gmx-hydorder - 클라우드 온라인

프로그램:

이름

gmx-hydorder - 주어진 원자 주변의 사면체 매개변수 계산

개요

gmx 하이더 [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]] [-s [<.tpr>]]
[-o [<.xpm> [...]]] [또는 [<.아웃> [...]]]
[- 스펙트 [<.아웃> [...]]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[지금] [-d ] [-bw ]
[-스갱1 ] [-스갱2 ] [-tblock ]
[-n레벨 ]

기술

gmx 하이도더 주어진 원자 주변의 사면체 차수 매개변수를 계산합니다. 양쪽 각도
거리 순서 매개변수가 계산됩니다. P.-L을 참조하십시오. Chau 및 AJ Hardwick, Mol. 물리학,
93, (1998), 511-518. 자세한 사항은.

gmx 하이도더 상자의 3d-mesh에서 순서 매개변수를 계산하고 2단계
이 상자는 사용자에게 시간에 따라 얼굴을 구분하는 2D 인터페이스를 정의할 수 있는 옵션을 제공합니다.
매개변수 지정 -스갱1 및 -스갱2 (이것을 신중하게 선택하는 것이 중요합니다).

옵션

입력 파일을 지정하는 옵션:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
궤적: xtc trr CPT 그루터기 g96 pdb TNG

-n [<.ndx>] (인덱스.ndx)
색인 파일

-s [<.tpr>] (토폴.tpr)
휴대용 xdr 실행 입력 파일

출력 파일을 지정하는 옵션:

-o [<.xpm> [...]] (intf.xpm)
X PixMap 호환 매트릭스 파일

또는 [<.아웃> [...]] (원시 출력) (선택 사항)
일반 출력 파일

- 스펙트 [<.아웃> [...]] (intfspect.out) (선택 사항)
일반 출력 파일

기타 옵션 :

-b (0)
궤적에서 읽을 첫 번째 프레임(ps)

-e (0)
궤적에서 읽을 마지막 프레임(ps)

-dt (0)
t MOD dt = 처음(ps)일 때만 프레임 사용

-[지금 (아니)
출력 보기 .xvg, .xpm, .주당 순 이익 및 .pdb 파일

-d (지)
멤브레인의 법선 방향: z, x, y

-bw (1)
박스 메쉬의 Binwidth

-스갱1 (1)
1단계(대량)의 사면체 각도 매개변수

-스갱2 (1)
2단계(대량)의 사면체 각도 매개변수

-tblock (1)
한 시간 블록 평균의 프레임 수

-n레벨 (100)
2D의 높이 수준 수 - XPixMaps

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