exonerate-server - 클라우드의 온라인

프로그램:

이름

exonerate-server - exonerate를 위한 서열 비교 ​​서버

개요

무죄 서버 [ 옵션 ] <색인 경로>

기술

무죄 서버 무해한 서열 정렬 프로그램을 위한 다중 스레드 서버입니다.

일련의 시퀀스와 해당 인덱스 파일을 사용하여 대규모 데이터 세트를 빠르게 처리할 수 있습니다.

개요

첫째, .esd 파일은 시퀀스 파일에서 만들어야 합니다. 그만큼 .esd 파일은 Exonerate
Sequence Dataset 파일이며 각 시퀀스 집합을 함께 그룹화하는 데 사용할 수 있습니다.
고유 식별자를 포함하는 시퀀스. 이것은 다음을 사용하여 수행됩니다. fasta2esd 유용.

fasta2esd 게놈.파스타 게놈.esd

다음으로 .esi 내 파일은 .esd 파일. 그만큼 .esi 파일은 Exonerate Sequence입니다.
인덱스 파일이며 특정 데이터 세트에 해당하는 인덱스 또는 인덱스 집합을 포함합니다.
이것은 다음을 사용하여 수행됩니다. esd2esi 유용.

esd2esi 게놈.esd 게놈.esi

한 번 .esi 파일이 생성되면 exonerate-server가 시작될 수 있습니다.

무죄 서버 게놈.esi

서버가 실행되는 동안 exonerate는
서버 이름 및 포트 번호와 함께 명령줄의 대상 시퀀스. 그만큼
exonerate-server의 기본 포트 번호는 12886입니다.

무죄하다 쿼리.fasta localhost : 12886

옵션

exonerate-server의 일부 명령줄 옵션은 다음과 동일합니다.
exonerate client, 그리고 이것들은 매뉴얼 페이지에 문서화되어 있습니다. 면죄하다. XNUMXD덴탈의
에 특정한 다른 옵션 무죄 서버 여기에 문서화되어 있습니다.

--포트
서버가 청취해야 하는 포트를 지정하십시오. 기본적으로, 무죄 서버
포트 12886에서 수신 대기하지만 이 옵션으로 대체 포트를 지정할 수 있습니다.

--입력 <색인 파일>
서버 시작 시 사용할 인덱스 파일을 지정합니다. 이 옵션은
필수적인. 인덱스 파일은 .esi 에 의해 생성된 파일 esd2esi 유용.

--사전 로드
기본적으로 포함된 인덱스는 .esi 파일 및 참조된 시퀀스
해당 .esd 파일은 서버가 시작될 때 메모리에 로드됩니다.
이것은 그렇지 않으면 방해가 될 빠른 성능을 달성하는 데 필요합니다.
빈번한 디스크 액세스. 이 옵션을 사용하면 인덱스 및 시퀀스 사전 로드를
서버가 훨씬 더 느리게 실행되지만 더 빠르게 실행될 수 있습니다.
시작 및 더 작은 메모리 공간. 사전 로드를 끄지 않는 것이 좋습니다.
서버를 테스트하거나 디버깅하지 않는 한.

--최대 연결
서버는 다중 스레드입니다. 이 옵션은 클라이언트 프로세스의 수를 설정합니다.
동시에 서버에 연결할 수 있습니다. 좋은 성능을 위해서는
시스템의 CPU 수 이상으로 설정해서는 안 됩니다.
서버가 실행 중입니다.

--다변
서버의 자세한 표시 수준을 설정합니다. XNUMX이면 서버가 조용해집니다.
숫자가 높을수록 무엇에 대해 더 많은 메시지가 서버에 의해 보고됩니다.
이 일어나고있다.

인터페이스

이 섹션은 사이의 통신 인터페이스를 문서화합니다.
클라이언트와 서버. 작성하려는 사람들을 위해 인터페이스가 문서화되어 있습니다.
exonerate 뒤에 앉을 자체 사용자 지정 서버 - exonerate를 정상적으로 사용하려면
이것을 알 필요는 없습니다.

인터페이스는 간단한 명령줄을 보내는 클라이언트와 서버를 보내는 방식으로 작동합니다.
소켓을 통한 간단한 회신 라인. 모든 명령과 응답은 ASCII의 단순한 라인입니다.
텍스트이므로 telnet을 클라이언트로 사용하여 서버를 테스트할 수 있습니다.

모든 명령은 한 줄의 텍스트이지만 회신에는 여러 줄의 텍스트가 포함될 수 있습니다. 그만큼
답장은 형식으로 :

모든 회신에는 태그가 있는 줄이 포함될 수 있습니다. 경고: or 오류: Bowman의 경고: 과 오류: 태그
클라이언트에 의해 반향되고 클라이언트는 수신 후 종료됩니다. 오류: 댓글.

서버가 여러 줄로 된 응답을 반환할 때 첫 번째 줄에는
전체 회신의 줄은 다음과 같습니다. 줄 수: 예를 들어 다음의 답글을 참조하세요. 얻을
hsp 아래 예제 세션의 명령.

클라이언트는 모든 서버에 대한 단일 연결만 엽니다.
여러 클라이언트가 동시에 연결할 수 있도록 서버가 분명히 필요합니다.

명령 과 대답 익숙한 in for 전에, 인터페이스.
명령 : 버전
답변: 버전

명령 : 출구
회신: ( 회신 없음 - 서버가 연결을 닫음 )

명령 : DB 정보
답장: dbinfo:

XNUMXD덴탈의 DB 정보 명령은 서버에 로드된 데이터베이스에 대한 정보를 반환합니다.
반환되는 필드는 다음과 같습니다.

DNA 또는 단백질
소프트마스크 또는 언마스크
데이터베이스의 시퀀스 수
데이터베이스에서 가장 긴 시퀀스의 길이
데이터베이스에 있는 모든 시퀀스의 총 길이

명령 : 조회
답장: 조회:

조회 명령은 외부 식별자를 내부 식별자에 매핑하는 데 사용됩니다.
식별자.

명령 : 얻을 정보
답변: seqinfo: [ ]

get info 명령은 데이터베이스의 시퀀스에 대한 정보를 반환합니다. 그만큼
반환된 필드는 다음과 같습니다.

시퀀스 길이
gcg 형식 체크섬(아래 참조)
외부 ID(예: fasta 헤더에서)
시퀀스에 대한 설명 줄(또한 fasta에서
헤더), 이 필드는 선택 사항이며 생략할 수 있습니다.

명령 : 얻을 서열
답장: 순서:

get seq 명령은 한 줄에 전체 시퀀스를 반환합니다.

명령 : 얻을 하위 시퀀스
답변: 하위 항목:

get subseq 명령은 시퀀스의 일부를 반환합니다. 시퀀스의 시작은
위치 제로. 예. get subseq 0 0 10은 다음의 처음 10개의 염기를 반환합니다.
데이터베이스의 첫 번째 시퀀스.

명령 : 세트 질문
답장: 알았어:

seq query 명령은 쿼리 시퀀스를 서버로 보내는 데 사용됩니다. 그것
시퀀스의 길이와 gcg 체크섬을 반환합니다.

명령 : 회전 보상
답장: 알았어: 바닷가

revcomp query 명령은 서버가 쿼리를 역보완하도록 합니다. 이것
쿼리를 두 번 보내는 대역폭을 절약하는 것입니다.

revcomp 대상 명령은 데이터베이스를 자신의 것으로 취급하도록 서버에 지시하는 것입니다.
역 보완. 클라이언트는 검색할 때만 이 명령을 보냅니다.
변환된 데이터베이스이므로 대부분의 검색 유형에 대해 구현할 필요가 없습니다.

명령 : 세트 내 돈
답장: 알았어:

set parameter 명령은 exonerate 명령줄에서 다음으로 매개 변수를 보냅니다.
서버. 이 명령은 기본적으로 클라이언트에서 모두 무시할 수 있습니다.
구현하지만 최적의 성능을 위해 무시할 수 없습니다.

명령 : 얻을 hsp
답장: hspset: { }
또는: hspset: 비어 있음

get hsps 명령은 hsps 집합을 가져오는 기본 명령입니다. 서버
여러 hspset을 반환할 수 있습니다. 반환되는 필드는 다음과 같습니다.

이러한 HSPset에 대한 대상 시퀀스의 내부 ID입니다.
hsp 쿼리 시작 위치
hsp 목표 시작 위치
hsp 길이

마지막 XNUMX개 필드는 HSP를 나타내며 하나에 여러 번 반복될 수 있습니다.
hspset: 회신 라인.

A 간편한 설치 예 클라이언트 섬기는 사람 대화.
% 텔넷 로컬 호스트 12886
127.0.0.1 시도 중...
localhost.localdomain에 연결되었습니다.
이스케이프 문자는 '^]'입니다.
% 버전
버전: exonerate-server 2.0.0
%dbinfo
dbinfo: dna 소프트마스크 100000 1701 38113579
% 조회 AA159529.1
조회: 88065
% 정보 얻기 88065
seqinfo: 62 2028 AA159529.1 zo72g05.s1 Stratagene 췌장(#937208) 호모 사피엔스 cDNA
% 시퀀스 88065 가져오기
시퀀스: NAACTCATCNTTTTCTGCTGNATCCTCTTCACCAGTTTGGGGGANGGCCTGCACTTCCANAG
% 하위 시퀀스 가져오기 88065 10 20
하위 시퀀스: TTTTCTGCTGNATCCCTCTTC
% 쿼리 설정 NAACTCATCNTTTTCTGCTGNATCCTCTTCACCAGTTTGGGGGANGGCCTGCACTTCCANAG
확인: 62 2028
%는 hsp를 얻습니다
줄 수: 15
hsp세트: 12423 1 349 41
hsp세트: 44900 1 356 47
hsp세트: 61781 1 358 41 36 392 26
hsp세트: 70065 1 349 41 36 383 26
hsp세트: 88065 1 1 61
hsp세트: 91032 1 357 41 36 391 26
hsp세트: 91442 1 350 41 36 384 26
hsp세트: 92971 1 348 41 36 382 26
hsp세트: 94311 1 375 41
hsp세트: 95381 1 346 41 36 380 26
hsp세트: 96808 10 385 32 36 410 26
hsp세트: 88449 18 11 22
hsp세트: 91036 6 6 56
hsp세트: 93736 36 400 26
% revcomp 쿼리
확인: 쿼리 가닥 revcomp
%는 hsp를 얻습니다
줄 수: 6
hsp세트: 12564 0 64 26 20 83 41
hsp세트: 61780 0 266 61
hsp세트: 29148 0 116 61
hsp세트: 25849 15 445 22
hsp세트: 93938 26 265 34
% 출구
외부 호스트에 의해 연결이 닫혔습니다.

환경

아직 문서화되지 않았습니다.

사용 예

1. 다음을 사용하여 번역된 색인을 만들고 빠른 protein2genome 검색을 실행하는 예
무죄 서버

fasta2esd 인간.게놈.파스타 인간.게놈.esd esd2esi --번역 예 human.genomic.esd
인간.게놈.트랜스.esi 무죄 서버 --포트 1234 human.genomic.trans.esi 무죄하다
pep.fasta localhost:1234 --model p2g --seedrepeat 3 --geneseed 250

버전

이 문서는 exonerate 패키지 버전 2.2.0과 함께 제공됩니다.

onworks.net 서비스를 사용하여 온라인에서 exonerate-server 사용