이는 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 공급자에서 실행할 수 있는 gmx-convert-tpr 명령입니다.
프로그램:
이름
gmx-convert-tpr - 수정된 실행 입력 파일 만들기
개요
gmx 변환-tpr [-s [<.tpr>]] [-f [<.trr/.cpt/...>]] [-e [<.edr>]]
[-n [<.ndx>]] [-o [<.tpr>]] [-연장하다 ]
[-까지 ] [-n단계 ] [-시각 ]
[-[아니요]zeroq] [-[소설] [-[아니오]계속]
[-init_fep_state ]
기술
gmx 변환-tpr 네 가지 방법으로 실행 입력 파일을 편집할 수 있습니다.
1. 옵션을 사용하여 실행 입력 파일의 단계 수를 수정하여 -연장하다, -까지 or
-n단계 (nsteps=-1은 스텝 수에 제한이 없음을 의미)
2. (OBSOLETE) 시뮬레이션이 완료되었을 때 연속 실행을 위한 실행 입력 파일을 생성하여
예를 들어 디스크가 꽉 찼거나 연속 실행 입력 파일을 만들어서 충돌이 발생했습니다. 이 옵션
mdrun은 이제 체크포인트 파일을 쓰고 읽으므로 더 이상 사용되지 않습니다. 주의 사항 그 프레임
좌표와 속도가 필요합니다. 압력 및/또는 노즈-후버 온도
커플링은 정확한 연속을 얻기 위해 에너지 파일을 제공할 수 있는 데 사용됩니다.
원래 실행.
3. 원본 tpx 파일의 하위 집합에 대한 .tpx 파일을 생성하여 다음과 같은 경우에 유용합니다.
.tpx 파일에서 용매를 제거하거나 예를 들어 순수한
칼파 .tpx 파일. 사용해야 할 수도 있습니다. -n단계 -1 (또는 이와 유사한) 이것을 얻기 위해
작업. 경고 : 이 .tpx 파일 is 지원 충분히 기능의.
4. 지정된 그룹의 요금을 XNUMX으로 설정하여 이것은 무료로 할 때 유용합니다
LIE(Linear Interaction Energy) 방법을 사용한 에너지 추정.
옵션
입력 파일을 지정하는 옵션:
-s [<.tpr>] (토폴.tpr)
휴대용 xdr 실행 입력 파일
-f [<.trr/.cpt/...>] (traj.trr) (선택 사항)
완전 정밀 탄도: trr CPT TNG
-e [<.edr>] (에너.edr) (선택 사항)
에너지 파일
-n [<.ndx>] (인덱스.ndx) (선택 사항)
색인 파일
출력 파일을 지정하는 옵션:
-o [<.tpr>] (tprout.tpr)
휴대용 xdr 실행 입력 파일
기타 옵션 :
-연장하다 (0)
런타임을 이 양(ps)만큼 연장
-까지 (0)
이 종료 시간까지 런타임 연장(ps)
-n단계 (0)
단계 수 변경
-시각 (-1)
마지막 프레임 대신 현재 프레임에서 계속(ps)
-[아니요]zeroq (아니)
(인덱스에서) 그룹 요금을 XNUMX으로 설정
-[소설 (예)
궤적에서 속도 요구
-[아니오]계속 (예)
정확한 연속을 위해 첫 번째 단계 이전에 제약 조건을 적용하지 않아야 합니다.
-init_fep_state (0)
초기화할 fep 상태
onworks.net 서비스를 사용하여 gmx-convert-tpr 온라인 사용
