gmx-editconf - 클라우드의 온라인

프로그램:

이름

gmx-editconf - 구조 파일 변환 및 조작

개요

gmx editconf [-f [<.gro/.g96/...>]] [-n [<.ndx>]] [-bf [<.dat>]]
[-o [<.gro/.g96/...>]] [-벌꿀 술 [<.pqr>]] [-[지금]
[-[아니요]ndef] [-bt ] [-상자 ]
[-각도 ] [-d ] [-[아니요]c]
[-센터 ] [-aligncenter ]
[-맞추다 ] [-번역하다 ]
[-회전 ] [-[아니요]프린스] [-규모 ]
[-밀도 ] [-[아니오]pbc] [-resnr ] [-[아니요] 파악]
[-rvdw ] [-[아니요]sig56] [-[아니요]vdwread] [-[아니요]원자]
[-[no]범례] [-상표 ] [-[아니오]연결]

기술

gmx editconf 일반 구조 형식을 다음으로 변환합니다. .그로, .g96 or .pdb.

옵션으로 상자를 수정할 수 있습니다. -상자, -d 및 -각도. 두 -상자 및 -d 중심이 될 것이다
상자 안에 있는 시스템을 제외하고 -녹 사용.

선택권 -bt 상자 유형을 결정합니다. 삼임상 트리클리닉 박스이다. 입방의 직사각형이다
모든 변이 동일한 상자 십이 면체 마름모십이면체를 나타내고, 팔면체 is
잘린 팔면체. 마지막 두 개는 삼사정 상자의 특별한 경우입니다. 길이
잘린 팔면체의 세 상자 벡터는 두 벡터 사이의 최단 거리입니다.
반대편 육각형. 주기적인 이미지 거리가 있는 입방체 상자에 상대적인 볼륨
동일한 주기 거리를 갖는 정십이면체의 크기는 정육면체의 거리의 0.71배이고,
잘린 팔면체의 는 0.77 배입니다.

선택권 -상자 입방체, 마름모꼴 십이면체 또는 잘린 면체에 대해 하나의 값만 필요합니다.
팔면체 상자.

와 -d 및 삼임상 상자에 시스템 크기를 표시합니다. x-, y-, 그리고 z-방향은
사용된. 와 함께 -d 및 입방의, 십이 면체 or 팔면체 상자의 크기는 다음과 같이 설정됩니다.
시스템의 직경(원자 사이의 최대 거리)에 지정된 거리의 두 배를 더한 값입니다.

선택권 -각도 옵션에서만 의미가 있습니다. -상자 및 삼중선 상자는 사용할 수 없습니다.
옵션으로 -d.

인셀덤 공식 판매점인 -n or -ndef 가 설정되면 크기를 계산하기 위해 그룹을 선택할 수 있으며
기하학적 중심, 그렇지 않으면 전체 시스템이 사용됩니다.

-회전 좌표와 속도를 회전시킵니다.

-프린스 가장 긴 좌표축을 따라 시스템의 주축을 정렬합니다.
축이 x-중심선. 이렇게 하면 상자 부피를 줄일 수 있지만 주의하십시오.
그 분자는 나노초 안에 크게 회전할 수 있습니다.

크기 조정은 다른 작업이 수행되기 전에 적용됩니다. 상자 및 좌표
특정 밀도를 제공하도록 크기를 조정할 수 있습니다(옵션 -밀도). 이럴 수도 있으니 참고하세요
부정확한 경우 .그로 파일이 입력으로 제공됩니다. 스케일링 옵션의 특별한 기능
계수 -1이 XNUMX차원에 주어질 때 거울 이미지를 얻는다는 것입니다.
비행기 중 하나에서. 1차원에서 -XNUMX을 사용하면 점 거울 이미지는 다음과 같습니다.
획득.

그룹은 모든 작업이 적용된 후에 선택됩니다.

주기성은 대략적인 방식으로 제거될 수 있습니다. 상자 벡터가
주기성을 제거할 때 입력 파일의 하단이 정확합니다.

쓸 때 .pdb 파일, B-인자는 다음을 사용하여 추가할 수 있습니다. -bf 옵션. B-요인을 읽습니다.
다음 형식의 파일에서: 첫 번째 줄은 파일의 항목 수를 나타냅니다.
다음 줄에는 지수와 B-요인이 나옵니다. B 요인은 당 첨부됩니다
지수가 잔기의 수보다 크지 않거나 -원자 선택권
설정됩니다. 분명히 B-요인 대신 모든 유형의 숫자 ​​데이터를 추가할 수 있습니다. -전설
최소값에서 최대값 범위의 B 인자를 갖는 CA 원자 행을 생성합니다.
값이 발견되어 효과적으로 보기에 대한 범례를 만듭니다.

옵션으로 -벌꿀 술 특수 .pdb MEAD 정전기 프로그램용(.pqr) 파일
(Poisson-Boltzmann 솔버)를 만들 수 있습니다. 추가 전제 조건은 입력 파일이
입력 파일을 실행합니다. 그런 다음 B 요인 필드는 다음의 Van der Waals 반지름으로 채워집니다.
점유 필드가 전하를 유지하는 동안 원자.

옵션 -파악 비슷하지만 B 인자에 전하를 넣고 반경을
점유.

선택권 -맞추다 지정된 그룹의 기본 축을 기준으로 정렬할 수 있습니다.
주어진 벡터, 선택적인 회전 중심은 다음과 같이 지정됩니다. -aligncenter.

마지막으로 옵션으로 -상표, editconf 체인 식별자를 .pdb 할 수 있는 파일
예를 들어 Rasmol을 사용한 분석에 유용합니다.

다음과 같은 입방체 상자를 사용하는 패키지에서 생성된 잘린 팔면체 파일을 변환하려면
잘린 모서리(예: GROMOS)에는 다음을 사용합니다.

gmx editconf -f in -rotate 0 45 35.264 -bt o -box veclen -o out

어디에 베클렌 입방 상자 시간의 크기입니다 sqrt(3)/2.

옵션

입력 파일을 지정하는 옵션:

-f [<.gro/.g96/...>] (conf.gro)
구조 파일: 그루터기 g96 pdb BRK ENT ESP tpr

-n [<.ndx>] (인덱스.ndx) (선택 사항)
색인 파일

-bf [<.dat>] (bfact.dat) (선택 사항)
일반 데이터 파일

출력 파일을 지정하는 옵션:

-o [<.gro/.g96/...>] (아웃.그로) (선택 사항)
구조 파일: 그루터기 g96 pdb BRK ENT ESP

-벌꿀 술 [<.pqr>] (미드.pqr) (선택 사항)
MEAD의 좌표 파일

기타 옵션 :

-[지금 (아니)
출력 보기 .xvg, .xpm, .주당 순 이익 및 .pdb 파일

-[아니요]ndef (아니)
기본 인덱스 그룹에서 출력 선택

-bt (삼진)
박스 유형 -상자 및 -d: 삼사면체, 입방체, 정십이면체, 팔면체

-상자 (0 0 0)
상자 벡터 길이(a,b,c)

-각도 (90 90 90)
상자 벡터 사이의 각도(bc,ac,ab)

-d (0)
용질과 상자 사이의 거리

-[아니요]c (아니)
상자의 중심 분자( -상자 및 -d)

-센터 (0 0 0)
기하학적 중심 좌표

-aligncenter (0 0 0)
정렬을 위한 회전 중심

-맞추다 (0 0 0)
대상 벡터에 정렬

-번역하다 (0 0 0)
번역

-회전 (0 0 0)
X, Y 및 Z 축을 중심으로 회전

-[아니요]프린스 (아니)
주축을 따라 분자의 방향을 정합니다.

-규모 (1 1 1)
스케일링 팩터

-밀도 (1000)
스케일링을 통해 얻은 출력 상자의 밀도(g/L)

-[아니오]pbc (아니)
주기성 제거(분자를 다시 온전하게 만들기)

-resnr (-1)
resnr부터 시작하여 나머지 번호 다시 매기기

-[아니요] 파악 (아니)
B-인자 필드에 원자의 전하를 저장하고 B-인자 필드에 원자의 반경을 저장합니다.
점유 필드

-rvdw (0.12)
데이터베이스에서 찾을 수 없는 경우 기본 Van der Waals 반경(nm 단위)
토폴로지 파일에 매개변수가 없습니다.

-[아니요]sig56 (아니)
sigma/2 대신 rmin/2(Van der Waals 전위의 최소값)를 사용합니다.

-[아니요]vdwread (아니)
파일에서 반데르발스 반지름 읽기 vdwradii.dat 계산하는 것보다
역장을 기반으로 한 반경

-[아니요]원자 (아니)
원자당 강제 B 인자 부착

-[no]범례 (아니)
B-팩터 범례 만들기

-상표 (A)
모든 잔류물에 체인 라벨 추가

-[아니오]연결 (아니)
CONECT 레코드를 .pdb 파일을 쓸 때. 토폴로지가 다음인 경우에만 수행할 수 있습니다.
제시

KNOWN 문제점

· 복잡한 분자의 경우 주기성 제거 루틴이 중단될 수 있습니다.
사용할 수 있습니다 gmx trjconv.

onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 gmx-editconf 사용