이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 공급자에서 실행할 수 있는 create_matrix 명령입니다.
프로그램:
이름
create_matrix - 게놈 존재비 유사성 행렬을 계산합니다.
개요
create_matrix [옵션] 이름
기술
유사성 행렬을 계산합니다.
먼저, 읽기 시뮬레이터를 사용하여 모든 참조 게놈에 대해 일련의 읽기를 시뮬레이션합니다.
core/tools.py를 통해 지정됨 -s. 둘째, 각 종의 시뮬레이션된 읽기가 매핑됩니다.
지정된 매퍼를 사용하여 모든 참조 게놈에 대해 -m. 셋째, 결과
SAM 파일을 분석하여 유사성 매트릭스를 계산합니다. 유사성 매트릭스가 저장됩니다.
numpy 파일로(-o).
옵션
이름 이름 파일의 파일 이름. 일반 텍스트 이름 파일에는 각 이름이 하나씩 포함되어야 합니다.
선. 이름은 전체 알고리즘에서 식별자로 사용됩니다.
-h, --도움
이 도움말 메시지를 표시하고 종료
-s 모의 실험 장치, --모의 실험 장치=모의 실험 장치
core/tools.py에 정의된 읽기 시뮬레이터의 식별자[기본값: 없음]
-r 참조, --참조=REF
읽기 시뮬레이터의 참조 시퀀스 파일 패턴입니다. 이름 자리 표시자는
"%에스". [기본값: ./ref/%s.fasta]
-m 매퍼, --매퍼=매퍼
core/tools.py에 정의된 매퍼의 식별자 [기본값: 없음]
-i 인덱스, --인덱스=INDEX
읽기 매퍼에 대한 참조 색인 파일. 이름의 자리 표시자는 "%s"입니다.
[기본값: ./ref/%s.fasta]
-t 온도, --임시=TEMP
임시 시뮬레이션 데이터 세트 및 SAM 파일을 저장할 디렉토리입니다. [기본값: ./임시]
-o 밖, --산출=OUT
유사성 매트릭스 파일을 출력합니다. [기본값: ./similarity_matrix.npy]
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인에서 create_matrix 사용
