이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공자에서 실행할 수 있는 gmod_make_cvtermpath.plp 명령입니다.
프로그램:
이름
gmod_make_cvtermpath.pl - 온톨로지 용어에 대한 전이적 폐쇄를 계산합니다.
cvterm 테이블
사용법
perl gmod_make_cvtermpath.pl -H [dbhost] -D [dbname] [-vt] -c cvname
perl gmod_make_cvtermpath.pl -g [GMODConf_profile] -c cvname
파라미터
-c 전이적 폐쇄를 계산할 온톨로지 이름(cv.name)입니다. (필수)
-v 자세한 출력
-t 체험 모드. 저장 작업을 전혀 수행하지 않습니다. (구현되지 않음)
-o 오류 및 자세한 메시지를 쓰기 위한 outfile(선택 사항)
-g GMOD 데이터베이스 프로필 이름(호스트 및 DB 이름 제공 가능) 기본값: 'default'
If 지원 사용 a GMOD 데이터베이스 윤곽 (선택권 -g) 그때 의견을 듣고 싶습니다. 절대로 필요한 것 지원을 도입하세요. 전에, 수행원
매개 변수
-D 데이터베이스 이름
-H 호스트 이름
-d 데이터베이스 드라이버 이름(예: postgres의 경우 'Pg')
-u [선택 사항 - 기본 사용자가 사용되지 않는 경우] 데이터베이스 사용자 이름
-p [선택 사항 - 데이터베이스에 연결하기 위해 비밀번호가 필요한 경우] 사용자의 비밀번호
데이터베이스에 연결하려면
기술
이 스크립트는 cvterm 테이블의 온톨로지 용어에 대한 전이적 폐쇄를 계산합니다.
이는 계산 집약적인 작업이기 때문에 Gene과 같은 대규모 cv에서 이 작업을 수행하는 경우
온톨로지는 몇 시간이 걸릴 수 있습니다. 전환적 폐쇄에 대한 자세한 내용은
참조하십시오 :
http://www.geneontology.org/GO.database.shtml#그래프
onworks.net 서비스를 사용하여 gmod_make_cvtermpath.plp를 온라인으로 사용하세요.
