gmx-rotacf - 클라우드 온라인

프로그램:

이름

gmx-rotacf - 분자의 회전 상관 함수 계산

개요

gmx 로타프 [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-dt ]
[-[지금] [-xvg ] [-[목례] [-[아니]아버]
[-아플렌 ] [-[아니오]정규화] [-P ]
[-fitfn ] [-시작하다 ] [-완성 ]

기술

gmx 로타프 분자에 대한 회전 상관 함수를 계산합니다. 원자 삼중 항
(i,j,k)는 두 개의 벡터 ij 및 jk를 정의하는 인덱스 파일에 제공되어야 합니다. 회전
ACF는 벡터 n = ij x jk의 자기 상관 함수로 계산됩니다.
두 벡터의 외적. 세 개의 원자가 한 평면에 걸쳐 있기 때문에 세 원자의 순서는
원자는 중요하지 않습니다. 선택적으로 -d 스위치, 당신은 계산할 수 있습니다
에서 원자 쌍(i,j)을 지정하여 선형 분자에 대한 회전 상관 함수
인덱스 파일.

사용 예

gmx 로타프 -P 1 -nparm 2 -fft -n 색인 -o rotacf-x-P1 -파 expfit-x-P1 -시작하다 2.5
-완성 20.0

이것은 XNUMX차 Legendre를 사용하여 회전 상관 함수를 계산합니다.
인덱스 파일에 의해 정의된 벡터 각도의 다항식. 상관 함수
2.5ps에서 20.0ps까지 XNUMX개의 매개변수 지수에 맞춰집니다.

옵션

입력 파일을 지정하는 옵션:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
궤적: xtc trr CPT 그루터기 g96 pdb TNG

-s [<.tpr>] (토폴.tpr)
휴대용 xdr 실행 입력 파일

-n [<.ndx>] (인덱스.ndx)
색인 파일

출력 파일을 지정하는 옵션:

-o [<.xvg>] (rotacf.xvg)
xvgr/xmgr 파일

기타 옵션 :

-b (0)
궤적에서 읽을 첫 번째 프레임(ps)

-e (0)
궤적에서 읽을 마지막 프레임(ps)

-dt (0)
t MOD dt = 처음(ps)일 때만 프레임 사용

-[지금 (아니)
출력 보기 .xvg, .xpm, .주당 순 이익 과 .pdb 파일

-xvg
xvg 플롯 형식: xmgrace, xmgr, 없음

-[목례 (아니)
삼중 항(평면) 대신 상관 함수에 인덱스 이중 항(벡터) 사용

-[아니]아버 (예)
분자에 대한 평균

-아플렌 (-1)
ACF의 길이, 기본값은 프레임 수의 절반입니다.

-[아니오]정규화 (예)
ACF 정규화

-P (0)
ACF에 대한 르장드르 다항식 차수(0은 없음을 나타냄): 0, 1, 2, 3

-fitfn (없음)
맞춤 기능: 없음, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

-시작하다 (0)
상관 함수의 지수 맞춤을 시작할 시간

-완성 (-1)
상관 함수의 지수 피팅을 종료하는 시간, -1은 다음까지입니다.
end

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