frendp - 클라우드에서의 온라인

프로그램:

이름

frend.pl -- 웹에서 Bio::Graphics 기능 파일 렌더링

개요

http://your.host.com/cgi-bin/frend.pl

기술

frend.pl 스크립트는 Bio::Graphics 모듈 주변의 얇은 프런트 엔드입니다. 그것은 받아들인다
시퀀스(단백질, 뉴클레오티드) 기능 좌표를 포함하는 파일 목록
명령줄 또는 표준 입력에 나열된 파일을 렌더링하고 PNG를 생성합니다.
표준 출력 파일.

설치

이 스크립트를 웹 사이트의 cgi-bin 디렉토리에 복사하세요. 원하는 대로 이름을 지정하세요.

특색 파일 형성

이 스크립트는 간단한 탭으로 구분된 형식 또는
GFF 형식으로.

기능 파일 형식에는 구성 섹션과 데이터 섹션이 있습니다. 구성
섹션은 이미지의 크기와 전체 속성을 설정하고 데이터 섹션은
기능 데이터 자체.

구성 섹션
제공되지 않은 경우 이 스크립트는 다음에 대한 합리적인 기본 구성 섹션을 생성합니다.
따라서 합리적인 이미지를 얻기 위해 구성 섹션을 제공할 필요가 없습니다.
그러나 이미지의 모양을 조정하려면 아마도
구성. 다음은 구성 섹션에서 발췌한 내용입니다.

# 예제 파일
[일반적인]
기본 = -1000..21000
높이 = 12

[동부 표준시]
글리프 = 세그먼트
bgcolor=노란색
커넥터 = 솔리드
높이 = 5

[에프진스]
글리프 = transcript2
bgcolor = 녹색
설명 = 1

구성 섹션은 일련의 섹션으로 나뉘며 각 섹션에는
[섹션 제목]. [general] 섹션에서는 전체 이미지에 대한 전역 옵션을 지정합니다.
다른 섹션은 특정 기능 유형에 적용됩니다. 위의 예에서 구성
[EST] 섹션의 구성은 EST로 표시된 기능에 적용되는 반면
[FGENES] 섹션은 FGENES 유전자의 예측으로 레이블이 지정된 기능에 적용됩니다.
예측 프로그램.

각 섹션 내부에는 일련의 이름=값 쌍이 있습니다. 여기서 이름은 항목의 이름입니다.
설정할 옵션. = 기호 주위에 공백을 두어 읽기 쉽도록 만들거나
원하는 경우 콜론(:)을 사용하세요. 다음 옵션 이름이 인식됩니다.

옵션 값 예
------ ----- -------

염기 서열 범위의 최소 및 최대(bp) 1200..60000
너비 이미지 너비(픽셀) 600
height 각 그래픽 요소의 높이(픽셀) 10
각 그래픽 요소의 글리프 스타일(아래 참조) 성적표
fgcolor 각 요소의 전경색 노란색
bgcolor 각 요소의 배경색은 파란색입니다.
linewidth 라인의 너비 3
label 기능 이름 인쇄 1
description 기능 설명 인쇄 여부 0
bump 요소는 충돌할 수 없습니다 1
진드기 화살표에 눈금 표시 인쇄 1
커넥터 그룹 커넥터 유형(점선, 모자형 또는 실선) 점선

"bases" 및 "width" 옵션은 [general] 섹션에서만 관련이 있습니다. 그들은
이름이 비슷한 명령줄 옵션으로 재정의됩니다.

나머지 옵션은 모든 섹션에 있을 수 있지만,
[general] 섹션은 다른 섹션에 대한 기본값을 설정합니다.

색상은 영어 색상 이름 또는 웹 스타일 #RRGGBB 색상입니다(HTML에 대한 책 참조).
설명을 위해). 참/거짓 값은 참이면 1, 거짓이면 0입니다. 숫자 범위는 다음과 같습니다.
두 개의 점을 사용하여 시작..끝 방식으로 표현하거나 하이픈을 사용하여 시작-끝 방식으로 표현합니다.

"glyph" 옵션은 기능이 렌더링되는 방식을 제어합니다. 다음 글리프는
구현:

이름 설명
---- -----------

상자 채워진 직사각형, 방향성이 없습니다.
타원 타원.
화살표 화살표; 단방향일 수 있거나
양방향. 그것은 또한 표시할 수 있습니다
메이저 및 마이너 눈금 표시가 있는 눈금이며
수평 또는 수직으로 향해야 합니다.
세그먼트 솔리드로 연결된 채워진 직사각형 세트
윤곽. 다음과 같은 중단된 기능에 사용됩니다.
간격이 있는 정렬 및 엑손 그룹.
transcript 세그먼트와 유사하지만 연결선은
"모자" 모양과 방향
전사는 작은 화살표로 표시됩니다.
Transcript2 Transcript와 유사하지만 방향은 다음과 같습니다.
전사는 터미널 세그먼트로 표시됩니다.
화살표 모양으로.
프라이머 두 개의 안쪽을 가리키는 화살표가 선으로 연결되어 있습니다. STS에 사용됩니다.

범프 옵션은 이미지의 모양을 제어하는 ​​가장 중요한 옵션입니다. 설정된 경우
false(숫자 0)로 설정하면 피처가 겹칠 수 있습니다. true로 설정하면(
번호 1) 그러면 피처가 충돌을 피하기 위해 수직으로 이동합니다. 지정되지 않은 경우,
특정 유형의 시퀀스 기능 수가 50보다 크면 범프가 켜집니다.

Data 섹션
데이터 섹션은 구성 섹션을 따르거나 진행할 수 있습니다. 두 섹션은 다음과 같이 할 수 있습니다.
혼합되기도 합니다. 데이터 섹션은 탭 또는 공백으로 구분된 파일입니다.
스프레드시트 응용 프로그램 또는 워드 프로세서 파일에서 내보내기(텍스트로 저장해야 함)
오직!)

다음은 데이터 섹션의 예입니다.

코스미드 B0511 . 516-619 코스미드 B0511 . 3185-3294 코스미드
B0511 . 10946-11208 코스미드 B0511 . 13126-13511 코스미드
B0511 . 66-208 코스미드 B0511 . 6354-6499 코스미드 B0511
. 13955-14115 EST yk595e6.5 + 3187-3294 EST yk846e07.3 -
11015-11208 EST yk53c10
yk53c10.5 + 18892-19154
yk53c10.3 - 15000-15500,15700-15800 EST yk53c10.5 +
16032-16105 SwissProt PECANEX + 13153-13656 스웨덴어 FGENESH "Gene
1" - 1-205,518-616,661-735,3187-3365,3436-3846 막관통 도메인
FGENESH "Gene 2" - 16626-17396,17451-17597 키나아제 및 스시 도메인

파일의 각 줄에는 XNUMX개의 열이 있습니다. 열은 다음과 같습니다.

열 번호 설명
------

기능 유형 1개
2 기능 이름
3 가닥
4 좌표
5 설명

기능 유형
기능 유형은 [기능 유형] 제목 중 하나에 해당해야 합니다.
구성 섹션. 그렇지 않은 경우 [일반] 옵션이
렌더링할 때의 기능입니다. 기능 이름은 기능의 이름입니다. "."를 사용하세요. 또는
관련이 없는 경우 "-". 이름에 공백이 있으면 single 또는 double을 입력하십시오.
이름 주위에 따옴표("")를 붙입니다.

바닷가
스트랜드는 피처가 있는 스트랜드를 나타냅니다. 앞으로의 "+"중 하나입니다
가닥, 역방향 가닥의 경우 "-" 또는 "." 좌초되지 않은 기능의 경우.

좌표
좌표 열은 지형지물이 차지하는 하나 이상의 범위 집합입니다.
범위는 start..stop에서와 같이 ".."를 사용하거나 시작-정지에서와 같이 하이픈과 함께 기록됩니다.
여러 범위로 구성된 기능의 경우 &em; 예를 들어
엑손이 여러 개 있습니다 &em; 범위를 같은 줄에 구분하여 넣을 수 있습니다.
쉼표나 공백을 사용하거나 개별 줄에 범위를 입력하고 동일한 기능을 사용하세요.
이름을 지정하고 입력하여 그룹화하세요. 위의 예에서 Cosmid B0511 기능은
개별 라인 스타일을 사용하는 반면 FGENESH 기능은 한 라인의 모든 범위를 사용합니다.
스타일.

상품 설명
마지막 열에는 일부 설명 텍스트가 포함되어 있습니다. 설명 옵션이 다음으로 설정된 경우
true인 경우 이 텍스트는 렌더링의 기능 아래에 인쇄됩니다.

마지막으로, 관련된 기능을 함께 그룹화하는 것이 가능합니다. 대표적인 것이 EST이다.
yk53c10.5 및 yk53c10.3, 복제본의 두 끝에서 읽음으로써 관련됨
yk53c10. 이 관계를 표시하려면 다음과 같은 섹션을 생성하십시오.

EST yk53c10
yk53c10.5 + 18892-19154
yk53c10.3 - 15000-15500,15700-15800

그룹은 해당 기능을 포함하는 두 개의 열만 포함하는 선으로 표시됩니다.
유형과 그룹의 고유 이름입니다. 이 라인을 따라 구성하는 모든 기능을 살펴보세요.
그룹화하되 첫 번째 열(피처 유형)은 비워 둡니다. 그룹은 다음에 의해 렌더링됩니다.
그룹의 모든 구성원 사이에 점선을 그립니다. 이를 다음과 같이 변경할 수 있습니다.
이 기능에 대한 구성 섹션에서 다른 커넥터 옵션 지정
유형.

onworks.net 서비스를 사용하여 온라인에서 frendp 사용