이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공업체에서 실행할 수 있는 gmx-sorient 명령입니다.
프로그램:
이름
gmx-sorient - 용질 주변의 용매 방향을 분석합니다.
개요
gmx 소리엔트 [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-아니 [<.xvg>]] [-로 [<.xvg>]]
[-코 [<.xvg>]] [-rc [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[지금] [-xvg ] [-[아니오]com] [-[아니요]v23]
[-rmin ] [-rmax ] [-cbin ]
[-rbin ] [-[아니오]pbc]
기술
gmx 방향 용질 주변의 용매 방향을 분석합니다. 두 각도 사이의 각도를 계산합니다.
하나 이상의 참조 위치에서 각 용매의 첫 번째 원자까지의 벡터
분자:
· theta_1: 용매 분자의 첫 번째 원자부터 벡터까지의 각도
원자 2와 3 사이의 중간점.
· theta_2: 용매 평면의 법선과의 각도, 동일한 XNUMX개로 정의됨
원자 또는 옵션이 있는 경우 -v23 원자 2와 XNUMX 사이의 벡터와의 각도가 설정됩니다.
3.
기준은 원자 세트 또는 원자 세트의 질량 중심일 수 있습니다. 그룹
용매 원자는 용매 분자당 3개의 원자로 구성되어야 합니다. 용매 분자만
사이에 -rmin 와 -rmax 고려된다 -o 와 -아니 각 프레임.
-o: rmin<=r<=rmax에 대한 cos(theta_1)의 분포.
-아니: rmin<=r<=rmax에 대한 cos(theta_2)의 분포.
-로: 그리고 <1cos(^3theta_2)-2>을 거리의 함수로 표현합니다.
-코: cos(theta_1)의 거리 r 내에 있는 모든 용매 분자에 대한 합
3cos(^2(theta_2)-1)를 r의 함수로 표현합니다.
-rc: r의 함수에 따른 용매 분자의 분포
옵션
입력 파일을 지정하는 옵션:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
궤적: xtc trr CPT 그루터기 g96 pdb TNG
-s [<.tpr/.gro/...>] (토폴.tpr)
구조+질량(db): tpr 그루터기 g96 pdb 브르크 엔트
-n [<.ndx>] (인덱스.ndx) (선택 사항)
색인 파일
출력 파일을 지정하는 옵션:
-o [<.xvg>] (소리.xvg)
xvgr/xmgr 파일
-아니 [<.xvg>] (snor.xvg)
xvgr/xmgr 파일
-로 [<.xvg>] (sord.xvg)
xvgr/xmgr 파일
-코 [<.xvg>] (쓰레기.xvg)
xvgr/xmgr 파일
-rc [<.xvg>] (카운트.xvg)
xvgr/xmgr 파일
기타 옵션 :
-b (0)
궤적에서 읽을 첫 번째 프레임(ps)
-e (0)
궤적에서 읽을 마지막 프레임(ps)
-dt (0)
t MOD dt = 처음(ps)일 때만 프레임 사용
-[지금 (아니)
출력 보기 .xvg, .xpm, .주당 순 이익 와 .pdb 파일
-xvg
xvg 플롯 형식: xmgrace, xmgr, 없음
-[아니오]com (아니)
질량 중심을 기준 위치로 사용
-[아니요]v23 (아니)
원자 2와 3 사이의 벡터를 사용하십시오.
-rmin (0)
최소거리(nm)
-rmax (0.5)
최대 거리(nm)
-cbin (0.02)
코사인의 Binwidth
-rbin (0.02)
r에 대한 Binwidth(nm)
-[아니오]pbc (아니)
질량 중심 계산은 PBC를 확인하세요. 참조할 때만 필요합니다.
그룹은 여러 분자로 구성됩니다.
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