이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공업체에서 실행할 수 있는 hmm2calibrate 명령입니다.
프로그램:
이름
hmm2calibrate - HMM 검색 통계 교정
개요
흠2보정 [옵션] 흠 파일
기술
흠2보정 에서 HMM 파일을 읽습니다. 흠파일, 다수의 합성된 무작위 점수를 얻습니다.
이를 사용하여 극단값 분포(EVD)를 해당 히스토그램에 맞춥니다.
점수를 매기고 다시 저장합니다. 흠 파일 이제 EVD 매개변수가 포함됩니다.
흠2보정 실행하는 데 몇 분(또는 그 이상)이 걸릴 수 있습니다. 실행되는 동안,
임시 파일이 호출되었습니다. 흠파일.xxx 작업 디렉터리에 생성됩니다. 중단하는 경우
흠2보정 조기에(예: Ctrl-C) 원본 흠 파일 손대지 않을 것이다,
그리고 당신은 삭제해야 흠파일.xxx 임시 파일.
옵션
-h 간단한 도움말 인쇄 다음을 포함한 모든 옵션의 버전 번호 및 요약이 포함됩니다.
전문가 옵션.
전문가 옵션
--cpu
프로그램이 실행될 최대 CPU 수를 설정합니다. 기본값은 다음을 사용하는 것입니다.
머신의 모든 CPU. HMMER_NCPU 환경 변수를 재정의합니다. 오직
스레드 버전의 HMMER(대부분 시스템의 기본값)에 영향을 미칩니다.
--결정된
무작위 시퀀스의 길이를 다음과 같이 고정합니다. , 어디에 긍정적이다(그리고
적당한 크기) 정수. 대신 기본값은 다음을 사용하여 시퀀스를 생성하는 것입니다.
가우스(정규) 분포에 의해 제어되는 다양한 길이.
--hist파일
점수와 피팅된 이론 곡선의 히스토그램을 파일에 저장 .
--평균
합성 시퀀스의 평균 길이를 다음으로 설정합니다. , 어디에 긍정적인 현실이다
숫자. 기본값은 350입니다.
--숫자
합성 시퀀스 수를 다음으로 설정합니다. , 어디에 양의 정수입니다. 만약에
is 적게 보다 about 1000, 전에, 맞게 에 전에, EVD ５월 실패. 더 많은 수의
더 잘 결정된 EVD 매개변수를 제공합니다. 기본값은 5000입니다. 경험적으로 그랬다
정확도와 계산 시간 간의 균형을 위해 선택되었습니다.
--pvm PVM(병렬 가상 머신)에서 실행합니다. PVM이 이미 실행 중이어야 합니다. 그만큼
클라이언트 프로그램 hmm2보정-pvm 모든 PVM 노드에 설치해야 합니다. 선택 과목
PVM 지원은 HMMER로 컴파일되어야 합니다.
--sd
합성 시퀀스 길이 분포의 표준 편차를 다음과 같이 설정합니다. ,
어디에 양의 실수입니다. 기본값은 350입니다. 가우스는
길이가 <= 0인 시퀀스가 없도록 왼쪽이 잘립니다.
--씨앗
랜덤 시드를 다음으로 설정 , 어디에 양의 정수입니다. 기본값은 다음을 사용하는 것입니다.
시각() 각 실행마다 다른 시드를 생성합니다. 즉, 두 개의 서로 다른 시드를 생성합니다.
실행 흠2보정 동일한 HMM에서는 약간 다른 결과가 나타납니다. 너
이 옵션을 사용하여 다양한 경우에 대해 재현 가능한 결과를 생성할 수 있습니다. 흠2보정
동일한 HMM에서 실행됩니다.
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 hmm2calibrate를 사용하세요.
