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프로그램:

이름

idfetch - NCBI ID1 서버에서 생물학적 데이터 검색

개요

아이디 페치 [-] [-F 하위 버전] [-G 파일 이름] [-Q 파일 이름] [-c N] [-d 하위 버전] [-e N] [-f 하위 버전] [-g N]
[-i N] [-l 파일 이름] [-n] [-o 파일 이름] [-q 하위 버전] [-s 하위 버전] [-t N]

기술

아이디 페치 주석이 달린 대규모 데이터베이스가 포함된 NCBI의 ID1 서버용 클라이언트입니다.
생물학적 서열.

옵션

아래에 옵션 요약이 포함되어 있습니다.

- 사용 메시지 인쇄

-F 하위 버전 지정된 기능 유형을 추가합니다(쉼표로 구분). 허용되는 값은 CDD, SNP,
SNP_graph, MGC, HPRD, STS, tRNA 및 microRNA.

-G 파일 이름
GI 목록, (버전 관리) 액세스, 덤프할 FASTA SeqID가 있는 파일

-Q 파일 이름
Entrez 쿼리로 GI 목록 생성 파일 이름; 필요하다 -NS or -dp.

-c N 최대 복잡성:
0 전체 블롭 가져오기(기본값)
1 관심 있는 bioseq 가져오기
2 관심 있는 bioseq를 포함하는 최소 bioseq 세트를 얻습니다.
3 관심 있는 bioseq를 포함하는 최소 nuc-prot 가져오기
4 관심 있는 bioseq를 포함하는 최소한의 pub-set 가져오기

-d 하위 버전 사용할 데이터베이스( -q, 다음 중 하나일 수 있습니다. n 뉴클레오티드 또는 p 단백질).

-e N 덤프할 엔티티 번호(검색 번호)

-f 하위 버전 병합된 SeqId. 가능한 형식:
유형([name][,[가입][,[공개][,버전]]]) '5(HUMHBB)'로
유형=가입
유형:번호
(유형 ASN.1 Seq-id 하위 유형을 나타내는 숫자입니다.)

-g N 덤프할 단일 엔티티의 GI ID

-i N 조회 유형:
0 시퀀스 항목 가져오기(기본값)
1 GI 상태 가져오기(stderr로 출력)
2 SeqId 가져오기
3 GI 기록 가져오기(순서 변경만 해당)
4 개정 내역 가져오기(ASN.1에 대한 모든 변경 사항)

-l 파일 이름
로그 파일

-n GI 목록만 출력합니다( -q 과 -Q).

-o 파일 이름
출력용 파일 이름(기본값 = 표준 출력)

-q 하위 버전 Entrez 쿼리로 gi list를 생성합니다. 필요 -NS or -dp.

-s 하위 버전 FASTA 스타일 SeqId는 따옴표로 묶입니다. 형식:
lcl|INT or 하위 버전
게시판|INT
bbm|INT
GB|ACC|LOC
엠|ACC|LOC
피르|ACC|name
sp|ACC|name
팻|국가|특허|서열
기|INT
DBJ|ACC|LOC
프르프|ACC|name
PDB|항목|체인

-t N 출력 유형 :
1 텍스트 ASN.1(기본값)
2 바이너리 ASN.1
3 GenBank(순서 입력 전용)
4 GenPept(서열 입력 전용)
5 FASTA(역사용 테이블)
6 품질 점수(순차 입력만 해당)
7 Entrez 문서 요약
8 FASTA 역 보수

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