king-probe - 클라우드의 온라인

프로그램:

이름

king-probe - 단백질 원자간 패킹을 평가하고 시각화합니다.

기술

구문: 프로브 input.pdb >> out.kin

또는: 프로브 [플래그] "src 패턴" ["대상 패턴"] pdbfiles... >> out.kin

플래그 :
-본인 자체 교차점: src -> src (기본값)

-둘 다 양방향 교차: src <=> targ

-한 번 단일 교차점: src -> targ

-밖으로 src의 외부 반 데르 발스 표면(용매 접촉 표면)

-AUTObondrot 파일 이름
autobondrot 파일을 읽고 처리합니다.

단축키:

< >동일: -4시간 -MC -헷 -본인 "altA ogt33"

-기본값
동일: < >, 그러나 다른 플래그는 허용합니다.

-SC표면 동일: -하락 -rad1.4 -아웃 "물이 아니다"

-노출된
동일: -하락 -rad1.4 -아웃 (참고: 사용자 소모품 패턴)

-ASurface
동일: -하락 -rad0.0 -추가1.4 -아웃 "물이 아니다"

-입장
동일: -하락 -rad0.0 -추가1.4 -아웃 (참고: 사용자 소모품 패턴)

-스캔0 동일: -4시간 -MC -본인 "알타 blt40 ogt33"

-스캔1 동일: -4시간 -한 번 "sc alta blt40 ogt33" "alta blt40 ogt65,(물 ogt33 아님)"

-DUMPAtom정보
선택 항목의 원자 수 계산: src

(BOTH와 ONCE에는 두 가지 패턴이 필요하지만

OUT, SELF 및 DUMPATOMINFO에는 하나의 패턴만 필요합니다.)

-절대적인
암시적 수소

-명백한
명시적 수소(기본값)

-밀도#
도트 밀도 설정(기본값 16 dots/sq A)

-반지름#.#
프로브 반경 설정(기본값 0.25A)

-ADDvdw#.#
Van der Waals 반경에 오프셋 추가(기본값 0.0)

-SCALEvdw#.# 반데르발스 반경의 축척 계수(기본값 1.0)

-COSCale#.#
스케일 C=O 탄소 반 데르 발스 반경(기본값 0.94)

-스파이크 점 대신 스파이크 그리기(기본값)

-스파이크#.#
스파이크 스케일 설정(기본값=0.5)

-NO스파이크
점만 그리다

-HB일반#.# 일반 Hbonds에 대한 최대 중복(기본값=0.6)

-HB충전됨#.# 청구된 Hbonds에 대한 최대 중복(기본값=0.8)

-유지 선택되지 않은 원자 유지(기본값)

-떨어지다 선택되지 않은 원자 삭제

-한계 키스할 때 범프 도트를 최대 거리로 제한(기본값)

-제한 없음
범프 도트를 제한하지 마십시오

-렌즈 kin 파일에 렌즈 키워드 추가

-NOLEN
kin 파일에 lens 키워드를 추가하지 않음(기본값)

-MC 메인체인->메인체인 상호작용 포함

-HET 물이 아닌 HET 그룹에 점 포함(기본값)

-NOHET
물이 아닌 HET 그룹에 점 제외

-물
물에 점 포함(기본값)

-NOWA 사용자
물에 점을 제외

-WAT2wat
물 사이에 점을 표시하다

-DUMPH2O
물 H를 포함합니까? 출력의 벡터리스트

-4시간 H에 대해 본드 체인 도트 제거를 4로 확장(기본값)

-3 본드 체인 도트 제거를 3으로 제한

-2 본드 체인 도트 제거를 2으로 제한

-1 본드 체인 도트 제거를 1으로 제한

-무시하다 "패턴" 명시적 삭제: 패턴으로 선택된 원자를 무시합니다.

-도초
CH..O H결합을 인식합니다

-조#.#
CH..O Hbond 점수에 대한 척도 인자(기본값=0.5)

-PolarH
짧은 반경의 극성 수소 사용(기본값)

-NOPolarH
극성 수소의 반지름을 줄이지 마세요

-NOFACEhbond HBond를 방향족 면으로 식별하지 않음

-이름 "name"은 그룹 이름을 지정합니다(기본값은 "점").

-닷마스터
목록에서 추가 master={name}으로 사용되는 그룹 이름

-NO그룹
.kin 형식 출력에 @group 문을 생성하지 마세요.

-KIN이미지
.kin 형식 출력 상단에 @kinemage 1 문을 추가합니다.

-카운트닷
점 목록이 아닌 점 수를 생성합니다.

-형식화되지 않음
원시 도트 정보 출력

이름:pat:유형:srcAtom:targAtom:mingap:gap:spX:
spY:spZ:spikeLen:점수:stype:ttype:x:y:z:sBval:tBval:

-O형식
O에 표시하기 위해 도트 정보 형식을 출력합니다.

-XV형식
XtalView에 표시하기 위해 도트 정보 형식을 출력합니다.

-한 줄
한 줄 출력 :contacts:by:severity:type:

-GAP색상
간격 양에 따라 점 색상 지정(기본값)

-ATOM컬러
원자 유형별 색상 점

-기본색상
핵산 염기 유형별 색상 점

-COLOR베이스
간격 및 핵산 염기 유형에 따른 색상 점

-OUTCOLOR "name"은 포인트 색상을 지정합니다. -밖 (기본값은 "회색")

-GAP가중치#
점수 차이에 대한 가중치 설정(기본값 0.25)

-BUMP무게# 점수 범프에 대한 상대 척도를 설정합니다(기본값 10.0)

-HB무게#
Hbonds 채점을 위한 상대적 척도 설정(기본값 4.0)

-DIV낮음#.#
범프 범주에 대한 분할(기본값 -0.4)

-DIV높음#.#
연락처 카테고리 구분(기본값 0.25)

-MINOC인원#.#
이보다 낮은 점유율은 0.02과 같습니다(기본값 XNUMX).

-요소
kin 출력의 다양한 요소에 대한 마스터 버튼 추가

-NOHBOUT
HBonds에 대한 접점을 출력하지 않습니다.

-NOCLASHOUT
충돌에 대한 접점을 출력하지 않음

-NOVDWOUT
반 데르 발스 상호작용에 대한 접점을 출력하지 않음

-온리배드아웃
onlybadout 출력 잘못된 충돌(심각한 중첩 접촉)

-요약
연락처 및 충돌의 요약 목록 출력

-한 줄
온라인으로 요약 목록 출력

-NOTICK
처리 중에 잔여물 이름 티커를 표시하지 않습니다.

-STDBOND
표준 잔류물에서 표준 결합 패턴만 가정

-NOPARENT
모 중원자 표를 기반으로 수소를 결합하지 마십시오.

-SEGID PDB SegID 필드를 사용하여 잔여물을 구별합니다.

-OLDU 오래된 스타일 생성 -u 출력: KissEdge2BullsEye 등

-말 수가 많은
상세 모드(기본값)

-참조
참조 문자열 표시

-변경 사항
프로그램 변경 목록 표시

-조용한 조용한 모드

-돕다 확장된 도움말 알림 표시(다른 플래그 포함)

-버전
한 줄 버전을 stdout으로

패턴 요소: (명령줄에서 따옴표로 묶어야 함)

파일 # 내의 FILE#

모델 # 내 MODEL#

체인아
체인 A 내에서

세가아아아
세그먼트 식별자 aaaa(여기서 _는 공백을 나타냄)

ALTa 대체 형태 a

ATO마아아아
원자 이름 aaaa (여기서 _는 공백을 나타냄) (4개 문자가 모두 사용되므로 H는
ATOM_H__)

RESaaa 잔류물 aaa

# 잔여물 #

#잔여물 #, 삽입

#-# 잔여 범위 #(삽입 코드는 무시됨)

한 문자 코드로 된 잔여 유형(예: y)

aaa 잔여 유형을 세 문자 코드로 표시(예: tyr)

전체,단백질,MC,SC,베이스,알파,베타,질소,탄소,
산소, 황, 인, 수소, 금속, 극성,
비극성, 충전됨, 기증자, 수락자, 방향족, 메틸, HET, 물, DNA, RNA

원자의 전부 또는 일부

OLT# 점유율이 #(정수 백분율)보다 작습니다.

OGT# 점유율이 #(정수 백분율)보다 큼

BLT# B 값이 #(정수)보다 작습니다.

#(정수)보다 큰 BGT# B 값

INSa 삽입 코드 a (여기서 _는 공백을 나타냄)

#.# OF #.#, #.#, #.# 이내
점에서 멀리 떨어진 원자

패턴은 "trp,phe,tyr"과 같이 쉼표로 구분된 목록으로 결합될 수 있습니다.
TRP 또는 PHE 또는 TYR.

공백으로 구분된 패턴은 "chainb 1-5"와 같이 모두 true여야 합니다.
사슬 B의 잔기 1~5.

괄호로 패턴을 그룹화하고 |로 여러 패턴을 구분할 수도 있습니다.
'또는'을 의미하고 "not file1"에서와 같이 NOT으로 보어를 선택합니다.
파일 1.

autobondrot 파일은 다른 PDB 입력 파일과 유사하지만 정보를 포함합니다.
회전 및 기타 변형이 일어나는 원자를 식별합니다.

Calpha-Cbeta 결합 회전과 주기적을 보여주는 autobondrot 파일 조각의 예
이 회전에 대한 비틀림 페널티 함수

원자 1CB TYR 61 34.219 17.937 4.659 1.00 0.00

본드롯:chi1:78.7:
0:359:5:33.138:18.517: 5.531:34.219:17.937: 4.659

cos:-3:60:3: 원자 1 1HB TYR 61 34.766 18.777 4.206 1.00 0.00
ATOM 1 2HB TYR 61 34.927 17.409 5.315 1.00 0.00 ATOM 1 CG
티르 61 33.836 16.989 3.546 1.00 0.00 ...

Autobondrot 명령은 콜론을 사용하여 값을 구분합니다.
BONDROT:id:currAng:start:end:stepSz:x1:y1:z1:x2:y2:z2

TRANS: id:currpos:start:end:stepSz:x1:y1:z1:x2:y2:z2

NULL # 더미

바이어스 기능:
COS:규모:위상오프셋:주파수 POLY:규모:오프셋:다항식도 CONST:값

분기:
저장 및 복원 또는 "(" 및 ")"

(예를 들어 이소류신의 각 Chi와 메틸을 회전시키기 위해

순서는 다음과 같습니다: rotChi1/SAVE/rotChi2/rotCD1/RESTORE/rotCG2)

방향 설정: GO:angle1:angle2:... 파일 포함: @filename 설명:
# 댓글 텍스트

프로브: 버전 2.13.110909, 저작권 1996-2011, J. Michael Word

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