circos - 클라우드의 온라인

프로그램:

이름

____ _
/ ___(_)_ __ ___ ___ ___
| | | | '__/ __/ _ \/ __|
| |___| | | | (_| (_) \__ \
\____|_|_| \____\___/|___/

라운드가 좋다

circos - 순환 합성 정보 그래픽 생성

개요

# 구성 파일의 위치를 ​​추측
서커스

# 특정 구성 파일 사용
circos -conf circos.conf [-침묵]

# 필수 모듈 진단
서코스 모듈

# 맨 페이지
서코스맨

# 코드 구성 요소에 대한 자세한 디버깅
# 보다 http://www.circos.ca/documentation/tutorials/configuration/debugging
circos -debug_group GROUP1,[GROUP2,...]

# 전체 디버깅
서코스 -debug_group _all

# 블록(또는 블록 트리)의 구성 덤프
# REGEXP와 일치하는 모든 매개변수(선택 사항)
circos -cdump [BLOCK1/[BLOCK2/...]]{:REGEXP}

# 구성 매개변수 재정의
circos -매개변수 이미지/반지름=2000p -매개변수 표의문자/표시=아니오

# 재미를 위해 - 다음을 제외한 이미지의 모든 색상을 무작위로 지정
# COLOR1 및 COLOR2
circos -무작위 색상 COLOR1,[COLOR2,...]

기술

Circos는 원형 레이아웃으로 데이터를 시각화하는 데 사용되며 관계 탐색에 이상적입니다.
물건이나 위치 사이. 원형 레이아웃이 필요한 다른 이유가 있습니다.
매력적이라는 사실만큼은 유리합니다.

써코스는 해결책이 아닙니다. 시각화 문제를 해결하는 도구입니다. 주어진
문제, 당신은 그것이 적절하다는 것을 보장하지 않습니다.

각 데이터 요소가 표시되는 방식을 미세하게 제어할 수 있으므로 일치하는 데 도움이 됩니다.
관련성.

구성

설정은 일반 텍스트 구성 파일을 사용하여 전달됩니다. 이 파일은
Circos가 완전히 자동화되도록 하는 수동 또는 다른 스크립트에 의해 생성됩니다.

전체 문서는 다음을 참조하십시오.

L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials>

통사론
구성은 일반 텍스트이며 계층적 블록으로 구성됩니다. 다음과 같은 일부 블록
" " 선택 사항입니다.

시작하려면 빠른 가이드 자습서를 참조하십시오.

L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials/quick_guide>

일반적인 구성 파일은 다음과 같습니다.

# 이미지 크기 및 형식

...


# 표의문자의 위치와 크기

...


# 데이터 트랙의 위치, 유형 및 형식


...

...


# 색상, 글꼴 및 채우기 패턴
< >

# 시스템 매개변수
< >

모듈성
"< > 지시문은 하나의 구성 파일을 다른 구성 파일로 가져옵니다. 이것
이 기능은 구성 파일을 모듈식으로 유지하는 데 도움이 됩니다.

색상 및 글꼴 정의와 같이 자주 변경되지 않는 매개변수 정의,
일반적으로 다음 위치에 있는 파일에서 가져옵니다. 등/ 배포에서.

튜토리얼에서 " 그리고 " 블록을 다음으로 가져옵니다.
기본 구성 파일. 이러한 블록은 상당히 커질 수 있으므로 주요
구성 파일은 별도의 파일로 분류하면 더 읽기 쉽습니다.

재정의 과 *
파일에 포함된 매개변수를 무시하려면 "*" 접미사를 사용하십시오. 접미사
다음 경우를 제외하고 매개변수의 다중 정의가 허용되지 않기 때문에 필요합니다.
여기서 매개변수는 둘 이상의 값을 가질 수 있습니다.


# 포함된 파일은 '반경'을 정의합니다.
< >
# 이것은 반경 값을 무시합니다.
반경* = 2500p


"*" 접미사는 블록에서 어떤 값이 우선할지 지정하기 위해 반복될 수 있습니다.

반경 = 1500p
반경* = 2500p
반경** = 3000p # 반경의 이 인스턴스가 사용될 것입니다

재정의 과 명령 라인
고유한 블록 이름의 모든 구성 매개변수는 명령줄에서 지정할 수 있습니다.
사용

-param 경로/PARAM=값

예를 들어,


쇼 = 아니오
...


-param 표의문자/표시=아니요

과



기본값 = 0.01r

...


-param 표의문자/간격/기본값=0.01r

인셀덤 공식 판매점인 conf() 구성 파일에서 매개변수 값을 검색하는 데 사용됩니다(모든
-param에 의해 설정된 매개변수뿐만 아니라), 변경을 위한 유연한 시스템을 얻습니다.
명령줄에서 구성.

종 = 인간
핵형 = 데이터/핵형/핵형.conf(종).txt

-파람 종=쥐

각각 고유한 "-param" 플래그를 사용하여 여러 매개변수를 재정의할 수 있습니다.

-param show_ticks=no -param 이미지/반경=2000p

병합 블록
다음 블록의 여러 인스턴스가 자동으로 병합됩니다. " ,
" , " , " , " , " , " 그리고 " .

이것의 목적은 표준 정의에 추가할 수 있도록 하는 것입니다.

# 이 파일은 기본값을 정의합니다 , 그리고
< >

# 색상 블록에 추가

마이컬러 = 150,25,25

옵션

구성
-구성 파일 파일
구성 파일의 이름입니다. 이것은 필수입니다.

Circos는 "circos.conf"를 검색하여 이 파일의 위치를 ​​추측하려고 시도합니다.
".", "..", 그리고 "../ ..".

산출 형성
-png, -npng
-svg, -nosvg
PNG 및 SVG 파일의 출력을 토글합니다.

영상 요소
-show_ticks, -noshow_ticks
-show_tick_labels, -noshow_tick_labels
눈금 및 해당 레이블의 표시를 재정의합니다. 이 둘은 일반적으로 다음에서 정의됩니다.
블록.

산출 경로
-outputdir 디렉터리, -dir 디렉터리
-출력 파일 파일, -파일 파일
출력 디렉터리와 파일 이름을 변경합니다. FILE은 경로를 포함할 수 있습니다.

디버깅
-디버그
기본 디버깅 출력을 켭니다. 보고 정보

이미지, io, 레이어, 요약, 타이머

디버그 그룹(아래 참조).

-debug_group {+-}그룹1,[{+-}그룹2,...]
특정 그룹에 대한 디버깅 출력을 켭니다. 그룹 목록은 다음을 참조하십시오.

L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials/configuration/debugging>

출력에 그룹을 추가하려면 +를 접두사로 붙입니다. 제거하려면 -.

# 기본 디버깅 그룹을 사용하지만 레이어와 io는 제외
-디버그 -debug_group -레이어,-io

# 기본 디버깅 그룹을 사용하고 간격을 추가합니다.
-debug -debug_group +간격

# 그룹을 명시적으로 지정
-debug_group png,io,타이머

지원되는 그룹을 나열하려면 인수 없이 플래그를 사용하십시오.

-디버그_그룹

-시각
타이밍 정보를 보고합니다. -debug_group +timer와 동일

-조용한
보고를 생성하지 않습니다.

- 편집증
편집증 모드(기본값)로 실행하거나 실행하지 마십시오. 이 설정의 기본값은 다음과 같이 정의됩니다.
etc/housekeeping.conf의 '편집증'.

-경고, -경고
경고를 표시하거나 표시하지 않습니다(기본값). 이 설정의 기본값은 다음과 같이 정의됩니다.
etc/housekeeping.conf의 '경고'.

-fakeerror =항목 -fakeerror CAT =항목 -fakeerror ,ID =항목 -fakeerror CAT, ID
범주 CAT 및 오류 이름 ID에 대한 오류 메시지를 표시하여 오류를 위장합니다. 만약에
하나 또는 둘 다 지정되지 않은 경우 사용 가능한 오류가 나열됩니다.

오류 메시지를 보는 것을 진정으로 즐기지 않는 한 다음을 수행할 이유가 거의 없습니다.
이것을 사용하고 싶습니다.

용법
-번역
버전을 표시합니다.

-도움
간단한 사용 개요를 표시합니다.

-남자
매뉴얼 페이지를 보여줍니다.

헛소리 주위에
-무작위 색상 [색상1, 색상2,...]
선택적 목록을 제외하고 이미지의 모든 요소의 색상을 무작위로 지정합니다.
색상.

예를 들어 배경을 흰색으로 유지하고 검정색을 유지하려면

-랜덤 컬러 화이트, 블랙

onworks.net 서비스를 사용하여 circos 온라인 사용