매크로'

(이로 인해 AltGr-P = 플러스 마이너스, AltGr-R = 일반 모드에 등록 및 AltGr-O =
무한대, AltGr-U = 위쪽 화살표, AltGr-D = 기호 글꼴에서 아래쪽 화살표).

'점과 십자형' 다이어그램의 경우 기호 글꼴에 대한 다음 매핑은 다음과 같습니다.
유용함: 예각 -> 십자형(예:keyym x = x X 예각) 중간 점 -> 채워진 점(예:keyym
d = d D 주기 중심)(열린 점에 도 기호 사용).

이온 전하를 표시하는 플러스 및 마이너스 기호의 원 버전은 @+로 사용할 수 있습니다.
그리고 @- .

기호를 아래 첨자 또는 위 첨자로 사용하려면 아래 첨자 또는 위 첨자를 배치하세요.
'@' 문자 앞의 문자(예: K_@a )

텍스트 모드에서 마우스 오른쪽 버튼을 누르면 커서 위치의 라벨이 삭제됩니다. 바꾸다
라벨의 크기, 글꼴 또는 색상은 라벨을 선택한 후 마우스 왼쪽 버튼을 클릭하여 지정할 수 있습니다.
원하는 설정 조합. 그리기 영역 위의 텍스트 입력 상자가 비어 있는 경우
라벨 내용은 변경되지 않고 설정만 업데이트됩니다. 그렇지 않으면
레이블 텍스트도 교체됩니다. 기존 라벨의 텍스트를 복사하려는 경우
텍스트 입력 상자를 마우스 가운데 버튼으로 클릭하세요.

레이블링 바로 가기
모든 본드 그리기 모드에서 원자 기호를 추가하는 데 여러 가지 키보드 단축키를 사용할 수 있습니다.
그리기 모드를 종료할 필요 없이. 레이블은 현재 도면 위치에 배치됩니다.
(마지막으로 그린 ​​선의 끝점 또는 마지막으로 클릭한 지점)

'c','h','n','o','s','p' 및 'r' 키는 해당 대문자 'l'을 삽입합니다.
(소문자 L)은 'Cl'을 삽입하고, '1', '2', '3'은 각각 CH, CH_2 및 CH_3을 삽입합니다. 그만큼
별표 키(*)는 채워진 원을 삽입합니다.

스페이스바를 한 번 누르면 임의의 라벨을 입력할 수 있습니다.
Return 키를 누르면 현재 위치.

그림 전자 쌍
숫자 키패드의 키를 사용하여 숫자 옆에 짧은 '전자쌍' 선을 그릴 수 있습니다.
요소 기호 - 요소 기호가 중앙 '5' 키에 있다고 상상한다면,
각 키는 해당 위치에 적합한 전자쌍을 그립니다. 와 함께 사용하면
Shift 키, 선 대신 두 개의 점이 그려집니다. 다음과 같은 경우 점 중 하나를 다시 삭제하면 됩니다.
홀수의 전자가 필요합니다.

번호 원자
분자 내 원자의 번호를 빠르게 매기려면 텍스트 모드 중 하나로 전환하고
Control 키를 누르고 마우스 왼쪽 버튼으로 각 원자를 연속해서 선택합니다. 번호 매기기
1부터 시작하며 마우스 오른쪽 버튼을 클릭하면 언제든지 순서를 재설정할 수 있습니다.
자신만의 번호 매기기 구성표를 사용해야 하는 경우 중간 버튼을 클릭합니다(아직
Ctrl 키를 누르고 있으면) 텍스트 입력 필드에 있는 숫자를 선택하게 됩니다.

중심
분자를 넣을 공간이 충분하지 않으면 시트 중앙에 놓을 수 있습니다.
중앙 버튼으로.

내보내기 에 외국의 형식 :
분자를 X 비트맵, PNG 또는 EMF 이미지, 캡슐화된 이미지로 내보낼 수 있습니다.
포스트스크립트 파일, Brian Smith의 입력 파일 그림(1) 프로그램, MDL 버전. 2000몰파일
상용 패키지, XHTML 웹 페이지용 SVG 파일 또는
LaTeX 문서에 직접 포함하기 위한 PicTeX 형식입니다. PicTeX, PNG, EMF 및
포스트스크립트 출력 함수는 다음에 의존합니다. fig2dev81) 프로그램에서 변형(1) 패키지
시작 시 이 프로그램이 감지된 경우에만 사용할 수 있습니다. 만약 fig2sxd(1)
프로그램이 설치되면 OpenOffice SXD 형식에 대한 추가 내보내기 옵션을 사용할 수 있습니다.
마찬가지로 (오픈)babel 프로그램이 설치되면 추가로 내보내기 메뉴를 제공합니다.
이 도구에서 지원하는 모든 파일 형식에 대한 액세스가 가능해집니다.

현재 확대/축소 배율에 따라 다양한 크기의 출력을 생성할 수 있습니다.
Postscript 및 PicTeX 파일은 다음에서 선택 가능한 임의의 축척으로 생성될 수도 있습니다.
파일 내보내기 메뉴.

구성 메뉴의 옵션을 통화로 설정할 수 있습니다. fig2dev 국제 언어로
모드는 다음을 사용하여 대체(Times) 글꼴로 작성된 모든 텍스트를 자동으로 렌더링합니다.
현재 로케일에 적합한 포스트스크립트 글꼴(현재 크로아티아어, 키릴 문자,
체코어, 헝가리어, 일본어, 한국어, 폴란드어). 참조 fig2dev 자세한 내용은 문서를 참조하십시오.

LaTeX 문서에 PicTeX 파일을 포함하려면 pictex 매크로 패키지가 필요합니다.
사용하는 버전에 따라 'color' 패키지를 로드해야 할 수도 있습니다.
LaTeX 파일의 서문. 'TeX 용량 초과' 오류 메시지가 표시되는 경우,
extra_mem_bot 매개변수를 늘리세요. texmf.cnf 파일(보통
/usr/공유/texmf/web2c, /usr/로컬/texmf or /etc/texmf). Pictex는 특이한 것으로 유명합니다.
(tex 표준에 따라) 메모리 요구 사항이며 표준 설정은 이를 고려하지 않습니다.
('pictex를 사용하는 경우 이것을 변경하세요'라는 주석을 찾을 수 있지만 texmf.cnf
파일). extra_mem_bot=400000과 같은 것은 적당히 현대적인 것에는 해를 끼치지 않아야 합니다.
시스템.

인쇄 도면
버전 1.5부터 다이어그램을 Postscript 지원 인쇄 장치(또는
보다 일반적으로 고스트스크립트를 실행하는 인쇄 대기열)이 가능합니다. 종이 크기,
배율, 프린터 이름, 사용할 인쇄 명령(현재는 lp(1) lpr(1)
or 프린터(1))은 구성 대화 상자에 저장할 수 있습니다.

선택 모든 or 부품 of a 그림 for 변환:
'마크' 버튼을 사용하면 현재 도면의 일부를 둘러싸서 쉽게 선택할 수 있습니다.
'고무줄' 직사각형으로 표시합니다.

선택 항목에 직사각형 영역 외부의 원자를 추가해야 하는 경우 간단히 그림을 그립니다.
Ctrl 키를 누른 상태에서 다른 고무 밴드를 둘러싸세요.

선택한 부품은 파란색으로 강조 표시되며 즉시 사용할 수 있습니다.

움직이는 누른 상태에서 마우스로 조각을 원하는 위치로 드래그하면 됩니다.
마우스 왼쪽 버튼을 아래로 누릅니다. (개별 원자만 이동해야 하거나
채권의 경우 표시할 필요 없이 '이동' 모드에서 간단히 선택하고 끌 수 있습니다.
먼저).

회전 마우스의 수평 이동은 마우스 주위의 부드러운 회전으로 변환됩니다.
마우스 버튼을 누를 때 선택되는 피벗 포인트

플 리핑 (미러링) 수평 또는 수직 거울 평면에 대한 조각을 통해
중앙: 해당 메뉴 버튼을 클릭하면 수행됩니다.

사자 '복사' 메뉴 버튼을 클릭하면 선택한 항목의 정확한 복사본이 생성됩니다.
조각은 원본과 약간 오프셋됩니다. 마크가 자동으로
새로운 사본으로 옮겨졌습니다.

스케일링 수평 마우스 움직임은
표시된 조각의 크기

삭제 중 표시된 조각을 삭제하려면 세 번째(보통 오른쪽)를 클릭하면 됩니다.
강조 표시된 후 마우스 버튼을 누릅니다.

프레이밍 프레임 및 괄호 스타일 드롭다운 목록에서 아이콘 중 하나를 선택합니다.
해당 객체(예: 둥근 괄호 한 쌍)를 주위에 그립니다.
강조 표시된 조각.

최적화 '양동이와 빗자루' 기호를 클릭하면 제거하는 기능이 호출됩니다.
도면에서 겹치는(중복) 본드와 라벨을 붙여 곧게 만듭니다.
거의 수평 또는 수직인 선.

첨가 이전에 저장 수치:
이전에 저장한 chemtool 도면에서 다른 분자를 추가하려면 파일에서 해당 분자를 선택하십시오.
'추가' 버튼을 누르면 나타나는 선택창. 아무거나 한 번 클릭하면
목록의 파일 이름은 선택을 돕기 위해 분자의 작은 미리보기를 표시합니다. 그만큼
새로 추가된 분자는 자동으로 활성화되어 다음과 같이 재배치될 수 있습니다.
원하는.

다른 분자의 미리 정의된 위치에 추가하려면 해당 위치에 표시하면 됩니다.
마커 직사각형을 드래그하는 대신 첨부 사이트를 마우스 왼쪽 버튼으로 클릭하면 됩니다. 작은
이제 새 부품의 참조 위치에 녹색 점이 나타납니다. 저장하면
그러한 마커 세트가 있는 분자는 차례로 부착 부위를 정의합니다.
다른 도면에 추가됩니다.

첨가 한 of 전에, 사전 정의 템플릿 :
'도구' 메뉴에서 '템플릿'을 선택하면 작은 컬렉션이 있는 두 번째 창이 열립니다.
미리 정의된 구조. 원하는 분자의 이미지를 클릭하기만 하면 추가됩니다.
당신의 그림. 템플릿 창은 chemtool 세션 내내 열려 있을 수 있습니다.
다른 창에 숨겨져 있는 경우 '템플릿' 메뉴를 선택하여 앞으로 이동할 수 있습니다.
다시 chemtool에서.

템플릿 시스템의 데이터는 다음과 같은 점에서만 일반 chemtool 도면과 다릅니다.
그들은 프로그램 내에 약간 어색한 형식(x 및 y 좌표)으로 저장됩니다.
소스 파일 template.h에 별도로 나열됩니다. 이는 다음을 제공하기 위한 것입니다.
모든 사용자가 사용할 수 있는 편리한 기본 세트이지만 개별적으로 확장할 수는 없습니다.
자신의 구조에 대한 '추가' 기능). 구체적으로 원하시면 알려주세요
템플릿에 추가된 분자 - 이름 또는 이상적으로는 일반 chemtool 도면 파일
이것이 우리에게 필요한 전부입니다. (이메일을 보내 [이메일 보호])

가져 오기 외국의 파일 형식 :
Chemtool은 Protein에서 사용되는 PDB 형식의 파일을 가져오는 기능을 제공합니다.
데이터베이스(및 대부분의 분자 모델링 패키지) 및 독점 MDL molfile 형식
ISISdraw에서 사용되며 다른 구조 도면 패키지 및 데이터베이스에서 이해됩니다.
프런트엔드.

둘 다 3D 파일 형식이므로 chemtool은 2D 투영만 처리하고 가져온
분자는 처음에는 임시 저장소로 판독되어 캔버스에 파란색으로 표시됩니다.
이 3D 표현은 마우스를 사용하여 회전할 수 있습니다. Return 키를 누른 후에만
키보드의 키를 누르면 편집 가능한 최종 2D 투영으로 변환됩니다. 하는 동안
이러한 3D 가져오기가 진행 중이면 모든 일반 그리기 및 편집 기능이 비활성화됩니다.

MDL molfile 가져오기를 사용하면 탄소 원자 라벨이 자동으로 삭제됩니다. PDB의 경우
가져오기를 수행하면 파일 선택 대화 상자에서 라벨링 양을 선택할 수 있습니다.
모든 라벨, 비수소 원자 라벨만 보유, 또는 숫자가 아닌 라벨만 보유
라벨의 일부입니다.

프로그램 바벨이 설치된 경우 - Pat Walters가 작성한 원본 버전 또는
최신 OpenBabel 노력 - chemtool은 자동으로 메뉴 옵션을 제공합니다.
지원하는 모든 파일 형식에서 가져오기.

결정하기 합 공식 과 분자의 중량 :
배포판에는 도우미 프로그램이 포함되어 있습니다. CHT(1), Radek Liboska(프라하)의 계산
chemtool 도면 파일의 합계 공식과 (정확한) 분자량. 그것은 또한
현재 구조에 대한 데이터를 계산하기 위해 chemtool 내에서 사용할 수 있습니다.
그것의 표시된 조각. CHT 중복된 결합으로 인해 오해를 받을 수 있음(chemtool은 제거되지 않음)
융합 링 시스템으로 인해 자동으로 발생할 수 있는 중복 결합) 및
'방향족 고리' 기호로 표시되므로 이를 피하고 해당 기호의 타당성을 확인해야 합니다.
가능한 경우 합계 공식을 생성합니다.

그림 기능 지원 가능 이내 켐툴:
일반 선 그리기 기능과 같이 현재 chemtool에서 지원하지 않는 기능의 경우,
Brian Smith의 XFig 드로잉 패키지 받기 그림 적극 권장됩니다. 유일한 것에 대해
제공하지 않는 것은 '화학적' 선종류와 그리기 각도에 대한 지원입니다.
chemtool이 일종의 동반 프로그램으로 작성된 이유. (아마도 더 많을 겁니다.
시간이 지남에 따라 가장 절실히 필요한 그리기 옵션이 chemtool에 추가되었지만
좀 더 범용적인 기능 그림 오히려 무의미해 보인다.)

onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 chemtool을 사용하세요.