이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 공급자에서 실행할 수 있는 gmx-polystat 명령입니다.
프로그램:
이름
gmx-polystat - 폴리머의 정적 특성 계산
개요
gmx 폴리스타트 [-s [<.tpr>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-v [<.xvg>]] [-p [<.xvg>]] [-i [<.xvg>]]
[-b ] [-e ] [-dt ] [-뚜 ]
[-[지금] [-xvg ] [-[아니오]mw] [-[아니요]pc]
기술
gmx 폴리스타트 폴리머의 정적 특성을 시간의 함수로 플롯하고 다음을 인쇄합니다.
평균.
기본적으로 평균 종단 간 거리와 회전 반경을 결정합니다.
폴리머. 인덱스 그룹을 요청하고 이것을 분자로 나눕니다. 엔드투엔드
그런 다음 각 인덱스 그룹의 첫 번째 원자와 마지막 원자를 사용하여 거리를 결정합니다.
분자. 회전 반경의 경우 총계와 세 가지 주성분
평균 회전 텐서가 기록됩니다. 옵션으로 -v 고유 벡터가 기록됩니다.
옵션을 -pc 또한 개별 회전 텐서의 평균 고유값은 다음과 같습니다.
쓴. 옵션으로 -i 평균 제곱 내부 거리가 기록됩니다.
옵션을 -p 지속 길이가 결정됩니다. 선택한 인덱스 그룹은
폴리머 주쇄에 연속적으로 결합된 원자로 구성됩니다. 끈기
길이는 지수가 있는 결합 사이의 각도의 코사인에서 결정됩니다.
차이가 짝수인 경우 홀수 쌍은 사용되지 않습니다.
일반적으로 모두 트랜스이므로 모든 두 번째 결합만 정렬됩니다. 지속 길이
평균 cos가 1/e 값에 도달하는 채권의 수로 정의됩니다. 이 점은
log(의 선형 보간에 의해 결정됨) ).
옵션
입력 파일을 지정하는 옵션:
-s [<.tpr>] (토폴.tpr)
휴대용 xdr 실행 입력 파일
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
궤적: xtc trr CPT 그루터기 g96 pdb TNG
-n [<.ndx>] (인덱스.ndx) (선택 사항)
색인 파일
출력 파일을 지정하는 옵션:
-o [<.xvg>] (polystat.xvg)
xvgr/xmgr 파일
-v [<.xvg>] (폴리벡.xvg) (선택 사항)
xvgr/xmgr 파일
-p [<.xvg>] (지속.xvg) (선택 사항)
xvgr/xmgr 파일
-i [<.xvg>] (intdist.xvg) (선택 사항)
xvgr/xmgr 파일
기타 옵션 :
-b (0)
궤적에서 읽을 첫 번째 프레임(ps)
-e (0)
궤적에서 읽을 마지막 프레임(ps)
-dt (0)
t MOD dt = 처음(ps)일 때만 프레임 사용
-뚜 (추신)
시간 값의 단위: fs, ps, ns, us, ms, s
-[지금 (아니)
출력 보기 .xvg, .xpm, .주당 순 이익 및 .pdb 파일
-xvg
xvg 플롯 형식: xmgrace, xmgr, 없음
-[아니오]mw (예)
회전 반경에 대한 질량 가중치 사용
-[아니요]pc (아니)
평균 고유값 플로팅
onworks.net 서비스를 사용하여 gmx-polystat 온라인 사용
