이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 공급자에서 실행할 수 있는 gmx-mdmat 명령입니다.
프로그램:
이름
gmx-mdmat - 잔류물 접촉 지도 계산
개요
gmx mdmat [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-평균 [<.xpm>]] [-프레임 [<.xpm>]] [-아니 [<.xvg>]]
[-b ] [-e ] [-dt ] [-xvg ]
[-t ] [-n레벨 ]
기술
gmx mdmat 잔류 물 사이의 가장 작은 거리로 구성된 거리 행렬을 만듭니다.
한 쌍. 와 함께 -프레임, 이러한 거리 행렬은 차이를 보기 위해 저장할 수 있습니다.
시간의 함수로서의 XNUMX차 구조. 옵션을 현명하지 않게 선택하면
큰 출력 파일을 생성합니다. 기본적으로 전체에 대한 평균 행렬만
궤적이 출력됩니다. 또한 사이의 서로 다른 원자 접촉 수의 카운트
전체 궤적에 걸쳐 잔류물을 만들 수 있습니다. 출력은 다음과 같이 처리할 수 있습니다. gmx
XPM2PS PostScript(tm) 플롯을 만듭니다.
옵션
입력 파일을 지정하는 옵션:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
궤적: xtc trr CPT 그루터기 g96 pdb TNG
-s [<.tpr/.gro/...>] (토폴.tpr)
구조+질량(db): tpr 그루터기 g96 pdb 브르크 엔트
-n [<.ndx>] (인덱스.ndx) (선택 사항)
색인 파일
출력 파일을 지정하는 옵션:
-평균 [<.xpm>] (dm.xpm)
X PixMap 호환 매트릭스 파일
-프레임 [<.xpm>] (dmf.xpm) (선택 사항)
X PixMap 호환 매트릭스 파일
-아니 [<.xvg>] (num.xvg) (선택 사항)
xvgr/xmgr 파일
기타 옵션 :
-b (0)
궤적에서 읽을 첫 번째 프레임(ps)
-e (0)
궤적에서 읽을 마지막 프레임(ps)
-dt (0)
t MOD dt = 처음(ps)일 때만 프레임 사용
-xvg
xvg 플롯 형식: xmgrace, xmgr, 없음
-t (1.5)
절단 거리
-n레벨 (40)
이 레벨 수로 거리를 이산화합니다.
onworks.net 서비스를 사용하여 gmx-mdmat 온라인 사용
