Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공업체에서 실행할 수 있는 load_genbankp 명령입니다.
프로그램:
이름
load_genbank.pl - GENBANK 파일에서 Bio::DB::GFF 데이터베이스를 로드합니다.
개요
% load_genbank.pl -d genbank -f localfile.gb
% load_genbank.pl -d genbank -a AP003256
참고: BioPerl 배포판의 bp_genbank2gff.pl 스크립트는 이 스크립트와 동일합니다.
기술
이 스크립트는 로컬 또는 로컬 데이터베이스에 포함된 기능을 사용하여 Bio::DB::GFF 데이터베이스를 로드합니다.
genbank 파일 또는 genbank에서 가져온 액세스입니다. 다양한 명령줄 옵션
로드할 데이터베이스와 기존 데이터베이스의 허용 여부를 제어할 수 있습니다.
덮어 쓰십시오.
이 스크립트는 현재 MySQL만 사용하지만 이는 원칙 증명이며 쉽게 사용할 수 있습니다.
어댑터를 통해 GFF에서 지원하는 다른 RDMS와 작동하도록 확장됩니다.
명령줄 옵션
명령줄 옵션은 단일 문자 옵션으로 축약될 수 있습니다. 예를 들어 -d 대신
--데이터 베이스.
--create 데이터베이스 강제 생성 및 초기화
--dsn 데이터 소스(기본 dbi:mysql:test)
--사용자 mysql 인증을 위한 사용자 이름
--통과하다 mysql 인증을 위한 비밀번호
--대리 원격 액세스에 사용할 프록시 서버
--file 다음 인수는 Genbank/EMBL 파일 이름입니다(기본값).
--accession 다음 인수는 genbank 접근 번호입니다.
--stdout 변환된 GFF 파일을 로드하는 대신 stdout에 씁니다.
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 load_genbankp를 사용하세요.
