이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공자에서 실행할 수 있는 명령 gmx-anadock입니다.
프로그램:
이름
gmx-anadock - Autodock 실행의 클러스터 구조
개요
gmx 아나독 [-f [<.pdb>]] [-od [<.xvg>]] [-의 [<.xvg>]] [-g [<.로그>]]
[-xvg ] [-[아니]무료] [-[no]rms] [-끊다 ]
기술
gmx 아나독 Autodock 실행 결과를 분석하고 구조를 함께 클러스터링합니다.
거리 또는 RMSD를 기준으로 합니다. 도킹 에너지 및 자유 에너지 추정치를 분석하고
각 클러스터의 에너지 통계가 인쇄됩니다.
이에 대한 대안적인 접근 방식은 먼저 구조를 클러스터링하는 것입니다. gmx 클러스터 그리고
그런 다음 가장 낮은 에너지 또는 평균 에너지를 기준으로 클러스터를 정렬합니다.
옵션
입력 파일을 지정하는 옵션:
-f [<.pdb>] (eiwit.pdb)
단백질 데이터 뱅크 파일
출력 파일을 지정하는 옵션:
-od [<.xvg>] (edocked.xvg)
xvgr/xmgr 파일
-의 [<.xvg>] (이프리.xvg)
xvgr/xmgr 파일
-g [<.로그>] (아나독.로그)
로그 파일
기타 옵션 :
-xvg
xvg 플롯 형식: xmgrace, xmgr, 없음
-[아니]무료 (아니)
Autodock의 무료 에너지 견적을 사용하여 클래스를 정렬하세요.
-[no]rms (예)
RMS 또는 거리에 따른 클러스터
-끊다 (0.2)
동일 클러스터에 속하기 위한 최대 RMSD/거리
onworks.net 서비스를 사용하여 gmx-anadock을 온라인으로 사용하세요
