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프로그램:

이름

hmmemit - 프로필 HMM의 샘플 시퀀스

개요

흠흠 [옵션] 흠 파일

기술

XNUMXD덴탈의 흠흠 프로그램은 HMM 프로파일로부터 시퀀스를 샘플(방출)합니다. 흠 파일및
출력에 씁니다. 샘플링 시퀀스는 다양한 목적에 유용할 수 있습니다.
벤치마크 또는 테스트를 위한 합성 참양성 생성을 포함합니다.

기본값은 핵심 확률 모델에서 정렬되지 않은 시퀀스 하나를 샘플링하는 것입니다.
이는 각 시퀀스가 ​​하나의 전체 길이 도메인으로 구성됨을 의미합니다. 또는 -c
옵션에서는 간단한 다수결 합의 시퀀스를 내보낼 수 있습니다. 또는 -a 옵션, 당신
정렬을 내보낼 수 있습니다(이 경우에는 아마도 -N 다른 것으로
모델당 1개 시퀀스의 기본값보다).

또 다른 옵션으로는 -p 옵션을 사용하면 완전히 구성된 시퀀스에서 시퀀스를 샘플링할 수 있습니다.
HMMER 검색 프로필. 이는 HMMER의 정의에 따라 '상동 서열'을 샘플링하는 것을 의미하며,
비상동적 측면 서열, 국소 정렬 및 다중 도메인을 포함합니다.
프로필에 대해 선택한 길이 모델 및 정렬 모드에 따라 순서가 달라집니다.

XNUMXD덴탈의 흠 파일 HMM 라이브러리가 포함될 수 있으며, 이 경우 각 HMM이 차례로 사용됩니다.

'-'(대시)일 수 있으며, 이는 다음에서 이 입력을 읽는 것을 의미합니다. 표준 파일보다는.

공통 옵션

-h 돕다; 명령줄 사용 및 사용 가능한 모든 옵션에 대한 간략한 알림을 인쇄합니다.

-o 출력 시퀀스를 파일로 지정 , 하기보다는 표준 출력.

-N 견본 하나가 아닌 모델당 시퀀스.

옵션 제어 WHAT ~까지 방출

기본값은 샘플링입니다. N 핵심 모델의 시퀀스. 또는 다음을 선택할 수도 있습니다.
다음 대안 중 하나(그리고 하나만).

-a 각 HMM에 대한 정렬을 내보냅니다. 흠 파일 정렬되지 않은 샘플링보다는
한 번에 하나씩 순서를 정합니다.

-c 에서 시퀀스를 샘플링하는 대신 복수 규칙 합의 시퀀스를 내보냅니다.
HMM의 확률 분포를 프로파일링합니다. 합의 순서는 다음과 같이 구성됩니다.
각 일치 상태에서 최대 확률 잔여물을 선택합니다.

-C 보다 멋진 복수 규칙 합의 시퀀스를 생성합니다. -c 옵션. 만약 최대
확률 잔차에는 p가 있습니다. 분 소문자 '모든' 잔기(n 또는 x)로 표시합니다. 만약에
피 >= 분 과 미누 소문자 잔여물로 표시합니다. 그리고 만약 p >= 미누 다음과 같이 표시
대문자 잔여물. 기본 설정은 미누 과 분 둘 다 0.0입니다.
방법 -C 다음과 동일한 출력을 제공합니다. -c 당신도 설정하지 않는 한 미누 과 분 당신에게
필요.

-p 코어가 아닌 암시적 검색 프로필에서 정렬되지 않은 시퀀스를 샘플링합니다.
모델. 핵심 모델은 상동 상태로만 구성됩니다(시작 사이
및 HMMER Plan7 모델의 최종 상태). 프로필에는 비상동 N이 포함됩니다.
C 및 J 상태, 로컬/글로컬 및 유니/다중 히트 알고리즘 구성,
목표 길이 모델. 따라서 프로필에서 샘플링된 시퀀스에는 다음이 포함될 수 있습니다.
상동 서열뿐만 아니라 비상동 서열도 있으며, 하나 이상의 서열을 포함할 수 있습니다.
상동 서열 세그먼트. 기본적으로 프로필은 다중 히트 로컬 모드이며
대상 시퀀스 길이는 L=400으로 구성됩니다.

옵션 제어 방사 FROM 프로필

이러한 옵션을 사용하려면 다음을 설정해야 합니다. -p 옵션을 선택합니다.

-L 평균 길이를 생성하도록 프로필의 대상 시퀀스 길이 모델을 구성합니다.
약 기본값인 400이 아닌

--현지의
다중 히트 로컬 정렬을 위한 프로필을 구성합니다.

--단일 로컬
단일 히트 로컬 정렬(Smith/Waterman)에 대한 프로필을 구성합니다.

--glocal
다중 히트 글로컬 정렬을 위한 프로필을 구성합니다.

--uniglocal
유니히트 글로컬 정렬을 위한 프로필을 구성합니다.

옵션 제어 공상 의견 일치 방사

이러한 옵션을 사용하려면 다음을 설정해야 합니다. -C 선택권.

--최소
설정 분 약하게 보존된 잔기를 소문자로 표시하기 위한 임계값입니다. (0 <=
x <= 1)

--minu
설정 미누 강력하게 보존된 잔기를 대문자로 표시하기 위한 임계값입니다. (0
<= x <= 1)

기타 옵션

--씨앗
난수 생성기 시드 , 정수 >= 0. 만약 XNUMX이 아닌 임의
확률적 시뮬레이션을 재현할 수 있습니다. 같은 명령은 같은 것을 줄 것입니다
결과. 만약에 0이면 난수 생성기가 임의로 시드되고
확률적 시뮬레이션은 동일한 명령을 실행할 때마다 다릅니다. 기본값
0: 임의의 시드를 사용하므로 매우 다릅니다. 흠흠 실행하면 다른 결과가 생성됩니다
견본.

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