gmx-rmsdist - 클라우드에서의 온라인

프로그램:

이름

gmx-rmsdist - -2, -3 또는 -6 거듭제곱으로 평균 원자 쌍 거리를 계산합니다.

개요

gmx rmsdist [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-equiv [<.dat>]] [-o [<.xvg>]] [-RMS [<.xpm>]]
[-scl [<.xpm>]] [-평균 [<.xpm>]] [-nmr3 [<.xpm>]]
[-nmr6 [<.xpm>]] [-안돼 [<.dat>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[지금] [-xvg ] [-n레벨 ]
[-최대 ] [-[아니요]음] [-[아니오]pbc]

기술

gmx rmsdist 원자 거리의 제곱 평균 제곱근 편차를 계산합니다.
다음과 같이 계산된 표준 RMS 편차와 같이 맞춤이 필요하지 않다는 장점이 있습니다. gmx RMS.
참조 구조는 구조 파일에서 가져옵니다. 시간 t에서의 RMSD는 다음과 같습니다.
참조에서 원자 쌍 사이의 거리 차이의 RMS로 계산됩니다.
구조와 시간 t의 구조.

gmx rmsdist 또한 rms 거리의 행렬을 생성할 수 있습니다.
평균 거리, 평균 거리 및 NMR 평균 거리(1/r^3 및
1/r^6 평균). 마지막으로 평균 거리가 1/r^3 및 1/r^6인 원자 쌍 목록
최대 거리(-최대, 이 경우 기본값은 0.6입니다)
기본적으로 등가 수소에 대한 평균을 계산하여 생성됩니다(모든 수소 삼중항은
*[123]). 추가적으로 등가 원자 목록이 제공될 수 있습니다(-equiv), 각 라인
잔기 번호와 이름 및 원자 이름으로 지정된 등가 원자 세트를 포함합니다.
예 :

HB* 3 SER HB1 3 SER HB2

잔기 및 원자 이름은 대소문자를 포함하여 구조 파일의 이름과 정확히 일치해야 합니다.
비순차적 원자를 지정하는 것은 정의되지 않습니다.

옵션

입력 파일을 지정하는 옵션:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
궤적: xtc trr CPT 그루터기 g96 pdb TNG

-s [<.tpr/.gro/...>] (토폴.tpr)
구조+질량(db): tpr 그루터기 g96 pdb 브르크 엔트

-n [<.ndx>] (인덱스.ndx) (선택 사항)
색인 파일

-equiv [<.dat>] (equiv.dat) (선택 사항)
일반 데이터 파일

출력 파일을 지정하는 옵션:

-o [<.xvg>] (distrmsd.xvg)
xvgr/xmgr 파일

-RMS [<.xpm>] (rmsdist.xpm) (선택 사항)
X PixMap 호환 매트릭스 파일

-scl [<.xpm>] (rmsscale.xpm) (선택 사항)
X PixMap 호환 매트릭스 파일

-평균 [<.xpm>] (rmsmean.xpm) (선택 사항)
X PixMap 호환 매트릭스 파일

-nmr3 [<.xpm>] (nmr3.xpm) (선택 사항)
X PixMap 호환 매트릭스 파일

-nmr6 [<.xpm>] (nmr6.xpm) (선택 사항)
X PixMap 호환 매트릭스 파일

-안돼 [<.dat>] (noe.dat) (선택 사항)
일반 데이터 파일

기타 옵션 :

-b (0)
궤적에서 읽을 첫 번째 프레임(ps)

-e (0)
궤적에서 읽을 마지막 프레임(ps)

-dt (0)
t MOD dt = 처음(ps)일 때만 프레임 사용

-[지금 (아니)
출력 보기 .xvg, .xpm, .주당 순 이익 와 .pdb 파일

-xvg
xvg 플롯 형식: xmgrace, xmgr, 없음

-n레벨 (40)
이 수준 수로 RMS를 이산화합니다.

-최대 (-1)
매트릭스의 최대 수준

-[아니요]음 (예)
동등한 수소에 대한 평균 거리

-[아니오]pbc (예)
거리를 계산할 때 주기적인 경계 조건을 사용하세요.

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