gmx-clustsize - 클라우드의 온라인

프로그램:

이름

gmx-clustsize - 원자 클러스터의 크기 분포 계산

개요

gmx 클러스터 크기 [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xpm>]] [-오 [<.xpm>]] [-체크 안함 [<.xvg>]]
[-MC [<.xvg>]] [맥 [<.xvg>]] [-hc [<.xvg>]]
[-온도 [<.xvg>]] [-mcn [<.ndx>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-뚜 ] [-[지금] [-xvg ]
[-절단 ] [-몰] [-[아니오]pbc] [-n건너뛰기 ]
[-n레벨 ] [-ndf ] [-rgblo ]
[-rgbhi ]

기술

gmx 클러스터 크기 가스에서 분자/원자 클러스터의 크기 분포를 계산합니다.
단계. 출력은 다음과 같은 형식으로 제공됩니다. .xpm 파일. 총 클러스터 수는
에 작성 .xvg 파일.

때 -몰 클러스터가 원자가 아닌 분자로 만들어질 것이라는 옵션이 주어집니다.
큰 분자의 클러스터링을 허용합니다. 이 경우 인덱스 파일은 여전히
원자 번호를 포함하지 않으면 SEGV로 계산이 중단됩니다.

궤적에 속도가 있을 때 가장 큰 클러스터의 온도
별도로 인쇄됩니다 .xvg 파티클이 자유롭게 이동할 수 있다고 가정합니다. 만약에
제약 조건을 사용하고 있습니다. 온도를 수정하십시오. 예를 들어 물 시뮬레이션
SHAKE 또는 SETTLE을 사용하면 온도가 1.5배 너무 낮습니다. 당신은 할 수 있습니다
이걸로 보상 -ndf 옵션. 질량 중심 제거를 기억하십시오.
모션을 고려합니다.

XNUMXD덴탈의 -MC 옵션은 가장 큰 원자 번호를 포함하는 색인 ​​파일을 생성합니다.
클러스터.

옵션

입력 파일을 지정하는 옵션:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
궤적: xtc trr CPT 그루터기 g96 pdb TNG

-s [<.tpr>] (토폴.tpr) (선택 사항)
휴대용 xdr 실행 입력 파일

-n [<.ndx>] (인덱스.ndx) (선택 사항)
색인 파일

출력 파일을 지정하는 옵션:

-o [<.xpm>] (csize.xpm)
X PixMap 호환 매트릭스 파일

-오 [<.xpm>] (csizew.xpm)
X PixMap 호환 매트릭스 파일

-체크 안함 [<.xvg>] (nclust.xvg)
xvgr/xmgr 파일

-MC [<.xvg>] (maxclust.xvg)
xvgr/xmgr 파일

맥 [<.xvg>] (avclust.xvg)
xvgr/xmgr 파일

-hc [<.xvg>] (히스토-clust.xvg)
xvgr/xmgr 파일

-온도 [<.xvg>] (임시.xvg) (선택 사항)
xvgr/xmgr 파일

-mcn [<.ndx>] (maxclust.ndx) (선택 사항)
색인 파일

기타 옵션 :

-b (0)
궤적에서 읽을 첫 번째 프레임(ps)

-e (0)
궤적에서 읽을 마지막 프레임(ps)

-dt (0)
t MOD dt = 처음(ps)일 때만 프레임 사용

-뚜 (추신)
시간 값의 단위: fs, ps, ns, us, ms, s

-[지금 (아니)
출력 보기 .xvg, .xpm, .주당 순 이익 와 .pdb 파일

-xvg
xvg 플롯 형식: xmgrace, xmgr, 없음

-절단 (0.35)
클러스터에서 고려해야 할 최대 거리(nm)

-몰 (아니)
원자보다 클러스터 분자(필요 .tpr 파일)

-[아니오]pbc (예)
주기 경계 조건 사용

-n건너뛰기 (0)
쓰기 사이에 건너뛸 프레임 수

-n레벨 (20)
회색 수준의 수 .xpm 출력

-ndf (-1)
온도 계산을 위한 전체 시스템의 자유도 수입니다. 만약에
설정되지 않은 경우 원자 수 곱하기 XNUMX이 사용됩니다.

-rgblo (1 1 0)
가장 낮은 점유 클러스터 크기의 색상에 대한 RGB 값

-rgbhi (0 0 1)
가장 높은 점유 클러스터 크기의 색상에 대한 RGB 값

onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 gmx-clustsize 사용