gmx-energy - 클라우드의 온라인

프로그램:

이름

gmx-energy - 에너지를 xvg 파일에 쓰고 평균을 표시합니다.

개요

지엠엑스 에너지 [-f [<.edr>]] [-f2 [<.edr>]] [-s [<.tpr>]] [-o [<.xvg>]]
[-비올 [<.xvg>]] [-한 쌍 [<.xvg>]] [-오라 [<.xvg>]]
[-오르트 [<.xvg>]] [-오다 [<.xvg>]] [-odr [<.xvg>]]
[-odt [<.xvg>]] [-오텐 [<.xvg>]] [-corr [<.xvg>]]
[-비스 [<.xvg>]] [-ravg [<.xvg>]] [-오드 [<.xvg>]]
[-b ] [-e ] [-[지금] [-xvg ] [-[무료]
[-페템 ] [-제로 ] [-[아니오]합] [-[아니오]dp]
[-nbmin ] [-nbmax ] [-[아니다] 돌연변이] [-건너 뛰기 ]
[-[아니]아버] [-nmol ] [-[아니요]fluct_props]
[-[no]드리프트코] [-[아니]플럭] [-[아니]오린스트] [-[아니]오벡]
[-아플렌 ] [-[아니오]정규화] [-P ]
[-fitfn ] [-시작하다 ] [-완성 ]

기술

gmx 에너지 에너지 파일에서 에너지 구성요소 또는 거리 제한 데이터를 추출합니다. NS
사용자는 원하는 에너지 용어를 대화식으로 선택하라는 메시지가 표시됩니다.

평균, RMSD 및 드리프트는 시뮬레이션에서 완전한 정밀도로 계산됩니다(참조
인쇄된 설명서). 드리프트는 데이터의 최소 제곱 맞춤을 수행하여 계산됩니다.
일직선. 보고된 총 드리프트는 첫 번째와 마지막 피팅의 차이입니다.
가리키다. 평균의 오류 추정치는 5개 블록에 대한 블록 평균을 기반으로 합니다.
전체 정밀도 평균을 사용합니다. 오류 추정은 여러 블록에 대해 수행할 수 있습니다.
옵션이 있는 길이 -nbmin 과 -nbmax. 주의 사항 대부분의 경우 에너지 파일
모든 MD 단계에 대한 평균 또는 프레임 수보다 더 많은 포인트에 대한 평균을 포함합니다.
에너지 파일. 이것은 만든다 gmx 에너지 보다 정확한 통계 출력 .xvg
산출. 정확한 평균이 에너지 파일에 없을 때 언급된 통계
위의 값은 단일 프레임당 에너지 값에 대한 것입니다.

변동이라는 용어는 최소 제곱 피팅 주변의 RMSD를 제공합니다.

올바른 에너지 항이 제공되면 일부 변동 종속 속성을 계산할 수 있습니다.
선택되어 있고 명령줄 옵션이 -fluct_props 주어진다. 다음과 같은
속성이 계산됩니다.

┌──────────────────────────────────────────────────── ─────┐
│속성 │ 필요한 에너지 조건 │
├──────────────────────────────────────────────────── ─────┤
│열용량 C_p(NPT 시뮬레이션): │ 엔탈피, 온도 │
├──────────────────────────────────────────────────── ─────┤
│열용량 C_v(NVT 시뮬레이션): │ Etot, Temp │
├──────────────────────────────────────────────────── ─────┤
│열팽창 계수. (NPT): │ 엔탈피, Vol, Temp │
├──────────────────────────────────────────────────── ─────┤
│등온 압축률: │ Vol, Temp │
├──────────────────────────────────────────────────── ─────┤
│단열 부피 계수: │ Vol, Temp │
└───────────────────────────────────────────────────── ─────┘

항상 분자 수를 설정해야 합니다. -nmol. C_p/C_v 계산은 지원
양자 효과에 대한 수정을 포함합니다. 사용 gmx 내부 필요한 경우 프로그램(및
당신은).

때 -비올 옵션이 설정되면 시간 평균 위반이 표시되고 실행 중인
위반의 시간 평균 및 순간 합계가 다시 계산됩니다. 추가로 실행
선택한 쌍 사이의 시간 평균 및 순간 거리는 다음과 같이 표시될 수 있습니다.
-한 쌍 옵션을 선택합니다.

옵션 -오라, -오르트, -오다, -odr 과 -odt 방향 제한 데이터를 분석하는 데 사용됩니다.
처음 두 옵션은 방향을 표시하고 마지막 세 옵션은
실험 값에서 방향. '' 플롯으로 끝나는 옵션
구속의 함수로서 시간 경과에 따른 평균. ''로 끝나는 옵션은 프롬프트
구속 레이블 번호에 대해 사용자를 지정하고 시간의 함수로 데이터를 플로팅합니다. 옵션 -odr
RMS 편차를 구속의 함수로 표시합니다. 실행 시간 또는 앙상블을 사용하는 경우
평균 방향 제한, 옵션 -오린스트 순간을 분석하는 데 사용할 수 있습니다.
시간과 앙상블 대신 앙상블 평균이 아닌 방향과 편차
평균.

선택권 -오텐 각 방향에 대한 분자 차수 텐서의 고유값을 표시합니다.
구속 실험. 옵션으로 -오벡 또한 고유 벡터가 그려집니다.

선택권 -오드 자유 에너지 데이터(Hamiltoian 차분 및/또는
해밀턴 파생물 dhdl) 에너.edr 파일.

와 -회비 이상 기체와의 자유 에너지 차이에 대한 추정치가 계산됩니다.
상태:

델타 A = A(N,V,T) - A_idealgas(N,V,T) = kT ln( )
델타 G = G(N,p,T) - G_idealgas(N,p,T) = kT ln( )

여기서 k는 볼츠만 상수, T는 다음과 같이 설정됩니다. -페템 그리고 평균은 앙상블보다 높습니다.
(또는 궤적의 시간). 이것은 원칙적으로 평균화할 때만 정확하다는 점에 유의하십시오.
전체(Boltzmann) 앙상블에 걸쳐 위치 에너지를 사용합니다. 이것은 또한 허용합니다
다음을 사용하여 엔트로피 추정:

델타 S(N,V,T) = S(N,V,T) - S_idealgas(N,V,T) = ( - 델타 A)/T
델타 S(N,p,T) = S(N,p,T) - S_idealgas(N,p,T) = ( + pV - 델타 G)/T

두 번째 에너지 파일이 지정된 경우(-f2), 자유 에너지 차이가 ​​계산됩니다.

dF = -kT ln( _NS) ,

여기서 E_A 및 E_B는 첫 번째 및 두 번째 에너지 파일의 에너지이고 평균
가 앙상블 A 이상입니다. 자유 에너지 차이의 실행 평균은 다음과 같이 인쇄됩니다.
에 의해 지정된 파일 -ravg. 주의 사항 에너지는 둘 다 동일한 것으로부터 계산되어야 합니다.
사선.

옵션

입력 파일을 지정하는 옵션:

-f [<.edr>] (에너.edr)
에너지 파일

-f2 [<.edr>] (에너.edr) (선택 사항)
에너지 파일

-s [<.tpr>] (토폴.tpr) (선택 사항)
휴대용 xdr 실행 입력 파일

출력 파일을 지정하는 옵션:

-o [<.xvg>] (에너지.xvg)
xvgr/xmgr 파일

-비올 [<.xvg>] (violaver.xvg) (선택 사항)
xvgr/xmgr 파일

-한 쌍 [<.xvg>] (쌍.xvg) (선택 사항)
xvgr/xmgr 파일

-오라 [<.xvg>] (오리엔타.xvg) (선택 사항)
xvgr/xmgr 파일

-오르트 [<.xvg>] (orientt.xvg) (선택 사항)
xvgr/xmgr 파일

-오다 [<.xvg>] (orideva.xvg) (선택 사항)
xvgr/xmgr 파일

-odr [<.xvg>] (oridevr.xvg) (선택 사항)
xvgr/xmgr 파일

-odt [<.xvg>] (oridevt.xvg) (선택 사항)
xvgr/xmgr 파일

-오텐 [<.xvg>] (oriten.xvg) (선택 사항)
xvgr/xmgr 파일

-corr [<.xvg>] (enecorr.xvg) (선택 사항)
xvgr/xmgr 파일

-비스 [<.xvg>] (비스코.xvg) (선택 사항)
xvgr/xmgr 파일

-ravg [<.xvg>] (runavgdf.xvg) (선택 사항)
xvgr/xmgr 파일

-오드 [<.xvg>] (dhdl.xvg) (선택 사항)
xvgr/xmgr 파일

기타 옵션 :

-b (0)
궤적에서 읽을 첫 번째 프레임(ps)

-e (0)
궤적에서 읽을 마지막 프레임(ps)

-[지금 (아니)
출력 보기 .xvg, .xpm, .주당 순 이익 과 .pdb 파일

-xvg
xvg 플롯 형식: xmgrace, xmgr, 없음

-[무료 (아니)
자유 에너지 추정을 하십시오

-페템 (300)
자유 에너지 계산을 위한 기준 온도

-제로 (0)
영점 에너지 빼기

-[아니오]합 (아니)
전체를 표시하지 않고 선택한 에너지 항을 합산합니다.

-[아니오]dp (아니)
고정밀 인쇄 에너지

-nbmin (5)
오차 추정을 위한 최소 블록 수

-nbmax (5)
오차 추정을 위한 최대 블록 수

-[아니다] 돌연변이 (아니)
구성 요소에서 총 쌍극자 모멘트 계산

-건너 뛰기 (0)
데이터 포인트 사이의 프레임 수 건너뛰기

-[아니]아버 (아니)
또한 에너지 프레임에 저장된 정확한 평균과 rmsd를 인쇄합니다(1항이
요청됨)

-nmol (1)
샘플의 분자 수: 에너지를 이 숫자로 나눕니다.

-[아니요]fluct_props (아니)
열용량과 같은 에너지 변동을 기반으로 속성 계산

-[no]드리프트코 (아니)
변동 특성 계산에만 유용합니다. 드리프트
변동 속성을 계산하기 전에 관찰 가능한 항목을 뺍니다.

-[아니]플럭 (아니)
에너지 자체가 아닌 에너지 변동의 자기상관 계산

-[아니]오린스트 (아니)
순간적인 방향 데이터 분석

-[아니]오벡 (아니)
또한 다음을 사용하여 고유 벡터를 플로팅합니다. -오텐

-아플렌 (-1)
ACF의 길이, 기본값은 프레임 수의 절반입니다.

-[아니오]정규화 (예)
ACF 정규화

-P (0)
ACF에 대한 르장드르 다항식 차수(0은 없음을 나타냄): 0, 1, 2, 3

-fitfn (없음)
맞춤 기능: 없음, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

-시작하다 (0)
상관 함수의 지수 맞춤을 시작할 시간

-완성 (-1)
상관 함수의 지수 피팅을 종료하는 시간, -1은 다음까지입니다.
end

onworks.net 서비스를 사용하여 gmx-energy 온라인 사용