Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 공급자에서 실행할 수 있는 gmx-rama 명령입니다.
프로그램:
이름
gmx-rama - Ramachandran 플롯 계산
개요
gmx 라마 [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]] [-o [<.xvg>]] [-b ]
[-e ] [-dt ] [-[지금] [-xvg ]
기술
gmx 라마 토폴로지 파일에서 phi/psi XNUMX면체 조합을 선택하고 계산합니다.
이것들은 시간의 함수입니다. 다음과 같은 간단한 Unix 도구 사용 GREP 당신은 밖으로 선택할 수 있습니다
특정 잔류물.
옵션
입력 파일을 지정하는 옵션:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
궤적: xtc trr CPT 그루터기 g96 pdb TNG
-s [<.tpr>] (토폴.tpr)
휴대용 xdr 실행 입력 파일
출력 파일을 지정하는 옵션:
-o [<.xvg>] (라마.xvg)
xvgr/xmgr 파일
기타 옵션 :
-b (0)
궤적에서 읽을 첫 번째 프레임(ps)
-e (0)
궤적에서 읽을 마지막 프레임(ps)
-dt (0)
t MOD dt = 처음(ps)일 때만 프레임 사용
-[지금 (아니)
출력 보기 .xvg, .xpm, .주당 순 이익 그리고 .pdb 파일
-xvg
xvg 플롯 형식: xmgrace, xmgr, 없음
onworks.net 서비스를 사용하여 gmx-rama 온라인 사용
