이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공자에서 실행할 수 있는 명령 gmx-polystat입니다.
프로그램:
이름
gmx-polystat - 폴리머의 정적 특성 계산
개요
gmx 폴리스타트 [-s [<.tpr>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-v [<.xvg>]] [-p [<.xvg>]] [-i [<.xvg>]]
[-b ] [-e ] [-dt ] [-뚜 ]
[-[지금] [-xvg ] [-[아니오]mw] [-[없음]pc]
기술
gmx 폴리스타트 시간의 함수로 폴리머의 정적 속성을 표시하고 인쇄합니다.
평균.
기본적으로 평균 종단간 거리와 회전 반경을 결정합니다.
폴리머입니다. 인덱스 그룹을 요청하고 이를 분자로 나눕니다. 엔드 투 엔드
그런 다음 거리는 각 인덱스 그룹의 첫 번째 원자와 마지막 원자를 사용하여 결정됩니다.
분자. 회전 반경의 경우 전체 및 세 가지 주요 구성 요소는 다음과 같습니다.
평균 회전 텐서가 작성됩니다. 옵션과 함께 -v 고유벡터가 쓰여집니다.
옵션을 -pc 또한 개별 회전 텐서의 평균 고유값은 다음과 같습니다.
작성됨. 옵션 포함 -i 평균 제곱 내부 거리가 기록됩니다.
옵션을 -p 지속 길이가 결정됩니다. 선택한 인덱스 그룹은
폴리머 주쇄에 연속적으로 결합된 원자로 구성됩니다. 지속성
길이는 인덱스를 갖는 결합 사이의 각도의 코사인으로부터 결정됩니다.
차이가 짝수이면 홀수 쌍은 사용되지 않습니다. 왜냐하면 직선 폴리머 백본이기 때문입니다.
일반적으로 모두 trans이므로 두 번째 결합만 정렬됩니다. 지속성 길이
평균 cos 값이 1/e에 도달하는 결합의 수로 정의됩니다. 이 지점은
log(의 선형 보간으로 결정됨 ).
옵션
입력 파일을 지정하는 옵션:
-s [<.tpr>] (토폴.tpr)
휴대용 xdr 실행 입력 파일
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
궤적: xtc trr CPT 그루터기 g96 pdb TNG
-n [<.ndx>] (인덱스.ndx) (선택 사항)
색인 파일
출력 파일을 지정하는 옵션:
-o [<.xvg>] (polystat.xvg)
xvgr/xmgr 파일
-v [<.xvg>] (폴리벡.xvg) (선택 사항)
xvgr/xmgr 파일
-p [<.xvg>] (지속.xvg) (선택 사항)
xvgr/xmgr 파일
-i [<.xvg>] (intdist.xvg) (선택 사항)
xvgr/xmgr 파일
기타 옵션 :
-b (0)
궤적에서 읽을 첫 번째 프레임(ps)
-e (0)
궤적에서 읽을 마지막 프레임(ps)
-dt (0)
t MOD dt = 처음(ps)일 때만 프레임 사용
-뚜 (추신)
시간 값의 단위: fs, ps, ns, us, ms, s
-[지금 (아니)
출력 보기 .xvg, .xpm, .주당 순 이익 그리고 .pdb 파일
-xvg
xvg 플롯 형식: xmgrace, xmgr, 없음
-[아니오]mw (예)
회전 반경에 대한 질량 가중치를 사용하세요
-[없음]pc (아니)
평균 고유값 플롯
onworks.net 서비스를 사용하여 gmx-polystat을 온라인으로 사용하세요
