이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공업체에서 실행할 수 있는 disulfinder 명령입니다.
프로그램:
이름
disulfinder - 시스테인 이황화물 결합 상태 및 연결성 예측자
개요
이황탐색기 [옵션]
기술
'disulfinder'는 시스테인의 이황화물 결합 상태를 예측하기 위한 것이며,
시퀀스만으로 시작하는 이황화물 연결성. 이황화물 다리가 중요한 역할을 합니다.
여러 단백질의 접힘 과정을 안정화합니다. 이황화물 예측
따라서 서열만으로 브리지를 만드는 것은 구조적, 기능적 연구에 유용합니다.
특정 단백질의 성질. 또한, 이황화 결합 상태에 대한 지식
시스테인의 분석은 실험 구조 결정 과정에 도움이 될 수 있으며 유용할 수 있습니다.
다른 게놈 주석 작업에서. 'disulfinder'는 두 가지 방식으로 이황화물 패턴을 예측합니다.
계산 단계: (1) 각 시스테인의 이황화 결합 상태는 다음과 같이 예측됩니다.
BRNN-SVM 바이너리 분류기; (2) 형성에 참여하는 것으로 알려진 시스테인
브리지의 수는 재귀 신경망에 의해 쌍을 이루어 연결 패턴을 얻습니다.
참조
A. Ceroni, A. Passerini, A. Vullo 및 P. Frasconi. DISULFIND: 이황화물 결합 상태
및 시스테인 연결 예측 서버, Nucleic Acids Research, 34(웹 서버
문제):W177-W181, 2006.
이황화물 연결성 예측기에 대해서는 다음을 참조하십시오.
A. Vullo 및 P. Frasconi. 재귀 신경을 이용한 이황화물 연결성 예측
네트워크 및 진화 정보, 생물정보학, 20, 653-659, 2004.
시스테인 결합 상태 예측자는 다음을 참조하세요.
P. Frasconi, A. Passerini 및 A. Vullo. 예측을 위한 XNUMX단계 SVM 아키텍처
시스테인의 이황화물 결합 상태, Proc. 신호용 신경망에 관한 IEEE 워크숍
처리, pp.25-34, 2002.
A.Ceroni, P.Frasconi, A.Passerini 및 A.Vullo. 이황화물 결합 상태 예측
커널 머신 조합을 포함한 시스테인, VLSI 신호 처리 저널, 35,
287-295, 2003.
옵션
-a, --대안=NUMBER
대체 연결 패턴(기본값=3)
-o, --출력=DIR
예측이 저장될 출력 디렉토리(기본값=$PWD)
-p, --psi2=파일|디렉터리
단일 파일 또는 psi2 형식(ASCII의 PSI-BLAST 매트릭스)으로 입력
예배 규칙서(?). "blastpgp -j"를 사용하여 이를 생성합니다. -Q FILE" 여기서 N >= 2입니다.
-r, --rootdir=DIR
작업 디렉터리(기본값=~/이황탐색기)
-k, --pkgdatadir=DIR
모델이 포함된 패키지 데이터 디렉터리(기본값=/usr/share/disulfinder)
-F, --format={html|아스키}
출력 형식 유형(기본값=ascii)
-d --blastdb=DIR
blastpgp -d 옵션(기본값=/data/sp+trembl)
-c, --cleanpred
중간 예측 파일 정리(기본값=false)
-P, --usepssm
프로필 개수 대신 pssm을 사용합니다(기본값=false).
-C, --알려진 결합 상태
결합 상태가 알려져 있다고 가정합니다(디렉토리의 각 체인에 대해 하나의 파일
/예측/Bondstate/Viterbi) (기본값=false)
-v, --버전
이황탐색기 버전
-?, --돕다
도움말 화면
사용 예
"disulfinder -a 1 -p /usr/share/doc/disulfinder/examples/res_id_41483.blastPsiMatTmb -o
./disulfinder_results_dir"
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 disulfinder 사용
