이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공자에서 실행할 수 있는 gmx-sasa 명령입니다.
프로그램:
이름
gmx-sasa - 용매 접근 가능 표면적 계산
개요
gmx 사사 [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-오지 [<.xvg>]] [또는 [<.xvg>]] [-오아 [<.xvg>]]
[-TV [<.xvg>]] [-q [<.pdb>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-뚜 ] [-xvg ] [-[아니오]rmpbc]
[-[아니오]pbc] [-sf ] [-셀포스 ] [-조사 ]
[-앤도츠 ] [-[no]보호] [-dgs ]
[-표면 ] [-산출 ]
기술
gmx 사사 용매 접근 가능 표면적을 계산합니다. Eisenhaber F, Lijnzaad P, Argos 참조
사용된 알고리즘에 대해서는 P, Sander C, & Scharf M(1995) J. Comput. Chem. 16, 273-284를 참조하십시오.
-q, Connolly 표면도 다음과 같이 생성될 수 있습니다. .pdb 노드가 있는 파일
원자로 표현되고 가장 가까운 노드를 연결하는 에지는 CONECT 레코드로 표현됩니다. -오지
원자당 용매화 에너지로부터 용매화 자유 에너지를 추정할 수 있습니다.
노출된 표면적.
프로그램에서는 표면 계산을 지정하기 위한 선택이 필요합니다.
-표면. 이것은 항상 시스템의 모든 비용매 원자로 구성되어야 합니다.
이 그룹은 항상 계산됩니다. 선택적으로 -산출 추가 선택 사항을 지정할 수 있습니다.
이는 계산 그룹의 하위 집합이어야 합니다. 이러한 용매 접근 가능 영역은
그룹은 전체 표면에서도 추출됩니다.
궤적 위의 면적의 평균 및 표준 편차는 다음과 같이 계산할 수 있습니다.
잔류물과 원자(옵션) 또는 그리고 -오아).
와 더불어 -TV 옵션을 사용하면 분자의 총 부피와 밀도를 계산할 수 있습니다.
-pbc (기본값) 분자/표면 그룹이 분할되지 않았는지 확인해야 합니다.
PBC. 그렇지 않으면 말도 안 되는 결과가 나올 것입니다. 또한 다음을 고려해 보세요.
이 경우에는 일반적인 프로브 반경이 적절하거나 0을 사용하는 것이 더 적절합니다.
부피와 밀도에 대한 결과는 매우 대략적이라는 점을 명심하는 것이 좋습니다.
예를 들어, 얼음 Ih에서는 물 분자를 모공에 쉽게 끼워 넣을 수 있습니다.
부피가 너무 낮고, 표면적과 밀도가 모두 너무 높습니다.
옵션
입력 파일을 지정하는 옵션:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (선택 사항)
입력 궤적 또는 단일 구성: xtc trr CPT 그루터기 g96 pdb TNG
-s [<.tpr/.gro/...>] (토폴.tpr) (선택 사항)
입력 구조: tpr 그루터기 g96 pdb 브르크 엔트
-n [<.ndx>] (인덱스.ndx) (선택 사항)
추가 인덱스 그룹
출력 파일을 지정하는 옵션:
-o [<.xvg>] (면적.xvg)
시간에 따른 총 면적
-오지 [<.xvg>] (dgsolv.xvg) (선택 사항)
시간의 함수로서 추정된 용매화 자유 에너지
또는 [<.xvg>] (리사레아.xvg) (선택 사항)
잔류물 당 평균 면적
-오아 [<.xvg>] (atomarea.xvg) (선택 사항)
원자당 평균 면적
-TV [<.xvg>] (volume.xvg) (선택 사항)
시간에 따른 총 부피와 밀도
-q [<.pdb>] (코놀리.pdb) (선택 사항)
Connolly 표면용 PDB 파일
기타 옵션 :
-b (0)
궤적에서 읽을 첫 번째 프레임(ps)
-e (0)
궤적에서 읽을 마지막 프레임(ps)
-dt (0)
t MOD dt == 처음(ps)인 경우에만 프레임 사용
-뚜 (추신)
시간 값의 단위: fs, ps, ns, us, ms, s
-xvg (xmgrace)
플롯 형식: 없음, xmgrace, xmgr
-[아니오]rmpbc (예)
각 프레임에 대해 분자 전체를 만듭니다.
-[아니오]pbc (예)
거리 계산을 위한 주기 경계 조건 사용
-sf
파일에서 선택 제공
-셀포스 (원자)
선택 기준 위치: atom, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
Whole_res_com, Whole_res_cog, Whole_mol_com, Whole_mol_cog, part_res_com,
part_res_cog, part_mol_com, part_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com,
dyn_mol_cog
-조사 (0.14)
용매 프로브의 반경(nm)
-앤도츠 (24)
구당 점의 수, 점이 많을수록 정확도가 높아집니다.
-[no]보호 (예)
단백질을 Connolly에 출력합니다. .pdb 파일도
-dgs (0)
면적당 용매화 자유 에너지의 기본값(kJ/mol/nm^2)
-표면
표면 계산 선택
-산출
출력 선택
onworks.net 서비스를 사용하여 gmx-sasa를 온라인으로 사용하세요
