DBshow - 클라우드에서 온라인으로

프로그램:

이름

DBshow - Dazzler 데이터베이스에 저장된 읽기 내용 표시

개요

DB쇼 [-unqUQ] [-wINT(80)] [-m선로]+ 경로:db|댐 [ 읽기:FILE | 읽기:범위 ... ]

기술

데이터베이스에서 요청된 읽기를 표시합니다. 통로.db 또는 통로.dam. 기본적으로 명령
트리밍된 데이터베이스에 적용되지만, -u 설정된 경우 전체 DB가 사용됩니다. 읽기가 수행되지 않으면
인수가 주어지면 데이터베이스나 데이터베이스 블록에서 읽은 모든 내용이 표시됩니다.
그렇지 않으면 입력 파일이나 제공된 정수 범위 목록이 순서 위치를 제공합니다.
DB의 활성 로드 부분에서. 파일의 경우 간단히 다음을 포함해야 합니다.
읽기 인덱스는 한 줄에 하나씩 있습니다. 다른 경우, 읽기 범위는 단일 정수이거나
기호 $, 이 경우 읽기 범위는 해당 읽기(마지막 읽기)로만 구성됩니다.
데이터베이스 $). 대시로 구분된 두 개의 양의 정수를 제공할 수도 있습니다.
정수 범위를 나타냅니다. 여기서 $는 마지막으로 읽은 인덱스를 나타냅니다.
활성 로드된 db입니다. 예를 들어, 1 3-5 $는 1, 3, 4, 5를 표시하고 마지막으로 읽은 값은
활성 db. 또 다른 예로, 1-$는 활성 db의 모든 읽기를 표시합니다(
기본).

기본적으로 읽은 시퀀스의 .fasta 파일이 표시됩니다. -q 옵션이 설정되고,
그러면 QV 스트림도 fasta 형식의 비표준 수정본으로 표시됩니다.
경우 -n 옵션이 설정되면 DNA 시퀀스는 지원 표시됩니다. -Q 옵션이 설정됨
그런 다음 .quiva 파일이 표시되고 이 경우에는 -n 그리고 -m 옵션을 설정할 수 없습니다(및
전에, -q 그리고 -w (옵션은 효과가 없습니다).

하나 이상의 마스크가 설정된 경우 -m 옵션을 선택하면 트랙 간격도 다음과 같습니다.
추가 헤더 줄에 표시되고 간격 내의 베이스는 다음에 표시됩니다.
다른 모든 염기에 사용된 것과 반대의 경우입니다. 기본적으로 출력 시퀀스는 다음과 같습니다.
소문자로 작성하고 줄당 80자입니다. -U 옵션은 대문자를 사용해야 한다고 지정합니다.
그리고 줄당 문자 수 또는 줄 너비는 원하는 양수 값으로 설정할 수 있습니다. -w
옵션을 선택합니다.

출력되는 .fasta 또는 .quiva 파일은 DB로 변환될 수 있습니다. fasta2DB(1)과하면
quiva2DB(1) (만약 -q 그리고 -n 옵션이 설정되지 않았고 -m 옵션이 설정되어 있습니다.
테스트 목적으로 읽은 내용의 하위 집합에 대한 DB를 만드는 간단한 방법입니다.

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