이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 공급자에서 실행할 수 있는 ChimeraSlayer 명령입니다.
프로그램:
이름
chimeraslayer - PCR 증폭된 DNA에서 가능성 있는 키메라 검출
기술
ChimeraSlayer는 거의 전체 길이와 호환되는 키메라 시퀀스 감지 유틸리티입니다.
Sanger 시퀀스 및 더 짧은 454-FLX 시퀀스(~500bp).
Chimera Slayer는 키메라 16S에 플래그를 지정하기 위해 작동하는 다음과 같은 일련의 단계를 포함합니다.
rRNA 서열:
1. 쿼리 시퀀스의 끝은 포함된 참조 데이터베이스에 대해 검색됩니다.
키메라의 잠재적인 부모를 식별하기 위한 키메라 없는 16S 서열
2. 키메라의 후보 부모는 분지형 최고를 형성하는 것으로 선택됩니다.
NAST 형식 쿼리 시퀀스에 대한 스코어링 정렬
3. 쿼리 시퀀스의 NAST 정렬이 '키메라 인식' 프로파일에서 개선되었습니다.
선택한 참조 부모 시퀀스에 기반한 NAST 재정렬
4. 진화적 프레임워크를 사용하여 더 큰 것으로 밝혀진 쿼리 시퀀스를 표시합니다.
선택된 두 개 사이에 형성된 인실리코 키메라에 대한 서열 상동성
부모 서열을 참조하십시오.
Chimera Slayer를 실행하려면 nast-ier에서 생성한 NAST 형식 시퀀스가 필요합니다.
유용.
ChimeraSlayer는 microbiomeutil 제품군의 일부입니다.
옵션
필수
--query_NAST
정렬 형식의 쿼리 시퀀스를 포함하는 multi-fasta 파일
공통의 옵션
--db_NAST
NAST 형식의 db(기본값:
/usr/share/microbiomeutil-data/RESOURCES/rRNA16S.gold.NAST_ALIGNED.fasta)
--db_FASTA
fasta 형식의 db(megablast 형식)(기본값:
/usr/share/microbiomeutil-data/RESOURCES/rRNA16S.gold.fasta)
-n 비교할 상위 일치 데이터베이스 시퀀스 수(기본값 15)
-R 최소 발산 비율 기본값: 1.007
-P 일치하는 시퀀스 간의 최소 백분율 동일성(기본값: 90)
파라미터 에 곡조 ChimeraParentSelector:
스코어링 매개변수:
-M 경기 점수(기본값: +5)
-N 불일치 페널티(기본값: -4)
-Q 일치하는 데이터베이스 시퀀스에 의한 최소 쿼리 적용 범위(기본값: 70)
-T 다중 정렬의 최대 트래버스(기본값: 1)
파라미터 에 곡조 키메라 파일로체커
--창 크기
기본 50
--windowStep
기본 5
--minBS
키메라 호출을 위한 최소 부트스트랩 지원(기본값: 90)
--num_BS_replicates
기본 : 100
--low_range_finer_BS
(기본값: 10) 계산된 BS가 minBS와 (minBS - low_range_finer_BS) 사이인 경우,
그런 다음 num_finer_BS_replicates가 계산됩니다.
--num_finer_BS_replicates
(기본값 : 1000)
-S 컴퓨팅 부트스트랩을 위해 중단점의 각 측면에서 샘플링할 SNP의 백분율
지원(기본값: 10)
--num_parents_test
키메라 테스트를 위한 잠재적 부모 수(기본값: 3)
--MAX_CHIMERA_PARENT_PER_ID
이 이상의 perID가 있는 키메라/부모 정렬은 키메라가 아닌 것으로 간주됩니다.
(기본값 100, 꺼짐)
기타 옵션
--printFinalAlignments
쿼리 시퀀스와 후보 키메라 부모 쌍 간의 정렬을 보여줍니다.
--printCS정렬
ChimeraSlayer 출력에서 ChimeraSlayer 정렬 인쇄
--exec_dir
실행하기 전에 여기로 chdir
onworks.net 서비스를 사용하여 ChimeraSlayer 온라인 사용
