Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 공급자에서 실행할 수 있는 coverageCount 명령입니다.
프로그램:
이름
coverageCount - 전체의 각 위치에서 매핑된 읽기의 적용 범위를 계산합니다.
참조 게놈
기술
coverageCount 버전 1.5.0-p1
이 프로그램은 각 위치에서 매핑된 읽기의 적용 범위를 계산합니다.
참조 게놈. 다음을 연결하여 각 염색체에 대한 이진 파일을 생성합니다.
커버리지 레벨은 4바이트 정수입니다.
용법
coverageCount [옵션] -i -o
필수 인수:
-i
SAM 또는 BAM 형식의 입력 파일 이름입니다.
-o
출력 파일의 접두사입니다. 각 출력 파일에는 XNUMX바이트 정수가 포함됩니다.
선택적 인수:
--maxMOp CIGAR 문자열에서 허용되는 최대 'M' 작업 수입니다.
기본적으로 10입니다. 'X'와 '='는 모두 'M'으로 취급되며 인접한 'M' 연산은
CIGAR 문자열에 병합됩니다.
coverageCount 버전 1.5.0-p1
이 프로그램은 각 위치에서 매핑된 읽기의 적용 범위를 계산합니다.
참조 게놈. 다음을 연결하여 각 염색체에 대한 이진 파일을 생성합니다.
커버리지 레벨은 4바이트 정수입니다.
용법
coverageCount [옵션] -i -o
필수 인수:
-i
SAM 또는 BAM 형식의 입력 파일 이름입니다.
-o
출력 파일의 접두사입니다. 각 출력 파일에는 XNUMX바이트 정수가 포함됩니다.
선택적 인수:
--maxMOp CIGAR 문자열에서 허용되는 최대 'M' 작업 수입니다.
기본적으로 10입니다. 'X'와 '='는 모두 'M'으로 취급되며 인접한 'M' 연산은
CIGAR 문자열에 병합됩니다.
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 coverageCount 사용
