go2fmtp - 클라우드에서의 온라인

프로그램:

이름

go2fmt, go2obo_xml, go2owl, go2rdf_xml, go2obo_text - 변환 도구 및 해당 래퍼

개요

go2fmt.pl -w obo_xml -e errlog.xml 온톨로지/*.ontology
go2fmt.pl -w obo_xml -e errlog.xml 온톨로지/gene_ontology.obo

기술

모든 GO/OBO 스타일 온톨로지 파일을 구문 분석하고 다른 형식으로 작성합니다.

인수
-e 오류 파일

XML에 구문 분석 오류를 씁니다. 기본값은 STDERR입니다(잘에는 구문 분석 오류가 없어야 합니다.
형성된 파일)

-p FORMAT

사용할 파서를 결정합니다. 지정하지 않으면 파일을 기반으로 추측합니다.
접미사. 형식은 아래 참조

-w|작가 FORMAT

출력 형식 - 목록은 아래 참조

-|xslt XSLT

XSLT 변환의 이름 또는 파일 이름

이것은 파일 시스템의 아무 곳에서나 파일에 대한 절대 경로이거나
xslt의 이름이어야 합니다. 예

go2fmt.pl -xslt oboxm_to_owl go.obo

이름이 지정되면 먼저 $GO_ROOT/xml/xsl/*.xsl이 검색됩니다. 만약
GO_ROOT가 설정되지 않은 경우 GO가 설치된 펄 모듈 디렉토리가 검색됩니다(
일반 설치 프로세스를 따르면 xslt가 여기에 자동으로 설치됩니다.)

-use_cache
이 스위치가 지정되면 캐싱 모드가 켜집니다.

캐싱 모드를 사용하면 파일을 처음 구문 분석할 때 추가 파일이
구문 분석이 빠른 특수 형식으로 내보냅니다. 이 파일은 동일한 파일 이름을 갖습니다
".cache" 접미사가 있는 것을 제외하고 원본 파일로.

다음에 파일을 구문 분석할 때 이 프로그램은 자동으로 존재 여부를 확인합니다.
".cache" 파일의. 파일이 존재하고 지정한 파일보다 최신인 경우 이
대신 구문 분석됩니다. 존재하지 않으면 다시 작성됩니다.

이것은 b에 대한 속도 향상을 가져올 것입니다 아래 출력 형식(예:
경로 목록). 대부분의 출력 형식은 이벤트 기반 구문 분석과 함께 작동하므로 객체를 캐싱하면
이점이 없으며 실제로 캐시를 우회하는 것보다 느립니다.

형식
쓰기 가능한 형식은

계속해
접미사가 ".ontology"인 파일

온톨로지 DAG를 저장합니다.

go_def
접미사가 ".defs"인 파일

go_xref
GO 용어에 대한 외부 데이터베이스 참조

접미사가 "2go"인 파일(예: ec2go, metacyc2go)

go_assoc
GO를 사용한 유전자 또는 유전자 산물의 주석

접두사가 "gene-association"인 파일.

obo_text
접미사가 ".obo"인 파일

이것은 기존 GO 플랫 파일 형식을 대체하는 새로운 파일 형식입니다. 그것
온톨로지, 정의 및 외부 참조를 처리합니다(연결은 아님).

obo_xml
접미사가 ".obo.xml" 또는 ".obo-xml"인 파일

위의 OBO 플랫 파일 형식의 XML 버전입니다.

프롤로그
프롤로그 사실 - 이것을 사용하려면 프롤로그 컴파일러/인터프리터가 필요합니다. 당신은 할 수 있습니다
이러한 사실에 대해 Obol 또는 다가오는 Bio-LP 프로젝트를 사용하여 추론

tbl 단순(손실) 표 표현

개요
온톨로지 파일과 연관 파일 모두에 사용할 수 있습니다.

경로 목록
루트에 대한 모든 경로를 보여줍니다.

올빼미 올빼미 형식(기본값: OWL-DL)

OWL은 온톨로지를 위한 W3C 표준 형식입니다.

이것을 실행하려면 전체 go-dev 배포판의 XSL 파일이 필요합니다. XML 참조
섹션http://www.godatabase.org/dev>

obj_yaml
GO::Model::Graph 객체의 YAML 표현

obj_storable
perl GO::Model::Graph 객체의 덤프. 이를 위해 CPAN에서 저장 가능해야 합니다.
일하다. 이것은 빠른 액세스를 위해 파일 시스템에 개체를 캐시하기 위한 것입니다. NS
obj_storable 표현은 이식 가능하지 않을 수 있습니다.

text_html
html로 변환된 OBO 출력 형식

godb_prestore
GODB 관계형 스키마에 직접 매핑되는 XML(다음을 사용하여 로드할 수 있음)
Stag-storenode.pl)

chadodb_prestore
Chado 관계형 스키마에 직접 매핑되는 XML(그런 다음 다음을 사용하여 로드할 수 있습니다.
Stag-storenode.pl)

사용 설명서
<http://www.godatabase.org/dev>

onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 go2fmtp를 사용하세요.