clustalw - 클라우드의 온라인

프로그램:

이름

clustalw - 핵산 및 단백질 서열의 다중 정렬

개요

클러스터 [- 파일] 파일.ext [옵션]

클러스터 [-도움 | -완전한 도움]

기술

Clustal W는 DNA 또는 단백질에 대한 범용 다중 정렬 프로그램입니다.

이 프로그램은 많은 뉴클레오티드 또는 아미노산 서열의 동시 정렬을 수행합니다. 그것
일반적으로 대화식으로 실행되어 메뉴와 온라인 도움말을 제공합니다. 사용을 선호하는 경우
명령줄(배치) 모드에서 여러 옵션을 제공해야 합니다. 최소값은 다음과 같습니다.
- 파일.

옵션

데이터 (시퀀스)
-infile=파일.ext
입력 시퀀스.

-프로필1=파일.ext 과 -프로필2=파일.ext
종단(이전 정렬)

동사 (정당한 것들)
옵션
명령줄 매개변수를 나열합니다.

-도움 or -검사
명령줄 매개변수를 간략하게 설명합니다.

-완전한 도움
전체 도움말 콘텐츠를 출력합니다.

-맞추다
전체 다중 정렬을 수행합니다.

-나무
NJ 트리를 계산합니다.

-핌
백분율 항등 행렬을 출력합니다(트리를 계산하는 동안).

-부트스트랩=n
NJ 트리 부트스트랩(n= 부트스트랩의 수; 정의 = 1000).

-전환하다
입력 시퀀스를 다른 파일 형식으로 출력합니다.

매개 변수 (세트 것들)
일반 설정 :
-인터렉티브
명령줄을 읽은 다음 일반 대화형 메뉴를 입력합니다.

-퀵트리
정렬 가이드 트리에 FAST 알고리즘을 사용합니다.

-유형=
단백질 or DNA 시퀀스.

-부정적인
매트릭스에서 음수 값을 갖는 단백질 정렬.

-아웃파일=
시퀀스 정렬 파일 이름.

-출력=
GCG, DOM, 필립, IRP or NEXUS.

-출력 순서=
입력 or 정렬 됨

-사례
보다 낮은 or 높은 (GDE 출력에만 해당).

-세크노스=
떨어져서 or ON (Clustal 출력에만 해당).

-seqnos_range=
떨어져서 or ON (NEW: 모든 출력 형식용).

-범위=m,n
쓰기 시작하는 시퀀스 범위 m 에 m+n.

-최대시퀀스=n
허용되는 최대 입력 시퀀스 길이.

-조용한
콘솔 출력을 최소로 줄입니다.

-통계=파일
일부 정렬 통계를 다음 위치에 기록 파일.

빠른 쌍으로 정렬:
-ktuple=n
단어 크기.

-topdiags=n
최고의 진단 수.

-창=n
최고의 진단 주변 창.

-페어갭=n
갭 페널티.

-점수
퍼센트 or 순수한.

천천히 쌍으로 정렬:
-pw매트릭스=
:단백질 중량 매트릭스=블로섬, WFP, 고넷, ID or 파일 이름

-pwdnamatrix=
DNA 중량 매트릭스=블로섬IUB, 블로섬CLUSTALW 또는 블로섬파일 이름.

-pwgapopen=f
갭 오프닝 페널티.

-pwgapext=f
간격 확장 페널티.

배수 정렬:
-뉴트리=
새 가이드 트리에 대한 파일입니다.

-사용트리=
이전 가이드 트리에 대한 파일입니다.

-행렬=
단백질 중량 매트릭스=블로섬, WFP, 고넷, ID or 파일 이름.

-dnamatrix=
DNA 중량 매트릭스=IUB, 클러스트 or 파일 이름.

-가포펜=f
갭 오프닝 페널티.

-갭엑스트=f
간격 확장 페널티.

-참여
엔드 갭 분리 펜이 없습니다.

-갭디스트=n
간격 분리 펜. 범위.

-노갭
잔류물 특정 간격이 해제됩니다.

-노갑
친수성 갭이 꺼집니다.

-hgapresidues=
친수성 res를 나열하십시오.

-maxdiv=n
지연에 대한 백분율 동일성.

-유형=
단백질 or DNA

-트랜스웨이트=f
가중치를 전환합니다.

-반복=
없음 or 나무 or 조정.

-숫자=n
수행할 최대 반복 횟수입니다.

프로필 정렬:
-프로필
종단 선형으로 두 개의 선형을 병합합니다.

-뉴트리1=
profile1에 대한 새 가이드 트리를 위한 파일입니다.

-뉴트리2=
profile2에 대한 새 가이드 트리를 위한 파일입니다.

-usetree1=
profile1에 대한 이전 가이드 트리 파일입니다.

-usetree2=
profile2에 대한 이전 가이드 트리 파일입니다.

순서 에 프로필 정렬:
- 시퀀스
profile2 정렬에 profile1 시퀀스를 순차적으로 추가합니다.

-뉴트리=
새 가이드 트리에 대한 파일입니다.

-사용트리=
이전 가이드 트리에 대한 파일입니다.

Structure 정렬:
-nosestr1
프로파일 1에 XNUMX차 구조-갭 페널티 마스크를 사용하지 마십시오.

-nosestr2
프로파일 2에 XNUMX차 구조-갭 페널티 마스크를 사용하지 마십시오.

-섹스트라우트=구조 or MASK or 양자 모두 or 없음
정렬 파일에 출력합니다.

-헬릭스갭=n
나선 코어 잔류물에 대한 갭 페널티.

-스트랜드갭=n
스트랜드 코어 잔류물에 대한 갭 페널티.

루프갭=n
루프 영역에 대한 갭 페널티.

-터미널갭=n
구조 말단에 대한 갭 페널티.

-헬리센딘=n
말단으로 취급할 나선 내부의 잔기 수.

-helixendout=n
말단으로 취급할 나선 외부의 잔기 수.

-스트란덴딘=n
말단으로 취급되는 가닥 내부의 잔기 수.

-스트랜드아웃=n
말단으로 취급될 가닥 외부 잔기의 수.

나무:
-출력 트리=nj OR 필립 OR DIST OR 넥서스

-시드=n
부트스트랩의 시드 번호입니다.

-키무라
Kimura의 보정을 사용하십시오.

- 토스갭
간격이 있는 위치는 무시합니다.

-부트 라벨=노드
트리 표시에서 부트스트랩 값의 위치.

-클러스터링=
뉴저지 또는 UPGMA.

onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 clustalw 사용