lastal - 클라우드에서의 온라인

프로그램:

이름

lastal - 생물학적 서열의 게놈 규모 비교

개요

마지막 [옵션] lastdb-이름 fasta-sequence-file(들)

기술

로컬 서열 정렬을 찾으십시오.

점수 옵션(기본 설정): -r: 일치점수(DNA: 1, 0 -q: 불일치 비용
(DNA: 1, 0 -p: 일치/불일치 점수 매트릭스(단백질-단백질: BL62, DNA-단백질:
BL80) -a: 갭 존재 비용(DNA: 7, 단백질: 11, 0) -b: 격차 확장 비용(DNA:
1, 단백질: 2, 0 -A: 삽입유지비용(a) -B: 삽입 연장 비용
(비) -c: 정렬되지 않은 잔여 쌍 비용(해제) -F: 프레임시프트 비용 (꺼짐) -x: 최대 점수 하락
간격이 있는 정렬의 경우(max[y, e-1]) -y: 간격 없는 정렬에 대한 최대 점수 하락(t*10)
-z: 최종 간격 정렬에 대한 최대 점수 하락(x) -d: gapless에 대한 최소 점수
정렬 (최소[e, t*ln(1000*refSize/n)]) -e: 간격이 있는 정렬에 대한 최소 점수

E-값 옵션(기본 설정): -D: 무작위 정렬당 문자 쿼리(1e+06) -E:
평방 기가당 최대 예상 정렬(1e+18/D/refSize/numOfStrands)

미용 옵션(기본 설정): -h, --도움: 모든 옵션과 기본값을 표시합니다.
설정 및 종료 -V, --번역: 버전 정보를 표시하고 종료합니다. -v: 장황하게 : 쓰다
lastal이 무엇을 하고 있는지에 대한 메시지 -f: 출력 형식: TAB, MAF, BlastTab(MAF)

기타 옵션(기본 설정): -s: 스트랜드: 0=역방향, 1=정방향, 2=양쪽(2개의 경우
DNA, 단백질 1개) -S: 점수 행렬은 다음의 정방향 가닥에 적용됩니다: 0=참조, 1=쿼리
(0) -T: 정렬 유형: 0=로컬, 1=겹침(0) -m: 쿼리당 최대 초기 일치 항목
위치 (10) -l: 초기 일치의 최소 길이(1) -L: 초기 최대 길이
일치(무한) -n: 쿼리 위치당 간격 없는 최대 정렬(m=0인 경우 무한대,
그렇지 않으면 m) -C: 길이당 점수가 >인 기타 항목에서 간격 없는 정렬 생략(해제) -K: 생략
쿼리 범위가 >= K에 있는 정렬, > 점수를 가진 기타(꺼짐) -k: 단계별 크기
쿼리 시퀀스(1) -i: 쿼리 배치 크기(스레드가 8개를 초과하거나 lastdb가 없는 경우 1KiB)
음량) -P: 병렬 스레드 수(1) -R: 반복 표시 옵션(이전과 동일)
lastdb에 사용됨) -u: 확장 중 소문자 마스크: 0=없음, 1=틈 없음,

2=간격 없음+간격이 있지만 최종은 아님, 3=항상(마지막 DB인 경우 2) -c Q<5, 그렇지 않으면 0)

-w: 정확히 일치하는 항목 내에서 반복을 억제합니다. <= 이 거리(1000)만큼 오프셋됩니다. -G: 유전적
코드 파일 -t: 확률 계산을 위한 '온도'(1/lambda) -g: '감마' 매개변수
감마 중심 및 LAMA의 경우(1) -j: 출력 유형: 0=일치 개수, 1=공백 없음, 2=중복
틈이 있음, 3=틈이 있음,

4=열 모호성 추정치, 5=감마 중심, 6=LAMA, 7=예상 개수(3)

-Q: 입력 형식: 0=fasta, 1=fastq-sanger, 2=fastq-solexa, 3=fastq-illumina,

4=prb, 5=PSSM (0)

보고 버그

버그 신고 대상: last-align(ATmark) googlegroups(dot) com
마지막 홈페이지: http://last.cbrc.jp/

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