gmx-covar - 클라우드에서의 온라인

프로그램:

이름

gmx-covar - 공분산 행렬 계산 및 대각선화

개요

gmx 코바르 [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-v [<.trr/.cpt/...>]]
[-의 [<.gro/.g96/...>]] [-l [<.로그>]] [-아스키 [<.dat>]]
[-xpm [<.xpm>]] [-xpma [<.xpm>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-뚜 ] [-xvg ] [-[아니]맞다]
[-[아니오]참조] [-[아니요]음와] [-마지막 ] [-[아니오]pbc]

기술

gmx 코바르 (질량 가중) 공분산 행렬을 계산하고 대각선화합니다. 모두
구조는 구조 파일의 구조에 맞춰집니다. 실행이 아닐 때
입력 파일 주기성은 고려되지 않습니다. 적합 및 분석 그룹이
동일하고 분석이 질량 가중되지 않은 경우 적합성도 동일하지 않습니다.
질량 가중.

고유 벡터는 궤적 파일(-v). 동일한 원자가 사용될 때
피팅 및 공분산 분석, 피팅에 대한 참조 구조가 먼저 작성됩니다.
t=-1. 평균(또는 참조할 때 -참조 사용됨) 구조는 t=0으로 작성되고,
고유 벡터는 고유 벡터 번호를 타임 스탬프로 사용하여 프레임으로 기록됩니다.

고유 벡터는 다음과 같이 분석할 수 있습니다. gmx 애나익.

선택권 -아스키 전체 공분산 행렬을 ASCII 파일에 기록합니다. 의 순서
요소: x1x1, x1y1, x1z1, x1x2, ...

선택권 -xpm 전체 공분산 행렬을 .xpm 파일.

선택권 -xpma 원자 공분산 행렬을 .xpm 파일, 즉 각 원자 쌍에 대해
xx, yy 및 zz 공분산의 합이 기록됩니다.

행렬의 대각화에는 메모리와 시간이 필요합니다.
관련된 원자 수의 제곱보다 빠르다. 소진되기 쉽습니다
이 경우 이 도구는 '세그먼트 오류'와 함께 종료될 수 있습니다. 당신은해야
축소된 원자 세트가 비용 절감에 대한 요구 사항을 충족하는지 신중하게 고려하십시오.

옵션

입력 파일을 지정하는 옵션:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
궤적: xtc trr CPT 그루터기 g96 pdb TNG

-s [<.tpr/.gro/...>] (토폴.tpr)
구조+질량(db): tpr 그루터기 g96 pdb 브르크 엔트

-n [<.ndx>] (인덱스.ndx) (선택 사항)
색인 파일

출력 파일을 지정하는 옵션:

-o [<.xvg>] (고유값.xvg)
xvgr/xmgr 파일

-v [<.trr/.cpt/...>] (eigenvec.trr)
완전 정밀 탄도: trr CPT TNG

-의 [<.gro/.g96/...>] (평균.pdb)
구조 파일: 그루터기 g96 pdb BRK ENT ESP

-l [<.로그>] (covar.log)
로그 파일

-아스키 [<.dat>] (covar.dat) (선택 사항)
일반 데이터 파일

-xpm [<.xpm>] (covar.xpm) (선택 사항)
X PixMap 호환 매트릭스 파일

-xpma [<.xpm>] (covara.xpm) (선택 사항)
X PixMap 호환 매트릭스 파일

기타 옵션 :

-b (0)
궤적에서 읽을 첫 번째 프레임(ps)

-e (0)
궤적에서 읽을 마지막 프레임(ps)

-dt (0)
t MOD dt = 처음(ps)일 때만 프레임 사용

-뚜 (추신)
시간 값의 단위: fs, ps, ns, us, ms, s

-xvg
xvg 플롯 형식: xmgrace, xmgr, 없음

-[아니]맞다 (예)
참조 구조에 맞추기

-[아니오]참조 (아니)
대신에 구조 파일의 구조에서 편차를 사용합니다.
평균

-[아니요]음와 (아니)
질량 가중 공분산 분석

-마지막 (-1)
기록할 마지막 고유 벡터(-1은 마지막까지)

-[아니오]pbc (예)
주기적 경계 조건에 대한 수정 적용

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