지울 수 없는 - 클라우드의 온라인

프로그램:

이름

지울 수 없는 - 생물학적 진화의 강력하고 유연한 시뮬레이터

개요

씻을 수 없는

명령줄을 통해 옵션을 전달할 수 없습니다.

기술

씻을 수 없는 다중 분할 뉴클레오티드, 아미노산 또는 코돈의 진화를 시뮬레이션할 수 있습니다.
연속적인 삽입, 삭제, 대체 과정을 통해 데이터 세트
시각. 모든 일반적인 진화 모델이 지원됩니다.

에 대한 전체 문서 씻을 수 없는 아래에 있습니다
/usr/share/doc/indelible/help/index.html.

구성

씻을 수 없는 라는 파일에서 시뮬레이션 실행에 대한 설정을 읽습니다. 제어.txt FBI 증오 범죄 보고서
현재 디렉토리. 파일은 블록으로 분할되며 각 블록은 하나를 제어합니다.
시뮬레이션의 특정 측면. 블록에는 추가 하위 블록이 포함될 수 있습니다. 댓글 수
C 또는 C++ 스타일로 제공됩니다. 만약에 씻을 수 없는 제어 파일이 없는 상태에서 실행되며,
예제 파일이 생성됩니다.

[유형] 유형
모든 제어 파일은 다음으로 시작해야 합니다. TYPE 블록. 가능한 유형은 뉴클레오티드,
아미노산및 코돈.

[설정]
이 블록은 출력 파일 유형 및
형식, 난수 생성기의 시드 및 자세한 출력 여부
보고합니다.

[모델] 모델명
이 블록은 시뮬레이션에 사용할 새로운 진화 모델을 시작합니다. NS
치환 모델, 삽입결실률 및 코돈 부위를 포함한 특정 매개변수
모델은 하위 모델을 통해 제어됩니다. 모델명 원하는 이름이 될 수 있습니다.

[나무] 나무 이름 뉴익
이 블록은 주어진 이름으로 가이드 트리를 지정하는 데 사용됩니다. 나무 이름.
진화 거리는 트리의 가지 길이로 표시됩니다. 뉴익
형식입니다.

[지점]
이 블록은 비정상 및 비균질 프로세스를 시뮬레이션하는 데 사용됩니다.
가이드 트리의 다른 분기에 다른 모델을 지정할 수 있습니다.
가지가 다른 대체 모델, 삽입결실 길이 분포, 비율을 가지도록 함
이질성, 기본 구성 등

[파티션] 파티션 이름
각 실행 중에 여러 시퀀스 파티션을 시뮬레이션할 수 있습니다. 각 파티션에 대해
가이드 트리, 진화 모델 및 시퀀스 길이가 지정되어야 합니다.

[진화]
이 블록 내에서 파티션의 여러 복제본이 생성될 수 있습니다.

저작권

Copyright © 2010 William Fletcher 라이선스 GPLv3+: GNU GPL 버전 3 이상.
이것은 자유 소프트웨어입니다. 자유롭게 변경하고 재배포할 수 있습니다. 보증이 없습니다.
법이 허용하는 범위 내에서. 전체 라이센스 텍스트는 다음에서 사용할 수 있습니다.
<http://gnu.org/licenses/gpl.html>.

감사의 글

William Fletcher와 Ziheng Yang(2009). 지울 수 없는: 유연한 생물학적 시뮬레이터
시퀀스 진화, 분자의 생물학 과 진화 26(8) : 1879-1888.

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