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온웍스 파비콘

masai_mapper - 클라우드에서 온라인

Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터를 통해 OnWorks 무료 호스팅 제공업체에서 masai_mapper 실행

이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공업체에서 실행할 수 있는 masai_mapper 명령입니다.

프로그램:

이름


masai_mapper - 마사이 매퍼

개요

masai_mapper [옵션]

기술

Masai는 대략적인 시드 및 다중
역추적.

만나다 http://www.seqan.de/projects/masai 문의주시기 바랍니다.

(c) Enrico Siragusa의 저작권 2011-2012.

-h, --도움

이 도움말 메시지를 표시합니다.

--번역

버전 정보를 표시

매핑 옵션:

-mm, --매핑 모드 STR

매핑 모드를 선택합니다. 무엇보다도, 최고이자 최고입니다. 기본값: 최고.

-mb, --매핑 블록 NUM

한 번에 매핑할 최대 읽기 수입니다. 범위 [10000..inf]. 기본:
2147483647.

-e, --오류 NUM

읽기당 최대 오류 수입니다. 범위 [0..32]. 기본값: 5.

-sl, --시드 길이 NUM

최소 종자 길이. 범위 [10..100]. 기본값: 33.

-ng, --간격 없음

간격으로 읽기를 정렬하지 마십시오.

게놈 인덱스 옵션:

-x, --인덱스 STR

게놈 인덱스 유형을 선택합니다. esa, sa, qgram 및 fm 중 하나입니다. 기본값: sa.

-xp, --인덱스 접두사 STR

게놈 인덱스 접두사 이름을 지정합니다. 기본값: 게놈 파일 이름 접두사를 사용합니다.

출력 옵션:

-o, --결과물 파일 FILE

출력 파일을 지정합니다. 기본값: 읽기 파일 이름 접두사를 사용합니다. 유효한 파일 형식
원시 및 샘입니다.

-체크 안함, --시가 없음

CIGAR 문자열을 출력하지 마십시오. 이는 SAM 출력에만 영향을 줍니다.

디버그 옵션:

-nv, --검증하지 않음

시드 히트를 확인하지 마십시오.

-NS, --덤프 없음

결과를 덤프하지 마십시오.

-nm, --no-multiple

다중 역추적을 비활성화합니다.

버전

masai_mapper 버전: 0.7.1 [14053] 마지막 업데이트 2013-05-16

onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 masai_mapper 사용


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