Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공업체에서 실행할 수 있는 kmc 명령입니다.
프로그램:
이름
kmc - 게놈 서열에서 kmers 계산
기술
KMC—K-mer Counter는 k-mer(연속적인 k 시퀀스)를 계산하기 위해 설계된 유틸리티입니다.
기호)를 게놈 시퀀싱 프로젝트의 읽기 세트에 포함합니다.
개요
kmc [옵션]
kmc [옵션] <@input_file_names>
옵션
-v - 상세 모드(모든 매개변수 설정 표시) 기본값: 거짓
-k- k-mer 길이(k는 1~256, 기본값: 25)
-m- 최대 RAM 용량(GB)(1~1024) 기본값: 12
-SM - 엄격한 메모리 모드를 사용합니다(메모리 제한은 -m스위치는 초과되지 않습니다)
-p- 서명 길이(5, 6, 7, 8) 기본값: 7
-f- FASTA 형식으로 입력(-파), FASTQ 형식(-fq) 또는 다중 FASTA(-fm); 기본:
패스트큐
-q[값] - 가장 낮은 품질을 나타내는 [값]과 함께 Quake의 호환 계산을 사용합니다.
(기본값 : 33)
-시- 미만으로 발생하는 k-mer를 제외합니다. 횟수(기본값: 2)
-cs- 카운터의 최대값(기본값: 255)
-cx- 다음보다 많이 발생하는 k-mer를 제외합니다. 횟수(기본값: 1e9)
-b - k-mer를 표준 형식으로 변환하는 기능을 끕니다.
-r - RAM 전용 모드를 켭니다.
-n- 쓰레기통 수
-t- 총 스레드 수(기본값: CPU 코어 수)
-sf- FASTQ 읽기 스레드 수
-sp- 분할 스레드 수
-sr- 분류기 스레드 수
-그래서- 단일 분류기당 스레드 수
사용 예
kmc -k27 -m24 NA19238.fastq NA.res\data\kmc_tmp_dir\
kmc -k27 -q -m24 @files.lst NA.res \data\kmc_tmp_dir\
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 kmc를 사용하세요.
