cleanasn - 클라우드에서의 온라인

프로그램:

이름

cleanasn - NCBI ASN.1 개체의 불규칙성을 정리합니다.

개요

청소하다 [-] [-A 파일 이름] [-C 하위 버전] [-D 하위 버전] [-F 하위 버전] [-K 하위 버전] [-L 파일 이름] [-M 파일 이름]
[-N 하위 버전] [-P 하위 버전] [-Q 하위 버전] [-R] [-S 하위 버전] [-T] [-U 하위 버전] [-V 하위 버전] [-X 하위 버전] [-Z 하위 버전] [-a 하위 버전]
[-b] [-c] [-d 하위 버전] [-f 하위 버전] [-i 파일 이름] [-j 파일 이름] [-k 파일 이름] [-m 하위 버전] [-n 통로]
[-o 파일 이름] [-p 통로] [-q 통로] [-r 통로] [-v 통로] [-x 내선]

기술

청소하다 NCBI ASN.1 개체의 불규칙성을 정리하는 유틸리티 프로그램입니다.

옵션

아래에 옵션 요약이 포함되어 있습니다.

- 사용 메시지 인쇄

-A 파일 이름
가입 목록 파일

-C 하위 버전 str의 플래그에 따른 시퀀스 작업:
c 압축
d 압축 해제
v 분할된 시퀀스 내부의 가상 간격
s 분할된 세트를 델타 시퀀스로 변환

-D 하위 버전 str의 플래그에 따라 설명자를 정리합니다.
t 제목 제거
c 코멘트 제거
n Nuc-Prot Set 제목 제거
e Pop/Phy/Mut/Eco 설정 제목 제거
m mRNA 제목 제거
p 단백질 제목 삭제

-F 하위 버전 str의 플래그에 따라 기능을 정리합니다.
u 사용자 개체 제거
d db_xrefs 제거
e 제거 /증거 과 /추론
r 중복된 유전자 외부 참조 제거
f 중복 기능 융합
k 패키지 코딩 영역 또는 부품 특징
z EC 번호 삭제 또는 업데이트

-K 하위 버전 str의 플래그에 따라 일반 정리를 수행합니다.
b BasicSeqEntryCleanup
p C++ BasicCleanup(외부 유틸리티를 통해)
심각한SeqEntryCleanup
g GpipeSeqEntryCleanup
n 설명자 순서 정규화
u NcbiCleanup 사용자 개체 제거
c 유전 코드 동기화
d CDS 부분 재동기화
m mRNA 부분 재동기화
t 펩타이드 부분 재동기화
a 합의 스플라이스 조정
i "최악" Seq-ID로 승격

-L 파일 이름
로그 파일

-M 파일 이름
매크로 파일

-N 하위 버전 str의 플래그에 따라 링크를 정리합니다.
o 중첩으로 CDS mRNA 연결
p Link CDS mRNA 제품별
r 기능 ID 재할당
f 누락된 상호 기능 ID 수정
c 기능 ID 지우기

-P 출판 옵션:
a 모든 출판물 제거
s 일련번호 제거
f 그림, 번호, 이름 제거
r 비고 제거
u PMID 전용 발행물 업데이트
# 게시되지 않은 것을 PMID로 대체

-Q 하위 버전 보고서:
c 레코드 수
r ASN.1 BSEC 보고서
ASN.1 SSEC 보고서
n NORM 대 SSEC 보고서
e PopPhyMutEco AutoDef 보고서
o 중복 보고서
l 위도-경도 국가 차이
d SSEC 차이 기록
g GenBank SSEC 차이
f asn2gb/asn2flat 차이
h 세그먼트-델타 GenBank 차이
v 유효성 검증기 SSEC 차이점
m 유전자/RNA/PCR 현대화
u 게시되지 않은 Pub 조회
p 게시된 Pub 조회
j 색인되지 않은 저널 보고서
x 사용자 정의 스캔

-R ID(NCBI 시퀀스 데이터베이스)에서 원격 가져오기

-S 하위 버전 선택적 차이 필터(대문자 건너뛰기)
SSEC
b BSEC
저자
p 출판
l 위치
RNA
q 한정자 정렬 순서
g Genbank 블록
k 패키지 CdRegion 또는 부품 기능
m 출판물 이동
o 중복 Bioseq 출판물 남겨두기
d 자동 정의 라인
e Pop/Phy/Mut/Eco 설정 정의 라인

-T 분류 조회

-U 하위 버전 str의 플래그에 따라 현대화합니다.
g 유전자
RNA
p PCR 프라이머

-V 하위 버전 유효성 검사기 심각도에 따라 기능을 제거합니다.
r 거부
e 오류
w 경고
나는 정보

-X 하위 버전 문자열당 기타 옵션:
d 자동 정의 라인
e Pop/Phy/Mut/Eco 설정 정의 라인
n NC 제목 인스턴스화
m NM 타이틀 인스턴스화
x 특별 XM 타이틀
p 단백질 제목 인스턴스화
c 코딩 서열에 대한 mRNA를 생성합니다.
f 상호 단백질_id/transcript_id 수정

-Z 하위 버전 표시된 사용자 개체 제거

-a 하위 버전 ASN.1 유형
a 모두(기본값)
전자 시퀀스 항목
b 바이오시크
s Bioseq 세트
m Seq 제출
t 일괄 처리 [문자열]

-b 입력 ASN.1은 바이너리입니다.

-c 입력 ASN.1이 압축됨

-d 하위 버전 소스 데이터베이스
a 모두(기본값)
g 젠뱅크
전자 엠블
d DDBJ
b EMBL 또는 DDBJ
r RefSeq
엔 NCBI
v 세그먼트화된 시퀀스만
w 분할된 시퀀스 제외
x EMBL/DDBJ 제외
y gbcon, gbest, gbgss, gbhtg, gbpat, gbsts 제외

-f 하위 버전 하위 문자열 필터

-i 파일 이름
단일 입력 파일(기본값은 stdin)

-j 파일 이름
첫 번째 파일 이름

-k 파일 이름
마지막 파일 이름

-m 하위 버전 플랫파일 모드:
r 릴리스
전자 엔트레즈
스팽글
d 덤프

-n 통로
asn2플랫 실행 가능(기본값은 /netopt/ncbi_tools/bin/asn2Flat)

-o 파일 이름
단일 출력 파일(기본값은 stdout)

-p 통로
다음에서 일치하는 모든 파일을 처리합니다. 통로

-q 통로
ffdiff 실행 가능(기본값은 /netopt/genbank/subtool/bin/ffdiff)

-r 통로
결과 경로

-v 통로
아스날 실행 가능(기본값은 /netopt/ncbi_tools/bin/asnval)

-x 내선 다음과 함께 사용할 파일 선택 접미사 -p (기본값 : .ent)

onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 cleanasn을 사용하세요.