FCluster - 클라우드 온라인

프로그램:

이름

AmpliconNoise - 높은 처리량 뉴클레오티드 서열 데이터에서 노이즈 제거

버전

이 문서는 버전 1.22를 참조합니다.

개요

만나다 /usr/share/doc/ampliconnoise/Doc.pdf.gz 실행 방법에 대한 자세한 내용은

기술

다음 도구가 포함되어 있습니다. 그들 대부분은 예를 들어 MPI에 상응하는 것을 가지고 있습니다.
SeqNoise에는 mpirun과 함께 사용할 수 있는 동등한 SeqNoiseM이 있습니다.

파스타유니크 - fasta 파일 중복 제거
-in 문자열 입력 파일 이름
옵션 :

FC클러스터
-in 문자열 거리 입력 파일 이름
-out 문자열 출력 파일 스텁
옵션 :
-r 해상도
- 평균 연결
-w는 가중치를 사용합니다.
-나는 식별자를 읽습니다.
-s 스케일 거리.

NDist - fasta 파일의 쌍별 Needleman-Wunsch 시퀀스 거리 행렬
-in 문자열 Fata 파일 이름
옵션 :
-i 출력 식별자

페르세우스 - 몬스터를 죽인다
-sin 문자열 seq 파일 이름
옵션 :
-tin 문자열 참조 시퀀스 파일
-a 출력 정렬
-d 불균형 사용
-rin 문자열 조회 파일 이름

파이로 디스트 - 흐름도에서 쌍별 거리 행렬
-in 문자열 흐름 파일 이름
-out 스텁 아웃 파일 스텁
옵션 :
-ni dat 파일에 인덱스가 없습니다.
-rin 문자열 조회 파일 이름

파이로노이즈 - 정렬이 없는 클러스터 흐름도
-din 문자열 흐름 파일 이름
-out 문자열 클러스터 입력 파일 이름
-lin 문자열 목록 파일
옵션 :
-v 장황
-c 이중 초기 컷오프
-ni dat 파일에 인덱스가 없습니다.
-s 배정밀도
-rin 파일 조회 파일 이름

SeqDist - fast 파일에서 쌍별 거리 행렬
-in string fasta 파일 이름
옵션 :
-i 출력 식별자
-rin 문자열 조회 파일 이름

시퀀스 노이즈 - 클러스터 시퀀스
-in 문자열 시퀀스 파일 이름
-din 문자열 거리 행렬 파일 이름
-out 문자열 클러스터 입력 파일 이름
-lin 문자열 목록 파일
옵션 :
-min 매핑 파일
-v 장황
-c 이중 초기 컷오프
-s 배정밀도
-rin 문자열 조회 파일 이름

SplitClusterEven
-din 문자열 데이터 파일 이름
-min 문자열 맵 파일 이름
-주석 문자열 트리 파일 이름
-s 분할 크기
-m 최소 크기

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