hmmfetch - 클라우드에서의 온라인

프로그램:

이름

hmmfetch - 파일에서 HMM 프로필 검색

개요

흠 페치 [옵션]
(이름이 지정된 HMM을 검색합니다. )

흠 페치 -f [옵션]
(다음에 나열된 모든 HMM을 검색합니다. )

흠 페치 --인덱스 [옵션]
(인덱스 가져오기용)

기술

하나 이상의 프로필 HMM을 신속하게 검색합니다. (대규모 Pfam 데이터베이스,
예).

최대 속도를 위해서는 다음을 사용하여 먼저 색인을 생성해야 합니다. 흠 페치 --인덱스. 그만큼
index는 다음과 같은 바이너리 파일입니다. .ssi. 그러나 이는 선택 사항이며 검색은
비록 훨씬 느리기는 하지만 여전히 색인화되지 않은 파일에서 작업할 수 있습니다.

기본 모드는 이름이나 액세스로 단일 프로필을 검색하는 것입니다. .
예 :

% hmmfetch Pfam-A.hmm Caudal_act
% hmmfetch Pfam-A.hmm PF00045

와 더불어 -f 옵션, a 대신 하나 이상의 키 목록이 포함된 키를 읽습니다.
공백이 아닌 주석 행의 첫 번째 공백으로 구분된 필드
로 사용됩니다 , 해당 라인의 나머지 데이터는 모두 무시됩니다. 이를 통해 다양한
로 사용할 공백으로 구분된 데이터 파일 수 에스.

사용시 -f 및 만약 흠 파일 인덱싱되고 키가 검색됩니다.
그들이 발생하는 순서 키 파일, 그러나 if 흠 파일 색인이 생성되지 않은 경우 키는
그들이 발생하는 순서 흠 파일. 이는 다음을 허용하는 구현의 부작용입니다.
여러 개의 키를 검색해야 하는 경우에도 다음과 같이 되돌릴 수 없는 스트림입니다.
표준 입력 파이프.

정상 사용 시( --인덱스 or -f 옵션), '-'(대시)일 수 있습니다.
에서 입력 읽기 표준 파일보다는. 이랑 --인덱스 선택권, 하지 않을 수 있습니다
BE '-'; 표준 입력 스트림을 색인화하는 것은 의미가 없습니다. 와 더불어 -f 선택권,
중 or (둘 다는 아님)은 '-'일 수 있습니다. 특히 유용한 경우가 많습니다.
읽다 표준 입력에서 임의의 명령을 사용할 수 있기 때문입니다.
라인 호출을 통해 HMM 이름 또는 가입 목록을 생성한 다음 이를 모두 새 목록으로 가져옵니다.
명령 하나로 파일을 만들 수 있습니다.

기본적으로 가져온 HMM은 HMMER3 형식의 표준 출력으로 인쇄됩니다.

옵션

-h 돕다; 명령줄 사용 및 사용 가능한 모든 옵션에 대한 간략한 알림을 인쇄합니다.

-f 두 번째 명령줄 인수는 단일 대신 . 그만큼
각 줄의 첫 번째 필드 검색으로 사용됩니다 (HMM 이름
또는 가입). 빈 줄과 주석 줄(# 문자로 시작)은
무시되었습니다.

-o HMM을 파일로 출력 표준 출력 대신.

-O HMM을 이름이 지정된 개별 파일로 출력합니다. 표준 출력 대신. 와 함께
전에, -f 옵션을 선택하면 많은 파일이 생성될 수 있습니다.

--인덱스
에서 하나 이상의 프로필을 검색하는 대신 , 인덱스 for
미래의 검색. 이것은 생성 .ssi 바이너리 인덱스 파일.

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