이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 공급자에서 실행할 수 있는 gmx-nmtraj 명령입니다.
프로그램:
이름
gmx-nmtraj - 고유 벡터에서 가상 진동 궤적 생성
개요
gmx nmtraj [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-v [<.trr/.cpt/...>]]
[-o [<.xtc/.trr/...>]] [-eignr ]
[-단계 ] [-온도 ] [-진폭 ]
[-nframes ]
기술
gmx nmtraj 에 해당하는 고유 벡터에서 가상 궤적을 생성합니다.
평균 구조 주변의 고조파 데카르트 진동. 고유 벡터는
일반적으로 질량 가중되지만 비가중 고유 벡터를 사용하여 생성할 수 있습니다.
직교 운동. 출력 프레임은 전체를 포괄하는 궤적 파일로 기록됩니다.
기간, 첫 번째 프레임은 평균 구조입니다. 궤적을 (또는
변환) PDB 형식으로 PyMol에서 직접 볼 수 있으며 사실적인 렌더링도 가능합니다.
영화. 동작 진폭은 고유값과 미리 설정된 온도로부터 계산되며,
모든 모드에 걸쳐 에너지의 등분할을 가정합니다. 모션을 명확하게 볼 수 있도록
비현실적으로 높은 온도를 설정하여 PyMol을 증폭할 수 있습니다.
그러나 선형 데카르트 변위와 질량 가중 모두
높은 진폭에 대한 심각한 구조 변형을 초래합니다. 이것은 단순히 제한 사항입니다.
데카르트 정규 모드 모델의 기본적으로 선택된 고유 벡터는 7로 설정됩니다.
처음 XNUMX개의 법선 모드는 병진 및 회전 자유도입니다.
옵션
입력 파일을 지정하는 옵션:
-s [<.tpr/.gro/...>] (토폴.tpr)
구조+질량(db): tpr 그루터기 g96 pdb 브르크 엔트
-v [<.trr/.cpt/...>] (eigenvec.trr)
완전 정밀 탄도: trr CPT TNG
출력 파일을 지정하는 옵션:
-o [<.xtc/.trr/...>] (nmtraj.xtc)
궤적: xtc trr 그루터기 g96 pdb TNG
기타 옵션 :
-eignr (7)
사용할 고유 벡터 문자열(첫 번째는 1)
-단계 (0.0)
위상 문자열(기본값은 0.0)
-온도 (300)
온도 (K)
-진폭 (0.25)
고유값<=0인 모드의 진폭
-nframes (30)
생성할 프레임 수
onworks.net 서비스를 사용하여 gmx-nmtraj 온라인 사용
