gmx-rmsf - 클라우드 온라인

프로그램:

이름

gmx-rmsf - 원자 변동 계산

개요

gmx rmsf [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-q [<.pdb>]] [-oq [<.pdb>]] [-황소 [<.pdb>]] [-o [<.xvg>]]
[-od [<.xvg>]] [-oc [<.xvg>]] [-디렉토리 [<.로그>]] [-b ]
[-e ] [-dt ] [-[지금] [-xvg ] [-[아니요]res]
[-아니소] [-[아니]맞다]

기술

gmx rmsf 의 제곱 평균 제곱 변동(RMSF, 즉 표준 편차)을 계산합니다.
궤적의 원자 위치(제공됨) -f) (선택 사항) 피팅 후
참조 프레임(제공됨 -s).

옵션을 -oq RMSF 값은 B-요인 값으로 변환되어
.pdb 좌표가 있는 파일, 구조 파일 또는 .pdb 언제 파일 -q is
지정된. 옵션 -황소 평균 좌표가 있는 파일에 B-요인을 기록합니다.

옵션으로 -od 참조 구조에 대한 평균 제곱근 편차
계산됩니다.

옵션으로 -아니소, gmx rmsf 이방성 온도 계수를 계산한 다음
또한 평균 좌표와 a를 출력합니다. .pdb ANISO 레코드가 있는 파일(에 해당)
전에, -oq or -황소 옵션). U 값은 방향에 따라 달라지므로 이전에
실험 데이터와 비교하여 실험에 적합한지 확인해야 합니다.
좌표.

때 .pdb 입력 파일이 프로그램에 전달되고 -아니소 플래그는 상관 관계로 설정됩니다.
이방성 온도 요인이 있는 경우 Uij의 플롯이 생성됩니다.
.pdb 파일.

옵션을 -디렉토리 평균 MSF(3x3) 행렬이 대각선화됩니다. 이것은 방향을 보여줍니다
원자가 가장 많이 그리고 가장 적게 변동하는 곳.

옵션

입력 파일을 지정하는 옵션:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
궤적: xtc trr CPT 그루터기 g96 pdb TNG

-s [<.tpr/.gro/...>] (토폴.tpr)
구조+질량(db): tpr 그루터기 g96 pdb 브르크 엔트

-n [<.ndx>] (인덱스.ndx) (선택 사항)
색인 파일

-q [<.pdb>] (eiwit.pdb) (선택 사항)
단백질 데이터 뱅크 파일

출력 파일을 지정하는 옵션:

-oq [<.pdb>] (bfac.pdb) (선택 사항)
단백질 데이터 뱅크 파일

-황소 [<.pdb>] (xaver.pdb) (선택 사항)
단백질 데이터 뱅크 파일

-o [<.xvg>] (rmsf.xvg)
xvgr/xmgr 파일

-od [<.xvg>] (rmsdev.xvg) (선택 사항)
xvgr/xmgr 파일

-oc [<.xvg>] (correl.xvg) (선택 사항)
xvgr/xmgr 파일

-디렉토리 [<.로그>] (rmsf.log) (선택 사항)
로그 파일

기타 옵션 :

-b (0)
궤적에서 읽을 첫 번째 프레임(ps)

-e (0)
궤적에서 읽을 마지막 프레임(ps)

-dt (0)
t MOD dt = 처음(ps)일 때만 프레임 사용

-[지금 (아니)
출력 보기 .xvg, .xpm, .주당 순 이익 과 .pdb 파일

-xvg
xvg 플롯 형식: xmgrace, xmgr, 없음

-[아니요]res (아니)
각 잔류물에 대한 평균 계산

-아니소 (아니)
이방성 온도 계수 계산

-[아니]맞다 (예)
RMSF를 계산하기 전에 최소 제곱 중첩을 수행하십시오. 이것 없이는 당신이 만들어야합니다
참조 구조와 궤도가 일치하는지 확인하십시오.

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