이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공업체에서 실행할 수 있는 kmer-mask 명령입니다.
프로그램:
이름
kmer-mask - kmer 내용에 따른 뉴클레오티드 서열의 마스크 및 필터 세트
개요
kmer 마스크 {-소설|-확인됨} [-mdb mer-데이터베이스] [-ms 메르 사이즈] [-edb 존재 데이터베이스] [-m
최소 크기] [-e 확장 크기] [-낮은 임계값 l] [-높은 임계값 h] [-t 스레드] [-v] [-h
막대 그래프] [-홍보하다|-강등|-버리다] -1 in.1.fastq [-2 in.2.fastq] -o 출력 접두사
기술
kmer 콘텐츠별로 시퀀스 마스크 및 필터 세트(읽은 것으로 추정). 마스킹은 가능합니다
데이터베이스에 없는 새로운 서열을 유지하거나 존재하는 확인된 서열을 유지하기 위해 수행됩니다.
데이터베이스에서. 필터링은 시퀀스를 완전히, 부분적으로 분리하거나 마스크되지 않은 상태로 분리합니다.
옵션
-mdb mer-데이터베이스
마스킹 kmers 로드 메릴(1) mer-데이터베이스
-ms 메르 사이즈
-edb 존재 데이터베이스
마스킹 kmers를 존재DB(1) 파일 존재 데이터베이스 더 빠른 재시작을 위해
-1 in.1.fastq
-2 in.2.fastq
입력은 fastq, fastq.gz, fastq.bz2 또는 fastq.xz 형식의 파일을 읽습니다. 두 번째는
선택 사항이지만 출력 분류가 없으면 출력 분류가 엉망이 됩니다.
-o 아웃
출력 읽기의 접두사
아웃.완전히 마스크됨.[12].fastq
'낮은 임계값' 염기가 유지된 상태로 읽습니다.
아웃.partiallymasked.[12].fastq
그 사이를 읽는다
아웃.retained.[12].fastq
'높은 임계값' 이상의 염기가 유지된 읽기
아웃.폐기됨.[12].fastq
상태가 충돌하여 읽습니다.
-m 최소 크기
이 연속 kmers 미만의 데이터베이스 적중을 무시합니다. (0)
-e 확장 크기
누락된 이 많은 kmers에 걸쳐 데이터베이스 히트를 확장합니다. (0)
-소설 RETAIN 신규 서열이 데이터베이스에 존재하지 않음
-확인됨
RETAIN 확인된 시퀀스가 데이터베이스에 존재함
-홍보하다
더 적은 RETAINED 읽기를 더 많은 RETAINED 읽기 상태로 승격
read1=완전히 마스크됨 및 read2=부분적으로 마스크됨 -> 둘 다 부분적으로 마스크됨
-강등
더 많은 RETAINED 읽기를 더 적은 RETAINED 읽기 상태로 강등합니다.
read1=완전히 마스크됨 및 read2=부분적으로 마스크됨 -> 둘 다 완전히 마스크됨
-버리다
상태가 충돌하는 쌍 삭제(DEFAULT) read1=완전히 마스크됨 및
read2=부분적으로 마스크됨 -> 둘 다 폐기됨
통계 on 표준 오류, 번호 of 시퀀스 과 양 보관된 항목:
-낮은 임계값 t
(0.3333)
-높은 임계값 t
(0.6667)
-h 막대 그래프
RETAINED 시퀀스의 양에 대한 히스토그램을 작성합니다.
-t t 사용 t 컴퓨팅 스레드
-v 진행 상황 표시
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 kmer-mask를 사용하세요.
