이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 공급자에서 실행할 수 있는 명령 dotter입니다.
프로그램:
이름
dotter - 이미지 향상 도구를 사용하여 도트 플롯을 시퀀스합니다.
개요
도터 [옵션] [X 옵션]
기술
참조: Sonnhammer ELL & Durbin R(1995). 동적 도트 매트릭스 프로그램
genomic DNA 및 protein sequence 분석에 적합한 threshold control 유전자
167(2):GC1-10.
허용되는 유형 :
단백질 - 단백질 DNA - DNA DNA -
단백질
옵션 :
-b
배치 모드, dotplot 쓰기
-l
점 플롯 로드
-m
메모리 사용량 제한(MB)(기본값 0.5)
-z
줌(압축) 계수 설정
-p
픽셀 요소를 수동으로 설정(픽셀 값/점수 비율)
-W
슬라이딩 창 크기를 설정합니다. (K => Karlin/Altschul 추정치)
-M
다음에서 점수 매트릭스 읽기 (Blast 형식, 기본값: Blosum62).
-F
시퀀스 및 데이터 읽기 (시퀀스 파일을 대체).
-f
다음에서 기능 세그먼트 읽기
-H 시작할 때 dotplot을 계산하지 마십시오.
-R 시작 시 반전된 그레이램프 도구.
-r 수평 시퀀스 반전 및 보완(DNA 대 단백질)
-D 자기 비교에서 거울상을 표시하지 마십시오
-w DNA의 경우: horizontal_sequence 상단 가닥만(Watson)
-c DNA의 경우: horizontal_sequence 하단 가닥 전용(Crick)
-q
Horizontal_sequence 오프셋
-s
Vertical_sequence 오프셋
일부 X 옵션: -에이스폰트 기본 글꼴입니다. -폰트 메뉴 글꼴입니다.
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인에서 dotter 사용
